Oryza barthii (O.barthii_v1) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Chromosome 11: 18,813,408-18,824,725 forward strand.
This transcript has 10 exons, is annotated with 24 domains and features and maps to 58 oligo probes.
This transcript is a product of gene OBART11G19020 Show transcript tableHide transcript table
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1 CTGCTCCTCCTCGGGCTTGACTCGTCTCGTCTCGACTCCACGAACGAACGAAACACGCCT 60 ............................................................ ............................................................ 61 TCTTCCCCAACGACCAAACCAAAACGAGTCGAGACGACCAAAAGCCTAACTAATCGGGGG 120 ............................................................ ............................................................ 121 CAAGACGAGGAGGAGAGCGGATTCTCGTCGGCTTCGGGGACCGGAAGAGGAGAGCAGACC 180 ............................................................ ............................................................ 181 AACCCCGCGCCGTGTTCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGACGACGACGACGGCAAGAATTTG 240 ............................................................ ............................................................ 241 ATTCTCCTGGGGAATTAACTTGTTAGGGGAAAAGGAATTTGGGATGGGCGACCATGTGGT 300 ...........................................ATGGGCGACCATGTGGT 17 ...........................................-M--G--D--H--V--V 6 301 GGTGAATGTGGAAGGCTTAGGAAACGATGGAGGGGCTGTGGAGAAGCCATCTGAGGCCGT 360 18 GGTGAATGTGGAAGGCTTAGGAAACGATGGAGGGGCTGTGGAGAAGCCATCTGAGGCCGT 77 6 --V--N--V--E--G--L--G--N--D--G--G--A--V--E--K--P--S--E--A--V 26 361 GAACAGCTCAGTGGTGGCTGCTGCGTCGCTTTCTACGACTGTTGATACGGTTGAGGAGGG 420 78 GAACAGCTCAGTGGTGGCTGCTGCGTCGCTTTCTACGACTGTTGATACGGTTGAGGAGGG 137 26 --N--S--S--V--V--A--A--A--S--L--S--T--T--V--D--T--V--E--E--G 46 421 CGGTGGAGAGGAGGAGCCGCTCATCCAGGCGGCGGAGTGCCGTATATGCCAGGAGGAGGA 480 138 CGGTGGAGAGGAGGAGCCGCTCATCCAGGCGGCGGAGTGCCGTATATGCCAGGAGGAGGA 197 46 --G--G--E--E--E--P--L--I--Q--A--A--E--C--R--I--C--Q--E--E--D 66 481 TAGCGTCAAGAACCTCGAGAAGCCTTGTGCTTGCAGTGGCAGCCTCAAGTATGCTCATAG 540 198 TAGCGTCAAGAACCTCGAGAAGCCTTGTGCTTGCAGTGGCAGCCTCAAGTATGCTCATAG 257 66 --S--V--K--N--L--E--K--P--C--A--C--S--G--S--L--K--Y--A--H--R 86 541 AGCTTGTGTGCAACGCTGGTGCAATGAGAAAGGAGACATTACATGTGAAATCTGTCATGA 600 258 AGCTTGTGTGCAACGCTGGTGCAATGAGAAAGGAGACATTACATGTGAAATCTGTCATGA 317 86 --A--C--V--Q--R--W--C--N--E--K--G--D--I--T--C--E--I--C--H--E 106 601 GCAATATAAGCATGGATACACAGCTCCACCTCGTGTTGAACCAGACGATACCATCATAGA 660 318 GCAATATAAGCATGGATACACAGCTCCACCTCGTGTTGAACCAGACGATACCATCATAGA 377 106 --Q--Y--K--H--G--Y--T--A--P--P--R--V--E--P--D--D--T--I--I--D 126 661 TATCGGTGGTGATTGGGCACGTGACCCAAGAATTATTGCTGTAGCGGCTGCACAACGTCG 720 378 TATCGGTGGTGATTGGGCACGTGACCCAAGAATTATTGCTGTAGCGGCTGCACAACGTCG 437 126 --I--G--G--D--W--A--R--D--P--R--I--I--A--V--A--A--A--Q--R--R 146 721 TCTTCTTGAAACTGAGTATGATGAATATGCTGGTACTGATGCTAGTGGTGCTGCATTCTG 780 438 TCTTCTTGAAACTGAGTATGATGAATATGCTGGTACTGATGCTAGTGGTGCTGCATTCTG 497 146 --L--L--E--T--E--Y--D--E--Y--A--G--T--D--A--S--G--A--A--F--C 166 781 CCGTTCTGCTGCACTTATACTAATGGCCTTGTTGCTATTGAGGCATGCTTTGTCTATCTC 840 498 CCGTTCTGCTGCACTTATACTAATGGCCTTGTTGCTATTGAGGCATGCTTTGTCTATCTC 557 166 --R--S--A--A--L--I--L--M--A--L--L--L--L--R--H--A--L--S--I--S 186 841 AGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCGCTCTTTCTACTTCGAGCTGC 900 558 AGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCGCTCTTTCTACTTCGAGCTGC 617 186 --D--N--E--G--D--D--D--A--S--T--M--F--S--L--F--L--L--R--A--A 206 901 TGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCATGGCTTGGATATTCAGTATTTTGCATCGCCGGCG 960 618 TGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCATGGCTTGGATATTCAGTATTTTGCATCGCCGGCG 677 206 --G--F--L--L--P--C--Y--I--M--A--W--I--F--S--I--L--H--R--R--R 226 961 ACAAAGACAGGAAGCGGCTGCAATTGCTGCAGCAGAGGTGGCATTCATCCTGCAATCAGC 1020 678 ACAAAGACAGGAAGCGGCTGCAATTGCTGCAGCAGAGGTGGCATTCATCCTGCAATCAGC 737 226 --Q--R--Q--E--A--A--A--I--A--A--A--E--V--A--F--I--L--Q--S--A 246 1021 CCAAGGCCATGCCCTTCAGTTCACCATCGCTCCAGACTCCCCCGCCACTCCACAGCATGA 1080 738 CCAAGGCCATGCCCTTCAGTTCACCATCGCTCCAGACTCCCCCGCCACTCCACAGCATGA 797 246 --Q--G--H--A--L--Q--F--T--I--A--P--D--S--P--A--T--P--Q--H--E 266 1081 GCCACAGCAGCAGCAGCCGCAGCCGCAGCCGCAGCAATAGCTAGTTACTTCAGTAGCGTC 1140 798 GCCACAGCAGCAGCAGCCGCAGCCGCAGCCGCAGCAATAG.................... 837 266 --P--Q--Q--Q--Q--P--Q--P--Q--P--Q--Q--*-.................... 278 1141 TCTCAACTACTGACTCGCACATGCAGAAGAAGAGGATACCTCAGCTAGTGGCCGCTTTGT 1200 ............................................................ ............................................................ 1201 TGTTTCCTGTTGCAACTGGCCCAGGGACGCTAAGAACCTGGCCTCGCCTTGTGTGGCCGG 1260 ............................................................ ............................................................ 1261 GTAGAAACCTTGTAAAACGCCAGAGATTCATTTGTTGCAAGCGACCGCAGCTTAAGCCCC 1320 ............................................................ ............................................................ 1321 GCTACCCTTCGATTTGTCTCTGTGTAACTCAAGCATTGATTTATTGTAAATTTGTCGTCT 1380 ............................................................ ............................................................ 1381 GTTGGAGTCCATTTTTTTAGTTCCTTTGCCAAGTGTTTTACTGCCATGTACAGTATTATT 1440 ............................................................ ............................................................ 1441 ACATGGGAGCTTTTATCTTTCAAAGAATTAATCTGAGTGAGTGTGAAACTGTTAGGC 1497 ......................................................... .........................................................
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