Oryza barthii (O.barthii_v1)
Description

transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:Projected from Arabidopsis thaliana (AT3G18860) TAIR;Acc:AT3G18860]

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About this transcript

This transcript has 21 exons, is annotated with 29 domains and features and maps to 60 oligo probes.

Gene
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  • Protein
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  • UniProt
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-OBART07G01670.12115704aa
 
Protein coding
A0A0D3GLU1 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Variants
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Other
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     1 ATGGCGCAGTACCACCTCAGCGCGCAGCTACGCGGCCACGAGGATGACGTTCGTGGCATT     60
     1 ATGGCGCAGTACCACCTCAGCGCGCAGCTACGCGGCCACGAGGATGACGTTCGTGGCATT     60
     1 -M--A--Q--Y--H--L--S--A--Q--L--R--G--H--E--D--D--V--R--G--I-     20

                                                                          
    61 TGTATCTGTGGGGATGCTGGGATTGCAACATCCTCAAGAGACCGGACAGTGAGATTCTGG    120
    61 TGTATCTGTGGGGATGCTGGGATTGCAACATCCTCAAGAGACCGGACAGTGAGATTCTGG    120
    21 -C--I--C--G--D--A--G--I--A--T--S--S--R--D--R--T--V--R--F--W-     40

                                                                          
   121 ACACAGCACCCAGAAAAGAAGCATGAATACGTTCTCTCGAAGACTCTTGTTGGACATTCC    180
   121 ACACAGCACCCAGAAAAGAAGCATGAATACGTTCTCTCGAAGACTCTTGTTGGACATTCC    180
    41 -T--Q--H--P--E--K--K--H--E--Y--V--L--S--K--T--L--V--G--H--S-     60

                                                                          
   181 AGTTTTGTGGGACCATTGGCTTGGATCCCTCCTTCAGACCGCTTTCCTGAAGGAGGACTT    240
   181 AGTTTTGTGGGACCATTGGCTTGGATCCCTCCTTCAGACCGCTTTCCTGAAGGAGGACTT    240
    61 -S--F--V--G--P--L--A--W--I--P--P--S--D--R--F--P--E--G--G--L-     80

                                                                          
   241 GTTTCTGGTGGAATGGATACTCTTGTTTTGCTCTGGGATTTGCATAAAGGAGAAGTTGTT    300
   241 GTTTCTGGTGGAATGGATACTCTTGTTTTGCTCTGGGATTTGCATAAAGGAGAAGTTGTT    300
    81 -V--S--G--G--M--D--T--L--V--L--L--W--D--L--H--K--G--E--V--V-    100

                                                                          
   301 GAGACTATGAAGGGTCACACTTCACAAGTTACTGGACTTGCTGTAGACAACAATGGCGAC    360
   301 GAGACTATGAAGGGTCACACTTCACAAGTTACTGGACTTGCTGTAGACAACAATGGCGAC    360
   101 -E--T--M--K--G--H--T--S--Q--V--T--G--L--A--V--D--N--N--G--D-    120

                                                                          
   361 ATCATCTCTTCATCCATGGATTGCACTGTAAGACGGTGGAGAAATGGCAGTGCAGTAGAG    420
   361 ATCATCTCTTCATCCATGGATTGCACTGTAAGACGGTGGAGAAATGGCAGTGCAGTAGAG    420
   121 -I--I--S--S--S--M--D--C--T--V--R--R--W--R--N--G--S--A--V--E-    140

                                                                          
   421 GCTCAAGTGATTCGACAATTAAGTTTTGGAAAGGAAGGACATGTCTACATACATTCACAG    480
   421 GCTCAAGTGATTCGACAATTAAGTTTTGGAAAGGAAGGACATGTCTACATACATTCACAG    480
   141 -A--Q--V--I--R--Q--L--S--F--G--K--E--G--H--V--Y--I--H--S--Q-    160

                                                                          
   481 GACATGCAGGTGTGGGCATTAACTGGCCAGCCCCTGTTGGAGATGATTGGACACACTTCT    540
   481 GACATGCAGGTGTGGGCATTAACTGGCCAGCCCCTGTTGGAGATGATTGGACACACTTCT    540
   161 -D--M--Q--V--W--A--L--T--G--Q--P--L--L--E--M--I--G--H--T--S-    180

                                                                          
   541 CTTGTGTATTCTGTGGATGCACATTCATCTGGGGTAATTGTTAGTGGCAGTGAAGATCGA    600
   541 CTTGTGTATTCTGTGGATGCACATTCATCTGGGGTAATTGTTAGTGGCAGTGAAGATCGA    600
   181 -L--V--Y--S--V--D--A--H--S--S--G--V--I--V--S--G--S--E--D--R-    200

                                                                          
   601 TCTGCCAAGATATGGAAAGATGGGATCTGTGTTCAAAGCATTGAACACCCAGGTTGCATA    660
   601 TCTGCCAAGATATGGAAAGATGGGATCTGTGTTCAAAGCATTGAACACCCAGGTTGCATA    660
   201 -S--A--K--I--W--K--D--G--I--C--V--Q--S--I--E--H--P--G--C--I-    220

                                                                          
   661 TGGGGTGCTAAATTCTTGGAAAACGGAGATATTGTAACTGCATGCTCTGATGGAATCGTG    720
   661 TGGGGTGCTAAATTCTTGGAAAACGGAGATATTGTAACTGCATGCTCTGATGGAATCGTG    720
   221 -W--G--A--K--F--L--E--N--G--D--I--V--T--A--C--S--D--G--I--V-    240

                                                                          
   721 AGGATATGGACAACTGACAATAATAGGTTTTGCAGTGATGAGGAGCTTGCAGCTTTTACA    780
   721 AGGATATGGACAACTGACAATAATAGGTTTTGCAGTGATGAGGAGCTTGCAGCTTTTACA    780
   241 -R--I--W--T--T--D--N--N--R--F--C--S--D--E--E--L--A--A--F--T-    260

                                                                          
   781 GATCTTATTTCTCAGTACACACTTAGTAGAAAGACTGTCGGTGGATTGAAGTTGTCGGAT    840
   781 GATCTTATTTCTCAGTACACACTTAGTAGAAAGACTGTCGGTGGATTGAAGTTGTCGGAT    840
   261 -D--L--I--S--Q--Y--T--L--S--R--K--T--V--G--G--L--K--L--S--D-    280

                                                                          
   841 CTACCAGGAATTGAGGCACTGCAAGTTCCAGGAAACTCTGATGGTCAGACACTGATTGTT    900
   841 CTACCAGGAATTGAGGCACTGCAAGTTCCAGGAAACTCTGATGGTCAGACACTGATTGTT    900
   281 -L--P--G--I--E--A--L--Q--V--P--G--N--S--D--G--Q--T--L--I--V-    300

                                                                          
   901 AGAGAAGGGGACAATGGTGTTGCTTATTCTTGGAATTCAAAAGAGCTAAAATGGGACAAA    960
   901 AGAGAAGGGGACAATGGTGTTGCTTATTCTTGGAATTCAAAAGAGCTAAAATGGGACAAA    960
   301 -R--E--G--D--N--G--V--A--Y--S--W--N--S--K--E--L--K--W--D--K-    320

                                                                          
   961 ATTGGTGAAGTAGTGGATGGACCTGGGGATGCTGCAGCTGCACCAGGCCAGTTTCATGAT   1020
   961 ATTGGTGAAGTAGTGGATGGACCTGGGGATGCTGCAGCTGCACCAGGCCAGTTTCATGAT   1020
   321 -I--G--E--V--V--D--G--P--G--D--A--A--A--A--P--G--Q--F--H--D-    340

                                                                          
  1021 GGTGTTCGTTATGATTTTGTTTTTAATGTTGACATTGGAGATGGAGAGCCTATGCGAAAG   1080
  1021 GGTGTTCGTTATGATTTTGTTTTTAATGTTGACATTGGAGATGGAGAGCCTATGCGAAAG   1080
   341 -G--V--R--Y--D--F--V--F--N--V--D--I--G--D--G--E--P--M--R--K-    360

                                                                          
  1081 CTACCCTATAATCGATCAGATGATCCGTATGCAGTTGCGGACAAATGGCTCCTGAAGGAG   1140
  1081 CTACCCTATAATCGATCAGATGATCCGTATGCAGTTGCGGACAAATGGCTCCTGAAGGAG   1140
   361 -L--P--Y--N--R--S--D--D--P--Y--A--V--A--D--K--W--L--L--K--E-    380

                                                                          
  1141 AATCTCCCTTTGACATATCGCCAACAAGTGGTAGAATTTATACTACAGAATTCTGGCCAG   1200
  1141 AATCTCCCTTTGACATATCGCCAACAAGTGGTAGAATTTATACTACAGAATTCTGGCCAG   1200
   381 -N--L--P--L--T--Y--R--Q--Q--V--V--E--F--I--L--Q--N--S--G--Q-    400

                                                                          
  1201 AATAATTTTGTTCCAGATCCATCTTTTCGGGACCCCTACACTGGAGCTAATGCATATGTA   1260
  1201 AATAATTTTGTTCCAGATCCATCTTTTCGGGACCCCTACACTGGAGCTAATGCATATGTA   1260
   401 -N--N--F--V--P--D--P--S--F--R--D--P--Y--T--G--A--N--A--Y--V-    420

                                                                          
  1261 CCTGGGCAATCAGCGTCTTCAACTGTTAGTGCTCCTAAACCAACTTTCAAGCACATACCA   1320
  1261 CCTGGGCAATCAGCGTCTTCAACTGTTAGTGCTCCTAAACCAACTTTCAAGCACATACCA   1320
   421 -P--G--Q--S--A--S--S--T--V--S--A--P--K--P--T--F--K--H--I--P-    440

                                                                          
  1321 AAGAATGGAATGCTGACATTTGAGACGGCTCAGTTTGAGGGAATTCTAAAGAAACTCTCT   1380
  1321 AAGAATGGAATGCTGACATTTGAGACGGCTCAGTTTGAGGGAATTCTAAAGAAACTCTCT   1380
   441 -K--N--G--M--L--T--F--E--T--A--Q--F--E--G--I--L--K--K--L--S-    460

                                                                          
  1381 GAATTCAATGCAACACTTTCATCTAATTTGGAACAGAAGGAACTATCTTTGTCTGAGATC   1440
  1381 GAATTCAATGCAACACTTTCATCTAATTTGGAACAGAAGGAACTATCTTTGTCTGAGATC   1440
   461 -E--F--N--A--T--L--S--S--N--L--E--Q--K--E--L--S--L--S--E--I-    480

                                                                          
  1441 GAGTTGTCCAGATTAGCTGCCATAGCAAAAGTATTGAAAGAAACATCATTTTATCATACA   1500
  1441 GAGTTGTCCAGATTAGCTGCCATAGCAAAAGTATTGAAAGAAACATCATTTTATCATACA   1500
   481 -E--L--S--R--L--A--A--I--A--K--V--L--K--E--T--S--F--Y--H--T-    500

                                                                          
  1501 AGTAAGCTTGCAGATGCTGACATGACCTTGCTGCTGAAAATGTTGAAGTCTTGGCCTACA   1560
  1501 AGTAAGCTTGCAGATGCTGACATGACCTTGCTGCTGAAAATGTTGAAGTCTTGGCCTACA   1560
   501 -S--K--L--A--D--A--D--M--T--L--L--L--K--M--L--K--S--W--P--T-    520

                                                                          
  1561 CAAATGATGTTTCCAGTTATTGATTTTCTGAGGATGTTTGTGTTGCATCCTGATGGAGCC   1620
  1561 CAAATGATGTTTCCAGTTATTGATTTTCTGAGGATGTTTGTGTTGCATCCTGATGGAGCC   1620
   521 -Q--M--M--F--P--V--I--D--F--L--R--M--F--V--L--H--P--D--G--A-    540

                                                                          
  1621 ACTCTACTTCTCAAGGCTATTGAAAGTGGAAATGATGTACTTGCCGAGACTTTCCATAAG   1680
  1621 ACTCTACTTCTCAAGGCTATTGAAAGTGGAAATGATGTACTTGCCGAGACTTTCCATAAG   1680
   541 -T--L--L--L--K--A--I--E--S--G--N--D--V--L--A--E--T--F--H--K-    560

                                                                          
  1681 GTTGTAACGCCACCTGTGCAGCCACCAAATGTGCTTACAACCCTTAAAGCAGTTACTAAC   1740
  1681 GTTGTAACGCCACCTGTGCAGCCACCAAATGTGCTTACAACCCTTAAAGCAGTTACTAAC   1740
   561 -V--V--T--P--P--V--Q--P--P--N--V--L--T--T--L--K--A--V--T--N-    580

                                                                          
  1741 TTATTTGACAAGCCATGCTTGCACCAATGGTTGAGAATCCATGGCATGGAGATTATTGAT   1800
  1741 TTATTTGACAAGCCATGCTTGCACCAATGGTTGAGAATCCATGGCATGGAGATTATTGAT   1800
   581 -L--F--D--K--P--C--L--H--Q--W--L--R--I--H--G--M--E--I--I--D-    600

                                                                          
  1801 TCAGTATCAAGCTGTAAGACAACTTTTAGCAAGAATGCTCACCTGGCATATTCCACACTT   1860
  1801 TCAGTATCAAGCTGTAAGACAACTTTTAGCAAGAATGCTCACCTGGCATATTCCACACTT   1860
   601 -S--V--S--S--C--K--T--T--F--S--K--N--A--H--L--A--Y--S--T--L-    620

                                                                          
  1861 CTACTCAATTATGCTGTTCTTTCAATCGAATCAAAGGATGAACAAAGTCAGGCACAGATA   1920
  1861 CTACTCAATTATGCTGTTCTTTCAATCGAATCAAAGGATGAACAAAGTCAGGCACAGATA   1920
   621 -L--L--N--Y--A--V--L--S--I--E--S--K--D--E--Q--S--Q--A--Q--I-    640

                                                                          
  1921 CTTTCTGCTGCCCTTGAAATCGCTGAAGACGACACCCAAGATGCTGATTCGAAATACCGG   1980
  1921 CTTTCTGCTGCCCTTGAAATCGCTGAAGACGACACCCAAGATGCTGATTCGAAATACCGG   1980
   641 -L--S--A--A--L--E--I--A--E--D--D--T--Q--D--A--D--S--K--Y--R-    660

                                                                          
  1981 GCCCTTATGTTGAATGGCCTTGTGAAGTCCATTGCTCTTGATCTTGATGTTAAGAGTGTT   2040
  1981 GCCCTTATGTTGAATGGCCTTGTGAAGTCCATTGCTCTTGATCTTGATGTTAAGAGTGTT   2040
   661 -A--L--M--L--N--G--L--V--K--S--I--A--L--D--L--D--V--K--S--V-    680

                                                                          
  2041 GCGAACACCGCAAGAGCTTCAAAGGACTCGAAGATCGCTGAAGTTGGAGCCGACATCGAG   2100
  2041 GCGAACACCGCAAGAGCTTCAAAGGACTCGAAGATCGCTGAAGTTGGAGCCGACATCGAG   2100
   681 -A--N--T--A--R--A--S--K--D--S--K--I--A--E--V--G--A--D--I--E-    700

                                                                          
  2101 CTTCTGACAAGATGA                                                2115
  2101 CTTCTGACAAGATGA                                                2115
   701 -L--L--T--R--*-                                                 704