Oryza barthii (O.barthii_v1)
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This transcript has 17 exons, is annotated with 26 domains and features and maps to 60 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-OBART06G28330.12382793aa
 
Protein coding
A0A0D3GL56 Ensembl Canonical
-OBART06G28330.22325774aa
 
Protein coding
A0A0D3GL57 -
Variants
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Markup
  • loaded
                                                                          
     1 ATGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGACAAGTTCGTCCTGCGCTCCGGC     60
     1 ATGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGGACAAGTTCGTCCTGCGCTCCGGC     60
     1 -M--A--A--A--A--A--A--A--A--A--A--E--D--K--F--V--L--R--S--G-     20

                                                                          
    61 GTCCGCACCGGCCTCAAGCGCGAGTTCGCCTTCGCCATCGCCTCCCAGGCCGCCCTCTCT    120
    61 GTCCGCACCGGCCTCAAGCGCGAGTTCGCCTTCGCCATCGCCTCCCAGGCCGCCCTCTCT    120
    21 -V--R--T--G--L--K--R--E--F--A--F--A--I--A--S--Q--A--A--L--S-     40

                                                                          
   121 TCCACCCTCGGCCGCACGCGCTCTTCATCCTCCGCATCTGCCACCCCCAACTCCAAGCGC    180
   121 TCCACCCTCGGCCGCACGCGCTCTTCATCCTCCGCATCTGCCACCCCCAACTCCAAGCGC    180
    41 -S--T--L--G--R--T--R--S--S--S--S--A--S--A--T--P--N--S--K--R-     60

                                                                          
   181 CCGCGCCGCCCCCCCTGCACGCCGGAATCGGATCCCCCCGTTCTCGCCCTCCGCGCTCAC    240
   181 CCGCGCCGCCCCCCCTGCACGCCGGAATCGGATCCCCCCGTTCTCGCCCTCCGCGCTCAC    240
    61 -P--R--R--P--P--C--T--P--E--S--D--P--P--V--L--A--L--R--A--H-     80

                                                                          
   241 ACCCCCGACCCCGATCCCCACACCTCGCCCAGGCGGATCACTCGCTCCATGCTCCTCAAC    300
   241 ACCCCCGACCCCGATCCCCACACCTCGCCCAGGCGGATCACTCGCTCCATGCTCCTCAAC    300
    81 -T--P--D--P--D--P--H--T--S--P--R--R--I--T--R--S--M--L--L--N-    100

                                                                          
   301 CCCTCCGCCCCCCTTCTCCACCACCACCCCAAGCTTCAGCTTCAACCCCGCCGCTTCACC    360
   301 CCCTCCGCCCCCCTTCTCCACCACCACCCCAAGCTTCAGCTTCAACCCCGCCGCTTCACC    360
   101 -P--S--A--P--L--L--H--H--H--P--K--L--Q--L--Q--P--R--R--F--T-    120

                                                                          
   361 AGGTCACTCTTGTCGTCTCGGACTAGCAACTCCTCCTCCTCTTCACCTTCTGCCTCCACC    420
   361 AGGTCACTCTTGTCGTCTCGGACTAGCAACTCCTCCTCCTCTTCACCTTCTGCCTCCACC    420
   121 -R--S--L--L--S--S--R--T--S--N--S--S--S--S--S--P--S--A--S--T-    140

                                                                          
   421 TCCACCTCCAAGATGGAGCTCAAGATGTCCAAGAAGATTTCCTTCACTAGGATCCCCAGG    480
   421 TCCACCTCCAAGATGGAGCTCAAGATGTCCAAGAAGATTTCCTTCACTAGGATCCCCAGG    480
   141 -S--T--S--K--M--E--L--K--M--S--K--K--I--S--F--T--R--I--P--R-    160

                                                                          
   481 AACCTCAAGGACCTGCTCGCCACTGGCTTGCTCGAGGGCCACCCCGTCAAGTACATCATG    540
   481 AACCTCAAGGACCTGCTCGCCACTGGCTTGCTCGAGGGCCACCCCGTCAAGTACATCATG    540
   161 -N--L--K--D--L--L--A--T--G--L--L--E--G--H--P--V--K--Y--I--M-    180

                                                                          
   541 AGGAAAGGCAAGCGAGCAGTGCTTCGTGGAGTCATTAAACGTGTCGGCATACTGTGCTCT    600
   541 AGGAAAGGCAAGCGAGCAGTGCTTCGTGGAGTCATTAAACGTGTCGGCATACTGTGCTCT    600
   181 -R--K--G--K--R--A--V--L--R--G--V--I--K--R--V--G--I--L--C--S-    200

                                                                          
   601 TGTTCCTCCTGCAAAGGACGAACCGTTGTTTCCCCTTATTATTTCGAGGTGCATGCTGGG    660
   601 TGTTCCTCCTGCAAAGGACGAACCGTTGTTTCCCCTTATTATTTCGAGGTGCATGCTGGG    660
   201 -C--S--S--C--K--G--R--T--V--V--S--P--Y--Y--F--E--V--H--A--G-    220

                                                                          
   661 AGTACTAAAAAGCACCCCTCCGACTACATTTTCCTAGAAAATGGAAACAATCTGCATGAT    720
   661 AGTACTAAAAAGCACCCCTCCGACTACATTTTCCTAGAAAATGGAAACAATCTGCATGAT    720
   221 -S--T--K--K--H--P--S--D--Y--I--F--L--E--N--G--N--N--L--H--D-    240

                                                                          
   721 ATATTGAGGGCGTGTTCTGATGCTACCTTAGACATGCTGCAATCTGCAATACAGAATGCG    780
   721 ATATTGAGGGCGTGTTCTGATGCTACCTTAGACATGCTGCAATCTGCAATACAGAATGCG    780
   241 -I--L--R--A--C--S--D--A--T--L--D--M--L--Q--S--A--I--Q--N--A-    260

                                                                          
   781 ATTGGCCCAGCTCCTAAGAAGAGGACATTCAGATGCCAAACTTGCAAAAGTTCATTCGCT    840
   781 ATTGGCCCAGCTCCTAAGAAGAGGACATTCAGATGCCAAACTTGCAAAAGTTCATTCGCT    840
   261 -I--G--P--A--P--K--K--R--T--F--R--C--Q--T--C--K--S--S--F--A-    280

                                                                          
   841 ACCCTTCGCACTGGGAAATTTGCTTTGTTATGTGATTCATGTCTTGAGTCCAAGGGATCT    900
   841 ACCCTTCGCACTGGGAAATTTGCTTTGTTATGTGATTCATGTCTTGAGTCCAAGGGATCT    900
   281 -T--L--R--T--G--K--F--A--L--L--C--D--S--C--L--E--S--K--G--S-    300

                                                                          
   901 CAAAACAGTACCAGGACATCAAAGATTGGCCGGAATCCTACTTCCTCTGCTAGGAGATCC    960
   901 CAAAACAGTACCAGGACATCAAAGATTGGCCGGAATCCTACTTCCTCTGCTAGGAGATCC    960
   301 -Q--N--S--T--R--T--S--K--I--G--R--N--P--T--S--S--A--R--R--S-    320

                                                                          
   961 AAGAATGAATCCCCAGGTTCAAAGTATTGCAATTCATCTGCTAGGGGATCCAAGAATGCA   1020
   961 AAGAATGAATCCCCAGGTTCAAAGTATTGCAATTCATCTGCTAGGGGATCCAAGAATGCA   1020
   321 -K--N--E--S--P--G--S--K--Y--C--N--S--S--A--R--G--S--K--N--A-    340

                                                                          
  1021 TTCCCAGGAGTGAAGACTACTAGCACGGGAAGGATTACAAGAAAGGATAAGGGATTGCAT   1080
  1021 TTCCCAGGAGTGAAGACTACTAGCACGGGAAGGATTACAAGAAAGGATAAGGGATTGCAT   1080
   341 -F--P--G--V--K--T--T--S--T--G--R--I--T--R--K--D--K--G--L--H-    360

                                                                          
  1081 AAGTTGGCTTTCATGAGTGGTGTTCTGCCAGAGGGTACCGATGTTGGCTACTATGTTGGT   1140
  1081 AAGTTGGCTTTCATGAGTGGTGTTCTGCCAGAGGGTACCGATGTTGGCTACTATGTTGGT   1140
   361 -K--L--A--F--M--S--G--V--L--P--E--G--T--D--V--G--Y--Y--V--G-    380

                                                                          
  1141 GGAAAGAGGTTGTTGGATGGCTACATAAAGGAATTTGGAATCTACTGCCATTGCTGCAAC   1200
  1141 GGAAAGAGGTTGTTGGATGGCTACATAAAGGAATTTGGAATCTACTGCCATTGCTGCAAC   1200
   381 -G--K--R--L--L--D--G--Y--I--K--E--F--G--I--Y--C--H--C--C--N-    400

                                                                          
  1201 ACAGTGGTTAGCCCTTCGCAGTTTGAAGCCCATGCTGGCCGTGCTGCTCGACGCAAACCG   1260
  1201 ACAGTGGTTAGCCCTTCGCAGTTTGAAGCCCATGCTGGCCGTGCTGCTCGACGCAAACCG   1260
   401 -T--V--V--S--P--S--Q--F--E--A--H--A--G--R--A--A--R--R--K--P-    420

                                                                          
  1261 TACCACAACATATATATGTCAAATGGTGTTTCATTACATGAACTGTCAGTTTCACTTTCA   1320
  1261 TACCACAACATATATATGTCAAATGGTGTTTCATTACATGAACTGTCAGTTTCACTTTCA   1320
   421 -Y--H--N--I--Y--M--S--N--G--V--S--L--H--E--L--S--V--S--L--S-    440

                                                                          
  1321 AAAGGTCGAAATATGTCAAACAGACAAAGTGATGACTTGTGCAGCATTTGTTCAGATGGT   1380
  1321 AAAGGTCGAAATATGTCAAACAGACAAAGTGATGACTTGTGCAGCATTTGTTCAGATGGT   1380
   441 -K--G--R--N--M--S--N--R--Q--S--D--D--L--C--S--I--C--S--D--G-    460

                                                                          
  1381 GGGGAGCTTCTCCTTTGTGATTCCTGCCCAAGAGCTTTTCACAGAGAGTGTGTTGGCTTT   1440
  1381 GGGGAGCTTCTCCTTTGTGATTCCTGCCCAAGAGCTTTTCACAGAGAGTGTGTTGGCTTT   1440
   461 -G--E--L--L--L--C--D--S--C--P--R--A--F--H--R--E--C--V--G--F-    480

                                                                          
  1441 ACTACTATCCCAAGGGGAACTTGGTGTTGTCGGTATTGTGAGAATAGACAACAGAGAGAA   1500
  1441 ACTACTATCCCAAGGGGAACTTGGTGTTGTCGGTATTGTGAGAATAGACAACAGAGAGAA   1500
   481 -T--T--I--P--R--G--T--W--C--C--R--Y--C--E--N--R--Q--Q--R--E-    500

                                                                          
  1501 AGTTCTTTGGCATATAACCACAATGCAATAGCTGCTGGGAGGATTGACGGAATTGATCCA   1560
  1501 AGTTCTTTGGCATATAACCACAATGCAATAGCTGCTGGGAGGATTGACGGAATTGATCCA   1560
   501 -S--S--L--A--Y--N--H--N--A--I--A--A--G--R--I--D--G--I--D--P-    520

                                                                          
  1561 ATGGAACAAATATTTACAAGGTCCATACGCATTGCCACAACACCAGTGACTGGATTTGGT   1620
  1561 ATGGAACAAATATTTACAAGGTCCATACGCATTGCCACAACACCAGTGACTGGATTTGGT   1620
   521 -M--E--Q--I--F--T--R--S--I--R--I--A--T--T--P--V--T--G--F--G-    540

                                                                          
  1621 GGCTGTGCACTGTGCAGGCTCCATGATTTCAGCAAAAAGAAATTCAGTGCGAGAACTGTG   1680
  1621 GGCTGTGCACTGTGCAGGCTCCATGATTTCAGCAAAAAGAAATTCAGTGCGAGAACTGTG   1680
   541 -G--C--A--L--C--R--L--H--D--F--S--K--K--K--F--S--A--R--T--V-    560

                                                                          
  1681 CTGCTCTGTGACCAATGTGGGAGGGAATTCCATATTGGTTGCCTGAAGGAACACAATATG   1740
  1681 CTGCTCTGTGACCAATGTGGGAGGGAATTCCATATTGGTTGCCTGAAGGAACACAATATG   1740
   561 -L--L--C--D--Q--C--G--R--E--F--H--I--G--C--L--K--E--H--N--M-    580

                                                                          
  1741 GCTGATTTGACGGCCTTGCCTGAGGGAGCATGGTATTGTACTGCAGACTGCGTTAGGATC   1800
  1741 GCTGATTTGACGGCCTTGCCTGAGGGAGCATGGTATTGTACTGCAGACTGCGTTAGGATC   1800
   581 -A--D--L--T--A--L--P--E--G--A--W--Y--C--T--A--D--C--V--R--I-    600

                                                                          
  1801 AGCGAGACACTGAAGGACTTACTTAGCCGTGGAGCAGAGCCTATTTCTTCTGTAGATGTA   1860
  1801 AGCGAGACACTGAAGGACTTACTTAGCCGTGGAGCAGAGCCTATTTCTTCTGTAGATGTA   1860
   601 -S--E--T--L--K--D--L--L--S--R--G--A--E--P--I--S--S--V--D--V-    620

                                                                          
  1861 GAAATTATAAAGAGGAAATATGAACAGAAAGCTCTAAATAAAGATGGAGATCTTGATGTT   1920
  1861 GAAATTATAAAGAGGAAATATGAACAGAAAGCTCTAAATAAAGATGGAGATCTTGATGTT   1920
   621 -E--I--I--K--R--K--Y--E--Q--K--A--L--N--K--D--G--D--L--D--V-    640

                                                                          
  1921 AGATGGAGGGTTTTGAAGGACAAAAGTTCAGCAGACAGTAAATTGGTTCTCTCCAAAGCA   1980
  1921 AGATGGAGGGTTTTGAAGGACAAAAGTTCAGCAGACAGTAAATTGGTTCTCTCCAAAGCA   1980
   641 -R--W--R--V--L--K--D--K--S--S--A--D--S--K--L--V--L--S--K--A-    660

                                                                          
  1981 GTTGCAATTTTCCATGAATCATTTGATCCCATTATCCAAATTGCTACTGGGCGAGACCTT   2040
  1981 GTTGCAATTTTCCATGAATCATTTGATCCCATTATCCAAATTGCTACTGGGCGAGACCTT   2040
   661 -V--A--I--F--H--E--S--F--D--P--I--I--Q--I--A--T--G--R--D--L-    680

                                                                          
  2041 ATTCCAGCCATGGTTTACGGCAACACTGTAGTATCTGCGGGTCTTTTCCGTGTTATGGGT   2100
  2041 ATTCCAGCCATGGTTTACGGCAACACTGTAGTATCTGCGGGTCTTTTCCGTGTTATGGGT   2100
   681 -I--P--A--M--V--Y--G--N--T--V--V--S--A--G--L--F--R--V--M--G-    700

                                                                          
  2101 AGTGAAATTGCGGAGCTACCCTTGGTTGCTACAAGTAGAGATAGTCAAGGCTTGGGGTAT   2160
  2101 AGTGAAATTGCGGAGCTACCCTTGGTTGCTACAAGTAGAGATAGTCAAGGCTTGGGGTAT   2160
   701 -S--E--I--A--E--L--P--L--V--A--T--S--R--D--S--Q--G--L--G--Y-    720

                                                                          
  2161 TTCCAAGCGCTGTTTGGCTGCATAGAACGATTGTTGGCATCTCTGAAGGTGAAACATTTT   2220
  2161 TTCCAAGCGCTGTTTGGCTGCATAGAACGATTGTTGGCATCTCTGAAGGTGAAACATTTT   2220
   721 -F--Q--A--L--F--G--C--I--E--R--L--L--A--S--L--K--V--K--H--F-    740

                                                                          
  2221 GTGCTGCCAGCTGCAGATGAAGCGGAGTCTATCTGGACACAGCGGTTTGGATTCGTGAAG   2280
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   741 -V--L--P--A--A--D--E--A--E--S--I--W--T--Q--R--F--G--F--V--K-    760

                                                                          
  2281 ATAACCCAAGACGAGCTGCGTGAGTACCTCAAGGGTGGGCGAACAACCGTGTTCCAGGGA   2340
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   761 -I--T--Q--D--E--L--R--E--Y--L--K--G--G--R--T--T--V--F--Q--G-    780

                                                                          
  2341 ACATCAACCCTGCACAAGCTGGTCCCAAAATTGGATGGCTAG                     2382
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   781 -T--S--T--L--H--K--L--V--P--K--L--D--G--*-                      793