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Oryza barthii (O.barthii_v1)
Description

Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:Projected from Arabidopsis thaliana (AT2G40360) TAIR;Acc:AT2G40360]

Location
About this transcript

This transcript has 16 exons, is annotated with 28 domains and features and maps to 60 oligo probes.

Gene
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  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-OBART07G12280.11947648aa
 
Protein coding
A0A0D3GQA2 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGGGCACAGCGACGGCGACCACGGTAGCGACCTCTCCGCCGACGATTCCCCGTGGAGC     60
     1 ATGGGGCACAGCGACGGCGACCACGGTAGCGACCTCTCCGCCGACGATTCCCCGTGGAGC     60
     1 -M--G--H--S--D--G--D--H--G--S--D--L--S--A--D--D--S--P--W--S-     20

                                                                          
    61 GAGGGGAGCTGGTCCGACGACGATGACGAGGGATCGCTATCCTTCGAGGACAGCGGCGAA    120
    61 GAGGGGAGCTGGTCCGACGACGATGACGAGGGATCGCTATCCTTCGAGGACAGCGGCGAA    120
    21 -E--G--S--W--S--D--D--D--D--E--G--S--L--S--F--E--D--S--G--E-     40

                                                                          
   121 GGCTCCGACGCCGAGTCCGACGAACCGGATGCCCCGGCGGTGGAGGAGAGCGACTCTTCT    180
   121 GGCTCCGACGCCGAGTCCGACGAACCGGATGCCCCGGCGGTGGAGGAGAGCGACTCTTCT    180
    41 -G--S--D--A--E--S--D--E--P--D--A--P--A--V--E--E--S--D--S--S-     60

                                                                          
   181 GAGGACGAGGTGGCGCCACGGAATACGGTAGGAGATGTGCCGTTGGAATGGTACAAGAAC    240
   181 GAGGACGAGGTGGCGCCACGGAATACGGTAGGAGATGTGCCGTTGGAATGGTACAAGAAC    240
    61 -E--D--E--V--A--P--R--N--T--V--G--D--V--P--L--E--W--Y--K--N-     80

                                                                          
   241 GAGGAGCACATCGGCTATGACATCACTGGTAGTAAGATCAAGAAGCGGGATAGGGAGGGC    300
   241 GAGGAGCACATCGGCTATGACATCACTGGTAGTAAGATCAAGAAGCGGGATAGGGAGGGC    300
    81 -E--E--H--I--G--Y--D--I--T--G--S--K--I--K--K--R--D--R--E--G-    100

                                                                          
   301 CGAATTGAGGCCTACCTCAGGAATGCTGATGATGCTAAGAATTGGAGAAAGATCTATGAC    360
   301 CGAATTGAGGCCTACCTCAGGAATGCTGATGATGCTAAGAATTGGAGAAAGATCTATGAC    360
   101 -R--I--E--A--Y--L--R--N--A--D--D--A--K--N--W--R--K--I--Y--D-    120

                                                                          
   361 GAGTATAATGATGAAGAGGTGCAGATTACCAAGGAAGAGGCTAAGATAATTAGTAGATTG    420
   361 GAGTATAATGATGAAGAGGTGCAGATTACCAAGGAAGAGGCTAAGATAATTAGTAGATTG    420
   121 -E--Y--N--D--E--E--V--Q--I--T--K--E--E--A--K--I--I--S--R--L-    140

                                                                          
   421 CTGAAGGGAAAGACTCCACACACAAATGTGGATCCATATCCAGATTATGTTGATTGGTTT    480
   421 CTGAAGGGAAAGACTCCACACACAAATGTGGATCCATATCCAGATTATGTTGATTGGTTT    480
   141 -L--K--G--K--T--P--H--T--N--V--D--P--Y--P--D--Y--V--D--W--F-    160

                                                                          
   481 GAATATGATGGTAAAGGCCATCCACTTTCTAGTGCTCCGGAGCCAAAGAGGCGATTTGTA    540
   481 GAATATGATGGTAAAGGCCATCCACTTTCTAGTGCTCCGGAGCCAAAGAGGCGATTTGTA    540
   161 -E--Y--D--G--K--G--H--P--L--S--S--A--P--E--P--K--R--R--F--V-    180

                                                                          
   541 CCCTCGAAGTGGGAACAGAAGAAGGTTGTTAAACTTGTTAGAGCCATTCGTAAAGGATGG    600
   541 CCCTCGAAGTGGGAACAGAAGAAGGTTGTTAAACTTGTTAGAGCCATTCGTAAAGGATGG    600
   181 -P--S--K--W--E--Q--K--K--V--V--K--L--V--R--A--I--R--K--G--W-    200

                                                                          
   601 ATAAAGTTTGATAAGCGAAAGGAGGAACCTAACTTTTATCTCTTGTGGGGAGATGAAACT    660
   601 ATAAAGTTTGATAAGCGAAAGGAGGAACCTAACTTTTATCTCTTGTGGGGAGATGAAACT    660
   201 -I--K--F--D--K--R--K--E--E--P--N--F--Y--L--L--W--G--D--E--T-    220

                                                                          
   661 GATACAGCAGACAATAAGCGGCAAGGCCTGAGCTACATTCCTGCACCCAAACCAAATTTG    720
   661 GATACAGCAGACAATAAGCGGCAAGGCCTGAGCTACATTCCTGCACCCAAACCAAATTTG    720
   221 -D--T--A--D--N--K--R--Q--G--L--S--Y--I--P--A--P--K--P--N--L-    240

                                                                          
   721 CCAGGTCATGAAGAGTCATATAATCCTTCTGTTGAATACATTCCAACACAAGAGGAGATA    780
   721 CCAGGTCATGAAGAGTCATATAATCCTTCTGTTGAATACATTCCAACACAAGAGGAGATA    780
   241 -P--G--H--E--E--S--Y--N--P--S--V--E--Y--I--P--T--Q--E--E--I-    260

                                                                          
   781 GATTCATATCAGCTTATGTATGAGGAGGACAGGCCAAAGTTTATTCCACGAAAATTTGAT    840
   781 GATTCATATCAGCTTATGTATGAGGAGGACAGGCCAAAGTTTATTCCACGAAAATTTGAT    840
   261 -D--S--Y--Q--L--M--Y--E--E--D--R--P--K--F--I--P--R--K--F--D-    280

                                                                          
   841 TGTCTTAGAAGTGTACCTGCATATGAGAAGGCACTTAGGGAAGGCTTTGATCGGTGTCTA    900
   841 TGTCTTAGAAGTGTACCTGCATATGAGAAGGCACTTAGGGAAGGCTTTGATCGGTGTCTA    900
   281 -C--L--R--S--V--P--A--Y--E--K--A--L--R--E--G--F--D--R--C--L-    300

                                                                          
   901 GATCTTTATCTCTGCCCTAGAACACGCAAGAAGCGTATAAACATTGATCCTGAGTCACTC    960
   901 GATCTTTATCTCTGCCCTAGAACACGCAAGAAGCGTATAAACATTGATCCTGAGTCACTC    960
   301 -D--L--Y--L--C--P--R--T--R--K--K--R--I--N--I--D--P--E--S--L-    320

                                                                          
   961 AAGCCAAAGTTACCCAGTAAAAAGGATTTGAGGCCATACCCAAGAACATGTTACCTTGAG   1020
   961 AAGCCAAAGTTACCCAGTAAAAAGGATTTGAGGCCATACCCAAGAACATGTTACCTTGAG   1020
   321 -K--P--K--L--P--S--K--K--D--L--R--P--Y--P--R--T--C--Y--L--E-    340

                                                                          
  1021 TTCAAGGGGCATAATGGTCCAGTGAAGTCTCTTTCAGTTGAAGCAACTGGGCAATGGATA   1080
  1021 TTCAAGGGGCATAATGGTCCAGTGAAGTCTCTTTCAGTTGAAGCAACTGGGCAATGGATA   1080
   341 -F--K--G--H--N--G--P--V--K--S--L--S--V--E--A--T--G--Q--W--I-    360

                                                                          
  1081 GCATCTGGTTCATCTGATGGAACAATTCGTGTTTGGGAGGTTGAAACTGGTCGCTGCATT   1140
  1081 GCATCTGGTTCATCTGATGGAACAATTCGTGTTTGGGAGGTTGAAACTGGTCGCTGCATT   1140
   361 -A--S--G--S--S--D--G--T--I--R--V--W--E--V--E--T--G--R--C--I-    380

                                                                          
  1141 AAGGTTTGGAATGTTGGTGGTGTTGTTCACCGTATTGCCTGGAATCCTTCACCTGATAGA   1200
  1141 AAGGTTTGGAATGTTGGTGGTGTTGTTCACCGTATTGCCTGGAATCCTTCACCTGATAGA   1200
   381 -K--V--W--N--V--G--G--V--V--H--R--I--A--W--N--P--S--P--D--R-    400

                                                                          
  1201 CACATTCTTGCTGCTGTTGTAGACCATGATCTGCTGCTTCTTAATGCTGAGGTTGGGGAT   1260
  1201 CACATTCTTGCTGCTGTTGTAGACCATGATCTGCTGCTTCTTAATGCTGAGGTTGGGGAT   1260
   401 -H--I--L--A--A--V--V--D--H--D--L--L--L--L--N--A--E--V--G--D-    420

                                                                          
  1261 GAAGACGCTCAAACGAAGACAAAAGGGCTCCTCCAAATCGAGGAACTGGCTCAGGAAGAG   1320
  1261 GAAGACGCTCAAACGAAGACAAAAGGGCTCCTCCAAATCGAGGAACTGGCTCAGGAAGAG   1320
   421 -E--D--A--Q--T--K--T--K--G--L--L--Q--I--E--E--L--A--Q--E--E-    440

                                                                          
  1321 GATAATGGTGATAAGAAATCAGCTGTCAAGTGGGTCAAGCATGAAAAATTTGATGGAATC   1380
  1321 GATAATGGTGATAAGAAATCAGCTGTCAAGTGGGTCAAGCATGAAAAATTTGATGGAATC   1380
   441 -D--N--G--D--K--K--S--A--V--K--W--V--K--H--E--K--F--D--G--I-    460

                                                                          
  1381 ATGTTGATTCATCATAAGCTCTCTAAGAAGCATTCGCATCATCCTTTCCGTAAATTGCCA   1440
  1381 ATGTTGATTCATCATAAGCTCTCTAAGAAGCATTCGCATCATCCTTTCCGTAAATTGCCA   1440
   461 -M--L--I--H--H--K--L--S--K--K--H--S--H--H--P--F--R--K--L--P-    480

                                                                          
  1441 GGCCTTCCTATTGCAGCAGTGTTTCATCCAAGTCAAAAGATGTTCTTTGTGGCCACTAAG   1500
  1441 GGCCTTCCTATTGCAGCAGTGTTTCATCCAAGTCAAAAGATGTTCTTTGTGGCCACTAAG   1500
   481 -G--L--P--I--A--A--V--F--H--P--S--Q--K--M--F--F--V--A--T--K-    500

                                                                          
  1501 AAATTTGTTCAGGTTTATGATCTCCAGAAGGCACAGTTAGTCAAGAAGTTGGAGTCAGGT   1560
  1501 AAATTTGTTCAGGTTTATGATCTCCAGAAGGCACAGTTAGTCAAGAAGTTGGAGTCAGGT   1560
   501 -K--F--V--Q--V--Y--D--L--Q--K--A--Q--L--V--K--K--L--E--S--G-    520

                                                                          
  1561 GTTCGTGAGATTTCCTCCATCTCGATACATCCTGGTGGTGATAATGTTATCGTGGGCAGC   1620
  1561 GTTCGTGAGATTTCCTCCATCTCGATACATCCTGGTGGTGATAATGTTATCGTGGGCAGC   1620
   521 -V--R--E--I--S--S--I--S--I--H--P--G--G--D--N--V--I--V--G--S-    540

                                                                          
  1621 AAAGATGGTAAATTGTGTTGGTTCGATACTGATCTATCCACGCGACCATACAAGACATTA   1680
  1621 AAAGATGGTAAATTGTGTTGGTTCGATACTGATCTATCCACGCGACCATACAAGACATTA   1680
   541 -K--D--G--K--L--C--W--F--D--T--D--L--S--T--R--P--Y--K--T--L-    560

                                                                          
  1681 AAGAACCACTCGAAGGATATCACTAATGTTACTTTTCACCGGAAATATCCTCTTTTTGCC   1740
  1681 AAGAACCACTCGAAGGATATCACTAATGTTACTTTTCACCGGAAATATCCTCTTTTTGCC   1740
   561 -K--N--H--S--K--D--I--T--N--V--T--F--H--R--K--Y--P--L--F--A-    580

                                                                          
  1741 TCATCCTCAGAGGATTGTACGGCCTATGTATTCCATGGAATGGTCTATTCAGATCTTAAC   1800
  1741 TCATCCTCAGAGGATTGTACGGCCTATGTATTCCATGGAATGGTCTATTCAGATCTTAAC   1800
   581 -S--S--S--E--D--C--T--A--Y--V--F--H--G--M--V--Y--S--D--L--N-    600

                                                                          
  1801 CAAAACCCACTTATTGTACCATTGGAAATTCTTCGTGGTCATTCAAGTTCAGATGGAAGA   1860
  1801 CAAAACCCACTTATTGTACCATTGGAAATTCTTCGTGGTCATTCAAGTTCAGATGGAAGA   1860
   601 -Q--N--P--L--I--V--P--L--E--I--L--R--G--H--S--S--S--D--G--R-    620

                                                                          
  1861 GGAGTTCTGGATTGCAAATTCCACCCAAGACAGCCTTGGTTGTTCACTGCTGGTGCTGAC   1920
  1861 GGAGTTCTGGATTGCAAATTCCACCCAAGACAGCCTTGGTTGTTCACTGCTGGTGCTGAC   1920
   621 -G--V--L--D--C--K--F--H--P--R--Q--P--W--L--F--T--A--G--A--D-    640

                                                                          
  1921 TCTGTCGTTAGGCTTTATTGCGACTAA                                    1947
  1921 TCTGTCGTTAGGCTTTATTGCGACTAA                                    1947
   641 -S--V--V--R--L--Y--C--D--*-                                     648