Oryza barthii (O.barthii_v1)
Description

RBR-type E3 ubiquitin transferase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:A0A0D3H2Q2]

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This transcript has 15 exons, is annotated with 26 domains and features and maps to 31 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-OBART08G22120.12472603aa
 
Protein coding
A0A0D3H2Q2 Ensembl Canonical
-OBART08G22120.22364567aa
 
Protein coding
A0A0D3H2Q3 -
Codons
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     1 CACTGGTATATAAAAAACACCCCATCCTGTGTGCCTGCCGACTCGCCCACGCAACTCCGA     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
    61 CTCTTTCCTTCCCCAATTCCCCCGTCCACCGGCCGCGGGCCTCGCCGGAACCCTAGCCCC    120
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   121 GCCGCCCCCCTCCCCTCTCCGATCGCCCGATTCGGTGGTCGGGGTGATGGACTCCGACGC    180
       ..............................................ATGGACTCCGACGC     14
       ..............................................-M--D--S--D--A      5

                                                                          
   181 CGAGATGCCCATGTCCAGCGACGAGGAGATGCTGGATGACGAGGACTATTACGACTACAG    240
    15 CGAGATGCCCATGTCCAGCGACGAGGAGATGCTGGATGACGAGGACTATTACGACTACAG     74
     5 --E--M--P--M--S--S--D--E--E--M--L--D--D--E--D--Y--Y--D--Y--S     25

                                                                          
   241 TGATGACATGGGTGAGGACGATGATGGGAGCGGCGGCGGGGGCGGGGAGGGGGAGATAGC    300
    75 TGATGACATGGGTGAGGACGATGATGGGAGCGGCGGCGGGGGCGGGGAGGGGGAGATAGC    134
    25 --D--D--M--G--E--D--D--D--G--S--G--G--G--G--G--E--G--E--I--A     45

                                                                          
   301 GATGAGGAGGAGGAGGGGGAGGAGGAGGAGCTGGTGGGCGGCGACTACGAGGGCCGCGAG    360
   135 GATGAGGAGGAGGAGGGGGAGGAGGAGGAGCTGGTGGGCGGCGACTACGAGGGCCGCGAG    194
    45 --M--R--R--R--R--G--R--R--R--S--W--W--A--A--T--T--R--A--A--R     65

                                                                          
   361 GCGGAGGGGAGCGACGAGGTGGTGTCCCGCCGCGAGCAGGAACATCAGCAAGCTAAGCGA    420
   195 GCGGAGGGGAGCGACGAGGTGGTGTCCCGCCGCGAGCAGGAACATCAGCAAGCTAAGCGA    254
    65 --R--R--G--A--T--R--W--C--P--A--A--S--R--N--I--S--K--L--S--D     85

                                                                          
   421 TGAATGGTTTGCGGATGAAGAAAAAGTTCGTGATATTGTTGGATTACTTTTAAATGGAAT    480
   255 TGAATGGTTTGCGGATGAAGAAAAAGTTCGTGATATTGTTGGATTACTTTTAAATGGAAT    314
    85 --E--W--F--A--D--E--E--K--V--R--D--I--V--G--L--L--L--N--G--I    105

                                                                          
   481 TGATCTTCCTAACTCTAGAAAGCTAACTTGTGGAATATGTTTTGAAGGGTATTCTTCTGA    540
   315 TGATCTTCCTAACTCTAGAAAGCTAACTTGTGGAATATGTTTTGAAGGGTATTCTTCTGA    374
   105 --D--L--P--N--S--R--K--L--T--C--G--I--C--F--E--G--Y--S--S--D    125

                                                                          
   541 TGCAATGAGTTCTGCTGGTTGTGATCATTTTTATTGCCATGAATGCTGGGAAGGTTATAT    600
   375 TGCAATGAGTTCTGCTGGTTGTGATCATTTTTATTGCCATGAATGCTGGGAAGGTTATAT    434
   125 --A--M--S--S--A--G--C--D--H--F--Y--C--H--E--C--W--E--G--Y--I    145

                                                                          
   601 TAGTGCTGCAATAAGTGATGGTCCAGGATGTTTGTCATTGCGATGCCCTGATCCATCTTG    660
   435 TAGTGCTGCAATAAGTGATGGTCCAGGATGTTTGTCATTGCGATGCCCTGATCCATCTTG    494
   145 --S--A--A--I--S--D--G--P--G--C--L--S--L--R--C--P--D--P--S--C    165

                                                                          
   661 TGGTGCTATGGTTCTTCAGAACATGATTAATAAGTTAGCTAAAGATGATGATAAAGTGAG    720
   495 TGGTGCTATGGTTCTTCAGAACATGATTAATAAGTTAGCTAAAGATGATGATAAAGTGAG    554
   165 --G--A--M--V--L--Q--N--M--I--N--K--L--A--K--D--D--D--K--V--R    185

                                                                          
   721 ATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAGACTAAATGGTGTCC    780
   555 ATATGCACGATTTATCTTACGTGCATATGTTGAAGATAGCAAGAAGACTAAATGGTGTCC    614
   185 --Y--A--R--F--I--L--R--A--Y--V--E--D--S--K--K--T--K--W--C--P    205

                                                                          
   781 AGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGCGATGGGAACTATGATGTCTCATG    840
   615 AGCTCCTGACTGTACATGTGCAGTGGAATTTGTCAGCGATGGGAACTATGATGTCTCATG    674
   205 --A--P--D--C--T--C--A--V--E--F--V--S--D--G--N--Y--D--V--S--C    225

                                                                          
   841 CAATTGCAAATTCAGTTTTTGTTGGAACTGCACGGAGGAAGCTCATCGACCAGTGAACTG    900
   675 CAATTGCAAATTCAGTTTTTGTTGGAACTGCACGGAGGAAGCTCATCGACCAGTGAACTG    734
   225 --N--C--K--F--S--F--C--W--N--C--T--E--E--A--H--R--P--V--N--C    245

                                                                          
   901 TGAGACTGTTTCTAGGTGGATATTAAAGAATAGCGCAGAATCTGAAAATATGAACTGGAT    960
   735 TGAGACTGTTTCTAGGTGGATATTAAAGAATAGCGCAGAATCTGAAAATATGAACTGGAT    794
   245 --E--T--V--S--R--W--I--L--K--N--S--A--E--S--E--N--M--N--W--I    265

                                                                          
   961 ACTGGCTAATTCTAAGCCGTGCCCGAAATGCAAACGACCAATAGAGAAAAACCAGGGATG   1020
   795 ACTGGCTAATTCTAAGCCGTGCCCGAAATGCAAACGACCAATAGAGAAAAACCAGGGATG    854
   265 --L--A--N--S--K--P--C--P--K--C--K--R--P--I--E--K--N--Q--G--C    285

                                                                          
  1021 CATGCATATGACTTGCACTCCACCTTGCAAATTTGAGTTCTGCTGGTTATGTCTGGGTTC   1080
   855 CATGCATATGACTTGCACTCCACCTTGCAAATTTGAGTTCTGCTGGTTATGTCTGGGTTC    914
   285 --M--H--M--T--C--T--P--P--C--K--F--E--F--C--W--L--C--L--G--S    305

                                                                          
  1081 ATGGGCTGAACATGGGGAGAGAACTGGTGGATTTTACGCTTGTAATCGCTATGAATCAGC   1140
   915 ATGGGCTGAACATGGGGAGAGAACTGGTGGATTTTACGCTTGTAATCGCTATGAATCAGC    974
   305 --W--A--E--H--G--E--R--T--G--G--F--Y--A--C--N--R--Y--E--S--A    325

                                                                          
  1141 AAAGAAGGAGGGAGTTTATGATGAGACTGAAGCAAGGAGGGAAAGAGCCAAAAATTCACT   1200
   975 AAAGAAGGAGGGAGTTTATGATGAGACTGAAGCAAGGAGGGAAAGAGCCAAAAATTCACT   1034
   325 --K--K--E--G--V--Y--D--E--T--E--A--R--R--E--R--A--K--N--S--L    345

                                                                          
  1201 TGAGAGATACATGCATTACTATGAGCGCTGGGCATCTAATCAGACGTCGAGGCAGAAGGC   1260
  1035 TGAGAGATACATGCATTACTATGAGCGCTGGGCATCTAATCAGACGTCGAGGCAGAAGGC   1094
   345 --E--R--Y--M--H--Y--Y--E--R--W--A--S--N--Q--T--S--R--Q--K--A    365

                                                                          
  1261 ACAAGCAGATCTGCAAAAGGCAGAAAAGGAACAACTTGCAAAATTAACAGATGTTTTTGG   1320
  1095 ACAAGCAGATCTGCAAAAGGCAGAAAAGGAACAACTTGCAAAATTAACAGATGTTTTTGG   1154
   365 --Q--A--D--L--Q--K--A--E--K--E--Q--L--A--K--L--T--D--V--F--G    385

                                                                          
  1321 AATACCGGAGACCCAACTGAAGTTCATAATTGAAGCTTGGTCACAGATTATTGAATGCAG   1380
  1155 AATACCGGAGACCCAACTGAAGTTCATAATTGAAGCTTGGTCACAGATTATTGAATGCAG   1214
   385 --I--P--E--T--Q--L--K--F--I--I--E--A--W--S--Q--I--I--E--C--R    405

                                                                          
  1381 GCGGGTGCTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTATCTGGACGACAAGGTCAAGAGCGA   1440
  1215 GCGGGTGCTCAAATGGACATATGCTTATGGCTATTATCTGGACGACAAGGTCAAGAGCGA   1274
   405 --R--V--L--K--W--T--Y--A--Y--G--Y--Y--L--D--D--K--V--K--S--E    425

                                                                          
  1441 ATTTTTCGAGTACCTGCAAGGTGAAGCTGAGTCTGGTCTGGAGCGTCTTCACCAATGTGC   1500
  1275 ATTTTTCGAGTACCTGCAAGGTGAAGCTGAGTCTGGTCTGGAGCGTCTTCACCAATGTGC   1334
   425 --F--F--E--Y--L--Q--G--E--A--E--S--G--L--E--R--L--H--Q--C--A    445

                                                                          
  1501 TGAGAAAGACCTGCAATCATTTTTGACTGTGAGATCTGATAATACTGAACCTGCACCATC   1560
  1335 TGAGAAAGACCTGCAATCATTTTTGACTGTGAGATCTGATAATACTGAACCTGCACCATC   1394
   445 --E--K--D--L--Q--S--F--L--T--V--R--S--D--N--T--E--P--A--P--S    465

                                                                          
  1561 AATTGCTGAATTCGGTGACTTCCGGGTGAAGCTTGCGGGGCTGACAAGTGTGACTCGGAA   1620
  1395 AATTGCTGAATTCGGTGACTTCCGGGTGAAGCTTGCGGGGCTGACAAGTGTGACTCGGAA   1454
   465 --I--A--E--F--G--D--F--R--V--K--L--A--G--L--T--S--V--T--R--N    485

                                                                          
  1621 TTATTTTGAGAACCTTGTTCAAGCACTGGAGGCTGGCTTGGAGGATGTACACTCTACTGC   1680
  1455 TTATTTTGAGAACCTTGTTCAAGCACTGGAGGCTGGCTTGGAGGATGTACACTCTACTGC   1514
   485 --Y--F--E--N--L--V--Q--A--L--E--A--G--L--E--D--V--H--S--T--A    505

                                                                          
  1681 CCAGGGTACCACATCAAGCAATGCCACCAACATCCCCTCCAAGAAAGCAGTCACTAAAGG   1740
  1515 CCAGGGTACCACATCAAGCAATGCCACCAACATCCCCTCCAAGAAAGCAGTCACTAAAGG   1574
   505 --Q--G--T--T--S--S--N--A--T--N--I--P--S--K--K--A--V--T--K--G    525

                                                                          
  1741 CAAAACAAAGAAGCAGCTTCCTAGAACATCTTCGGACAACTCAGATGAAGGCTGGCCTTG   1800
  1575 CAAAACAAAGAAGCAGCTTCCTAGAACATCTTCGGACAACTCAGATGAAGGCTGGCCTTG   1634
   525 --K--T--K--K--Q--L--P--R--T--S--S--D--N--S--D--E--G--W--P--C    545

                                                                          
  1801 TGAGCGCTGCACGTTTATTAACCCTTCATCGGTGGATGCATGCAGCGTTTGCGATAAGCA   1860
  1635 TGAGCGCTGCACGTTTATTAACCCTTCATCGGTGGATGCATGCAGCGTTTGCGATAAGCA   1694
   545 --E--R--C--T--F--I--N--P--S--S--V--D--A--C--S--V--C--D--K--H    565

                                                                          
  1861 TAGATACTAGATGAAAAACTGGCTGAAAGCCAGTGCCCCCTATAAATCTCGAAGCTGTTG   1920
  1695 TAGATACTAG..................................................   1704
   565 --R--Y--*-..................................................    567

                                                                          
  1921 AGAAGGTGGGTGCTTACTCAAAGCTCATGAGAAGATTGTTGATTGTAGTTCTGTTCCTAA   1980
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1981 ATTATGTGGCGTTGAAGAAGAGCTTCCAATGGCAGCAATGGCGTACATGTGTGAGTGAAG   2040
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2041 GTCCCTGGTATCTAGTTTGCAACAACAATGCAGGACCGACTATGGAGCGAAGGTGGATGG   2100
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2101 GGTACAAACATGTGGTAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTACTTTCTAGCCTATATTATGTACA   2160
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2161 TATTAGTTATGGTCTGTAGTTGTGTTAATGTGGTGGGCAATGTTCTGTTTTTGTTTAAAT   2220
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2221 GGCATGAGATGATGTGGTGGGTAAAGTTCCACTCCTGTACTGACCAACCTGTGAAGCTGG   2280
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2281 AGAATGGTAGATGTAGCTCTTATCTATTGAGCGGTCATGTAAATTACCAAAGCTCGTCAT   2340
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2341 AATCTATGGTTGATATATCATGTG                                       2364
       ........................                                           
       ........................