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Oryza barthii (O.barthii_v1)
Location
About this transcript

This transcript has 3 exons, is annotated with 13 domains and features and maps to 44 oligo probes.

Gene
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  • Name
  • Transcript ID
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  • UniProt
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-OBART09G04500.11599532aa
 
Protein coding
A0A0D3H4W6 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGCGGGGAGATGCGCCGGCGGCGGCGACGGCGGCGGCGAGGGCATGCTGGCGCGGCTG     60
     1 ATGGCGGGGAGATGCGCCGGCGGCGGCGACGGCGGCGGCGAGGGCATGCTGGCGCGGCTG     60
     1 -M--A--G--R--C--A--G--G--G--D--G--G--G--E--G--M--L--A--R--L-     20

                                                                          
    61 CGGAGGGCGGCAGCCAGGCGGATCGGGCTCTCCTGCGCCTCCTTCTTCTCCCACGCCGCC    120
    61 CGGAGGGCGGCAGCCAGGCGGATCGGGCTCTCCTGCGCCTCCTTCTTCTCCCACGCCGCC    120
    21 -R--R--A--A--A--R--R--I--G--L--S--C--A--S--F--F--S--H--A--A-     40

                                                                          
   121 ACCTCCCCTTCCCCGCCTCCCAAGACCATCTCATGCTCAGCACTGAATGCGCCTGCAGAC    180
   121 ACCTCCCCTTCCCCGCCTCCCAAGACCATCTCATGCTCAGCACTGAATGCGCCTGCAGAC    180
    41 -T--S--P--S--P--P--P--K--T--I--S--C--S--A--L--N--A--P--A--D-     60

                                                                          
   181 AGCACTGATGAAGACCAGGAAAAGCTGGAGGAGCCCACTAGCACAAGAATGGCTGACAAG    240
   181 AGCACTGATGAAGACCAGGAAAAGCTGGAGGAGCCCACTAGCACAAGAATGGCTGACAAG    240
    61 -S--T--D--E--D--Q--E--K--L--E--E--P--T--S--T--R--M--A--D--K-     80

                                                                          
   241 AATCTCTGTGCAATATGTCTGGAGCCCCTCAGCACCGGCAGCGTTGATATTGACAATGGT    300
   241 AATCTCTGTGCAATATGTCTGGAGCCCCTCAGCACCGGCAGCGTTGATATTGACAATGGT    300
    81 -N--L--C--A--I--C--L--E--P--L--S--T--G--S--V--D--I--D--N--G-    100

                                                                          
   301 GACAGGCCAGCAATCTTCACATCACAATGCTCCCACTCCTTCCACTTCCTATGCATCGCC    360
   301 GACAGGCCAGCAATCTTCACATCACAATGCTCCCACTCCTTCCACTTCCTATGCATCGCC    360
   101 -D--R--P--A--I--F--T--S--Q--C--S--H--S--F--H--F--L--C--I--A-    120

                                                                          
   361 TCCAACATTCGGCACGGCAATGTTACATGTCCCATCTGCCGTGCACAGTGGTCTCAGCTG    420
   361 TCCAACATTCGGCACGGCAATGTTACATGTCCCATCTGCCGTGCACAGTGGTCTCAGCTG    420
   121 -S--N--I--R--H--G--N--V--T--C--P--I--C--R--A--Q--W--S--Q--L-    140

                                                                          
   421 CCGCGTGACTTGAAGGTGCCACCATTGCTGCAGAACAACCAGTCTGACCCAATCCTCCGC    480
   421 CCGCGTGACTTGAAGGTGCCACCATTGCTGCAGAACAACCAGTCTGACCCAATCCTCCGC    480
   141 -P--R--D--L--K--V--P--P--L--L--Q--N--N--Q--S--D--P--I--L--R-    160

                                                                          
   481 ATCCTTGATGACAACATCGCGACATCTCGCTTCAACAGAAGGTCATCCATCCGTGCTGCC    540
   481 ATCCTTGATGACAACATCGCGACATCTCGCTTCAACAGAAGGTCATCCATCCGTGCTGCC    540
   161 -I--L--D--D--N--I--A--T--S--R--F--N--R--R--S--S--I--R--A--A-    180

                                                                          
   541 CGGTACAACGACGATGATCCGGTTGAGCCTTACACCTTGACCGAGCATGTGGATCCATGC    600
   541 CGGTACAACGACGATGATCCGGTTGAGCCTTACACCTTGACCGAGCATGTGGATCCATGC    600
   181 -R--Y--N--D--D--D--P--V--E--P--Y--T--L--T--E--H--V--D--P--C-    200

                                                                          
   601 CTTCGCTTCGCTCTGATCCCATCCCCAGTGGCGGCTCACCATCATGCTCTCGGACATTAC    660
   601 CTTCGCTTCGCTCTGATCCCATCCCCAGTGGCGGCTCACCATCATGCTCTCGGACATTAC    660
   201 -L--R--F--A--L--I--P--S--P--V--A--A--H--H--H--A--L--G--H--Y-    220

                                                                          
   661 CCTTGTGGCCGTGTGATGCCACTGCAGCAGCATTGCCAGTACAGCAGCTCCTCCATGCTC    720
   661 CCTTGTGGCCGTGTGATGCCACTGCAGCAGCATTGCCAGTACAGCAGCTCCTCCATGCTC    720
   221 -P--C--G--R--V--M--P--L--Q--Q--H--C--Q--Y--S--S--S--S--M--L-    240

                                                                          
   721 TCACCGCCACAGATTGCTTCACCAAGTGGGCAGAGGCGCGCTTACCTCTCCGTCAGTCTC    780
   721 TCACCGCCACAGATTGCTTCACCAAGTGGGCAGAGGCGCGCTTACCTCTCCGTCAGTCTC    780
   241 -S--P--P--Q--I--A--S--P--S--G--Q--R--R--A--Y--L--S--V--S--L-    260

                                                                          
   781 GCGCCACAGCCAGCCATGGACCTAGTTCTGGTTGCCAGCCCTAATGGGCCACATCTCAGG    840
   781 GCGCCACAGCCAGCCATGGACCTAGTTCTGGTTGCCAGCCCTAATGGGCCACATCTCAGG    840
   261 -A--P--Q--P--A--M--D--L--V--L--V--A--S--P--N--G--P--H--L--R-    280

                                                                          
   841 CTCCTGAAGCAGGCAATGGCGCTGGCTGTCTTCTCCATGCGCGCAATTGACCGGTTAGCC    900
   841 CTCCTGAAGCAGGCAATGGCGCTGGCTGTCTTCTCCATGCGCGCAATTGACCGGTTAGCC    900
   281 -L--L--K--Q--A--M--A--L--A--V--F--S--M--R--A--I--D--R--L--A-    300

                                                                          
   901 ATTGTCACAAATGCCACCACTGCAACCCGCGCCTTCCCCTTGCGCCGAATGTCATCCCAT    960
   901 ATTGTCACAAATGCCACCACTGCAACCCGCGCCTTCCCCTTGCGCCGAATGTCATCCCAT    960
   301 -I--V--T--N--A--T--T--A--T--R--A--F--P--L--R--R--M--S--S--H-    320

                                                                          
   961 GGAAAGCGAATGGCATTGCAGGTCATTGAACACCTCTGCTGTGTTGGTGGTACTGATCCT   1020
   961 GGAAAGCGAATGGCATTGCAGGTCATTGAACACCTCTGCTGTGTTGGTGGTACTGATCCT   1020
   321 -G--K--R--M--A--L--Q--V--I--E--H--L--C--C--V--G--G--T--D--P-    340

                                                                          
  1021 GTAGGGGCATTGCAGAAGGGCCTGAAGATACTAGAGGACCGGGCGCACCAGAACCCAAGC   1080
  1021 GTAGGGGCATTGCAGAAGGGCCTGAAGATACTAGAGGACCGGGCGCACCAGAACCCAAGC   1080
   341 -V--G--A--L--Q--K--G--L--K--I--L--E--D--R--A--H--Q--N--P--S-    360

                                                                          
  1081 AGTTGCATTCTTCACCTGTCAGACCATCCAATCCGAAGCTGTTTCGGGGTCGACATGAAC   1140
  1081 AGTTGCATTCTTCACCTGTCAGACCATCCAATCCGAAGCTGTTTCGGGGTCGACATGAAC   1140
   361 -S--C--I--L--H--L--S--D--H--P--I--R--S--C--F--G--V--D--M--N-    380

                                                                          
  1141 CGTTTCAACATCCCGGTTCACCAGTTCCATGTCGGCCTCGGTTTCGGGGTGCAGAATGGC   1200
  1141 CGTTTCAACATCCCGGTTCACCAGTTCCATGTCGGCCTCGGTTTCGGGGTGCAGAATGGC   1200
   381 -R--F--N--I--P--V--H--Q--F--H--V--G--L--G--F--G--V--Q--N--G-    400

                                                                          
  1201 TTTGTGATGCACGAGTTTGAGGAGCTCTTAGCGCGGTTGCTTGGCGGTGTCATAAGCGAC   1260
  1201 TTTGTGATGCACGAGTTTGAGGAGCTCTTAGCGCGGTTGCTTGGCGGTGTCATAAGCGAC   1260
   401 -F--V--M--H--E--F--E--E--L--L--A--R--L--L--G--G--V--I--S--D-    420

                                                                          
  1261 ACCCAGCTCAGGATTGGCGAGCACGGTGGAGTGGTGAGGCTAGGTGAGCTGAGGGGTGGC   1320
  1261 ACCCAGCTCAGGATTGGCGAGCACGGTGGAGTGGTGAGGCTAGGTGAGCTGAGGGGTGGC   1320
   421 -T--Q--L--R--I--G--E--H--G--G--V--V--R--L--G--E--L--R--G--G-    440

                                                                          
  1321 GAAGAGAGGAGGATCCCGCTTGACCTGGTGTCGGACTGCGGCTTCATACTTGTTGGCTAT   1380
  1321 GAAGAGAGGAGGATCCCGCTTGACCTGGTGTCGGACTGCGGCTTCATACTTGTTGGCTAT   1380
   441 -E--E--R--R--I--P--L--D--L--V--S--D--C--G--F--I--L--V--G--Y-    460

                                                                          
  1381 AGCTATCTGGAAGGTGGAAGGGAGGATCAGTTCAGGACAGGCGAAGTCGCTGTCGGTTTC   1440
  1381 AGCTATCTGGAAGGTGGAAGGGAGGATCAGTTCAGGACAGGCGAAGTCGCTGTCGGTTTC   1440
   461 -S--Y--L--E--G--G--R--E--D--Q--F--R--T--G--E--V--A--V--G--F-    480

                                                                          
  1441 GAAGAGAAAGGCAATAACCGGTACTGCGGGGTCAGGGATGCCGGTGGTCTGAGTATCGGC   1500
  1441 GAAGAGAAAGGCAATAACCGGTACTGCGGGGTCAGGGATGCCGGTGGTCTGAGTATCGGC   1500
   481 -E--E--K--G--N--N--R--Y--C--G--V--R--D--A--G--G--L--S--I--G-    500

                                                                          
  1501 GGTGAGAGGAGGAGCAGCTGCTGCGCTGAGAGATGGGACTACCTTGATCCGTTCATGGCG   1560
  1501 GGTGAGAGGAGGAGCAGCTGCTGCGCTGAGAGATGGGACTACCTTGATCCGTTCATGGCG   1560
   501 -G--E--R--R--S--S--C--C--A--E--R--W--D--Y--L--D--P--F--M--A-    520

                                                                          
  1561 CGGCGATGGGCGAAGCATTTCAATGTGTATAGGGCCTGA                        1599
  1561 CGGCGATGGGCGAAGCATTTCAATGTGTATAGGGCCTGA                        1599
   521 -R--R--W--A--K--H--F--N--V--Y--R--A--*-                         532