Oryza barthii (O.barthii_v1)
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About this transcript

This transcript has 8 exons, is annotated with 48 domains and features and maps to 50 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-OBART04G29730.12694799aa
 
Protein coding
A0A0D3G1R4 Ensembl Canonical
Variants
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Markup
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     1 ATGCCGGAGGCGGCGGCGGGCCACATGGATCCGGTTGGCGACGAGGCGGCGGAGAGGAGG     60
     1 ATGCCGGAGGCGGCGGCGGGCCACATGGATCCGGTTGGCGACGAGGCGGCGGAGAGGAGG     60
     1 -M--P--E--A--A--A--G--H--M--D--P--V--G--D--E--A--A--E--R--R-     20

                                                                          
    61 GAGATGGAGGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGATGAGGAGTTCTACGAGTCGCTGGAT    120
    61 GAGATGGAGGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGATGAGGAGTTCTACGAGTCGCTGGAT    120
    21 -E--M--E--E--K--E--E--E--E--E--E--D--E--E--F--Y--E--S--L--D-     40

                                                                          
   121 CGGATCCTGTCGTCGTCGTGCTCGTCCACGTCCGCCTCCGACGACGACGACCAGCAGCAC    180
   121 CGGATCCTGTCGTCGTCGTGCTCGTCCACGTCCGCCTCCGACGACGACGACCAGCAGCAC    180
    41 -R--I--L--S--S--S--C--S--S--T--S--A--S--D--D--D--D--Q--Q--H-     60

                                                                          
   181 CGGCGGAGGCGGCGGCACCACCCGCAGCCGCAGCAGCTGTCGTCGTCCGCGACGTTCTCC    240
   181 CGGCGGAGGCGGCGGCACCACCCGCAGCCGCAGCAGCTGTCGTCGTCCGCGACGTTCTCC    240
    61 -R--R--R--R--R--H--H--P--Q--P--Q--Q--L--S--S--S--A--T--F--S-     80

                                                                          
   241 GCGTACGAGGTCTGGATCTCCGAGCCGACATCCGTCGAGGAGCGCCGCCGCGTGCTGCTG    300
   241 GCGTACGAGGTCTGGATCTCCGAGCCGACATCCGTCGAGGAGCGCCGCCGCGTGCTGCTG    300
    81 -A--Y--E--V--W--I--S--E--P--T--S--V--E--E--R--R--R--V--L--L-    100

                                                                          
   301 CGTCGGCTCGGCCTCGCCCACGACTCCGAGCCCCTGCCGCACCCGTCCCCACGCGTATCA    360
   301 CGTCGGCTCGGCCTCGCCCACGACTCCGAGCCCCTGCCGCACCCGTCCCCACGCGTATCA    360
   101 -R--R--L--G--L--A--H--D--S--E--P--L--P--H--P--S--P--R--V--S-    120

                                                                          
   361 TCCTCCTCCCCTCGTTCGCCGACCCCTTCCCCCCCGTCCTCGTCGCCGCCACGGCCGGCT    420
   361 TCCTCCTCCCCTCGTTCGCCGACCCCTTCCCCCCCGTCCTCGTCGCCGCCACGGCCGGCT    420
   121 -S--S--S--P--R--S--P--T--P--S--P--P--S--S--S--P--P--R--P--A-    140

                                                                          
   421 CCCGTGCCGCCGCTTGCGAGGAACCCGAGCGGCGGCGCGGAGCAATGCCGGATCCGGAAC    480
   421 CCCGTGCCGCCGCTTGCGAGGAACCCGAGCGGCGGCGCGGAGCAATGCCGGATCCGGAAC    480
   141 -P--V--P--P--L--A--R--N--P--S--G--G--A--E--Q--C--R--I--R--N-    160

                                                                          
   481 CTGGACGACGGTACGGAGTTCGAGGTCGGGGAGGTTCACGATGAGGTGGTCCGGGAGGTC    540
   481 CTGGACGACGGTACGGAGTTCGAGGTCGGGGAGGTTCACGATGAGGTGGTCCGGGAGGTC    540
   161 -L--D--D--G--T--E--F--E--V--G--E--V--H--D--E--V--V--R--E--V-    180

                                                                          
   541 GGCACTGGCCGGCAGCTCACCTTCGAGGAGTTCGAGCTCTGCATTGGCCGCTCCCCGATC    600
   541 GGCACTGGCCGGCAGCTCACCTTCGAGGAGTTCGAGCTCTGCATTGGCCGCTCCCCGATC    600
   181 -G--T--G--R--Q--L--T--F--E--E--F--E--L--C--I--G--R--S--P--I-    200

                                                                          
   601 GTCCAAGAGCTCATGCGCCGGGCCACCACAGCCGCATCATCCTCCACCTCCGACCACGCC    660
   601 GTCCAAGAGCTCATGCGCCGGGCCACCACAGCCGCATCATCCTCCACCTCCGACCACGCC    660
   201 -V--Q--E--L--M--R--R--A--T--T--A--A--S--S--S--T--S--D--H--A-    220

                                                                          
   661 GCCCCAGCATCCAAGCCACGGAGGAAGCCTGGAGGCTGGCTGCGTGGCATCCGGCACCTG    720
   661 GCCCCAGCATCCAAGCCACGGAGGAAGCCTGGAGGCTGGCTGCGTGGCATCCGGCACCTG    720
   221 -A--P--A--S--K--P--R--R--K--P--G--G--W--L--R--G--I--R--H--L-    240

                                                                          
   721 GCGGGAAGCGTTGCATACGGGCGCAGCAGCACCGATGAGAGGGACAAGGAGAAGGAGAAG    780
   721 GCGGGAAGCGTTGCATACGGGCGCAGCAGCACCGATGAGAGGGACAAGGAGAAGGAGAAG    780
   241 -A--G--S--V--A--Y--G--R--S--S--T--D--E--R--D--K--E--K--E--K-    260

                                                                          
   781 GAGAAGAAGGAGAGGGAAGCGCGGCGCCTGAGCTCCGCCACCGATGACAGCCTTGACGGC    840
   781 GAGAAGAAGGAGAGGGAAGCGCGGCGCCTGAGCTCCGCCACCGATGACAGCCTTGACGGC    840
   261 -E--K--K--E--R--E--A--R--R--L--S--S--A--T--D--D--S--L--D--G-    280

                                                                          
   841 AACGGCTCGCGCAATGCAGGGAGGGTCAGGGTGCGGCAGTATGGGAAGGCGTGCAAGGAG    900
   841 AACGGCTCGCGCAATGCAGGGAGGGTCAGGGTGCGGCAGTATGGGAAGGCGTGCAAGGAG    900
   281 -N--G--S--R--N--A--G--R--V--R--V--R--Q--Y--G--K--A--C--K--E-    300

                                                                          
   901 CTCACCGGGCTGTTCATGACACAAGAATTGGCTGCCCATTCGGGCTCAATCTGGTGTATC    960
   901 CTCACCGGGCTGTTCATGACACAAGAATTGGCTGCCCATTCGGGCTCAATCTGGTGTATC    960
   301 -L--T--G--L--F--M--T--Q--E--L--A--A--H--S--G--S--I--W--C--I-    320

                                                                          
   961 AACTTCAGCTTGGATGGACGATACCTTGCAAGCGCTGGCGAGGACCGTGTCATCCATGTG   1020
   961 AACTTCAGCTTGGATGGACGATACCTTGCAAGCGCTGGCGAGGACCGTGTCATCCATGTG   1020
   321 -N--F--S--L--D--G--R--Y--L--A--S--A--G--E--D--R--V--I--H--V-    340

                                                                          
  1021 TGGGAGGTATCAGAGGGAGAAAGAAAGGGAGAATTGCTCGGGGAAGGTACGGTGGCAAGG   1080
  1021 TGGGAGGTATCAGAGGGAGAAAGAAAGGGAGAATTGCTCGGGGAAGGTACGGTGGCAAGG   1080
   341 -W--E--V--S--E--G--E--R--K--G--E--L--L--G--E--G--T--V--A--R-    360

                                                                          
  1081 GAGAACGGTGGTGGCTGCAGCCCGTTTCTTGCAGCTGTTGGGAATGGATCGCCGGAGCTG   1140
  1081 GAGAACGGTGGTGGCTGCAGCCCGTTTCTTGCAGCTGTTGGGAATGGATCGCCGGAGCTG   1140
   361 -E--N--G--G--G--C--S--P--F--L--A--A--V--G--N--G--S--P--E--L-    380

                                                                          
  1141 GCGACATTGTCATTGAGCTGTGCTGACGGGGGTTTTGTGGAGAAGAAGAGGAGGCCAAGG   1200
  1141 GCGACATTGTCATTGAGCTGTGCTGACGGGGGTTTTGTGGAGAAGAAGAGGAGGCCAAGG   1200
   381 -A--T--L--S--L--S--C--A--D--G--G--F--V--E--K--K--R--R--P--R-    400

                                                                          
  1201 ATGCAAAGCAGCCGGAAGTCTGTTGGCTCTGATCATCTAGTTGTGCCTGAATGTGTGTTT   1260
  1201 ATGCAAAGCAGCCGGAAGTCTGTTGGCTCTGATCATCTAGTTGTGCCTGAATGTGTGTTT   1260
   401 -M--Q--S--S--R--K--S--V--G--S--D--H--L--V--V--P--E--C--V--F-    420

                                                                          
  1261 GGGTTCAGAGATAAACCAGTATGCTCTCTATTGGGTCACGCCGCCGATGTTCTTGATCTA   1320
  1261 GGGTTCAGAGATAAACCAGTATGCTCTCTATTGGGTCACGCCGCCGATGTTCTTGATCTA   1320
   421 -G--F--R--D--K--P--V--C--S--L--L--G--H--A--A--D--V--L--D--L-    440

                                                                          
  1321 TCATGGTCCAAATCTCAGTACTTGCTTTCATCCTCAATGGACAAAACTGTTAAACTATGG   1380
  1321 TCATGGTCCAAATCTCAGTACTTGCTTTCATCCTCAATGGACAAAACTGTTAAACTATGG   1380
   441 -S--W--S--K--S--Q--Y--L--L--S--S--S--M--D--K--T--V--K--L--W-    460

                                                                          
  1381 GACATTACTACTAGTACCTGTCTGAAAACATTTTCACACACAGACTATGTGACTTGCATC   1440
  1381 GACATTACTACTAGTACCTGTCTGAAAACATTTTCACACACAGACTATGTGACTTGCATC   1440
   461 -D--I--T--T--S--T--C--L--K--T--F--S--H--T--D--Y--V--T--C--I-    480

                                                                          
  1441 CAGTTCAATCCCGTGGATGATAACTTCTTCATTAGTGGATCACTGGATGAAAAAGTACGC   1500
  1441 CAGTTCAATCCCGTGGATGATAACTTCTTCATTAGTGGATCACTGGATGAAAAAGTACGC   1500
   481 -Q--F--N--P--V--D--D--N--F--F--I--S--G--S--L--D--E--K--V--R-    500

                                                                          
  1501 ATTTGGAATGTACATGATCGTAAGATTGAGGATTGGAATGATCTTCATGAGATGGTCACT   1560
  1501 ATTTGGAATGTACATGATCGTAAGATTGAGGATTGGAATGATCTTCATGAGATGGTCACT   1560
   501 -I--W--N--V--H--D--R--K--I--E--D--W--N--D--L--H--E--M--V--T-    520

                                                                          
  1561 GCTGCGTGTTACTCCCCTGATGGACAGGTTGCACTGGTGGGATCACACAAGGGAAGCTGT   1620
  1561 GCTGCGTGTTACTCCCCTGATGGACAGGTTGCACTGGTGGGATCACACAAGGGAAGCTGT   1620
   521 -A--A--C--Y--S--P--D--G--Q--V--A--L--V--G--S--H--K--G--S--C-    540

                                                                          
  1621 CATTTATTTGATACAACTGAAAAGAAGCTTCAGTACAAAAGTCAGATAGAACTAAGAATC   1680
  1621 CATTTATTTGATACAACTGAAAAGAAGCTTCAGTACAAAAGTCAGATAGAACTAAGAATC   1680
   541 -H--L--F--D--T--T--E--K--K--L--Q--Y--K--S--Q--I--E--L--R--I-    560

                                                                          
  1681 AGGAAGAAGAAGTCTGGCCAGAAGAAGATAACTGGCTTCCAGTTTGCTCCTGGAAGCTCG   1740
  1681 AGGAAGAAGAAGTCTGGCCAGAAGAAGATAACTGGCTTCCAGTTTGCTCCTGGAAGCTCG   1740
   561 -R--K--K--K--S--G--Q--K--K--I--T--G--F--Q--F--A--P--G--S--S-    580

                                                                          
  1741 TCGGAAGTCCTGATTACCTCTGCAGATTCAAGAATCCGTGTTGTTAATGGTGATGAACTC   1800
  1741 TCGGAAGTCCTGATTACCTCTGCAGATTCAAGAATCCGTGTTGTTAATGGTGATGAACTC   1800
   581 -S--E--V--L--I--T--S--A--D--S--R--I--R--V--V--N--G--D--E--L-    600

                                                                          
  1801 GTTCACAAATTTAAAGGGTTCCGAAATACAAGTAGCCAAATATCCGCTTCTGTAGCTCCA   1860
  1801 GTTCACAAATTTAAAGGGTTCCGAAATACAAGTAGCCAAATATCCGCTTCTGTAGCTCCA   1860
   601 -V--H--K--F--K--G--F--R--N--T--S--S--Q--I--S--A--S--V--A--P-    620

                                                                          
  1861 AACGGGAAATATGTGGTCTGTGCCAGTGAGGACTCCCACGTGTATGTCTGGAGGCATGAC   1920
  1861 AACGGGAAATATGTGGTCTGTGCCAGTGAGGACTCCCACGTGTATGTCTGGAGGCATGAC   1920
   621 -N--G--K--Y--V--V--C--A--S--E--D--S--H--V--Y--V--W--R--H--D-    640

                                                                          
  1921 AATACTTCCCATCCGAGCAGAAGCAGGAGTGCAGTTGATGTAACCAACTCATATGAGCAT   1980
  1921 AATACTTCCCATCCGAGCAGAAGCAGGAGTGCAGTTGATGTAACCAACTCATATGAGCAT   1980
   641 -N--T--S--H--P--S--R--S--R--S--A--V--D--V--T--N--S--Y--E--H-    660

                                                                          
  1981 TTCCATTGCCATGATGTCACTGTGGCTATCACATGGCCCGGCGCTGAATCCCGTGGCTCA   2040
  1981 TTCCATTGCCATGATGTCACTGTGGCTATCACATGGCCCGGCGCTGAATCCCGTGGCTCA   2040
   661 -F--H--C--H--D--V--T--V--A--I--T--W--P--G--A--E--S--R--G--S-    680

                                                                          
  2041 TTCGGGTCCCGTAGCAGCAGAAACAGTGATTCAGACGATGTAGTGATGAACACGGGTCGG   2100
  2041 TTCGGGTCCCGTAGCAGCAGAAACAGTGATTCAGACGATGTAGTGATGAACACGGGTCGG   2100
   681 -F--G--S--R--S--S--R--N--S--D--S--D--D--V--V--M--N--T--G--R-    700

                                                                          
  2101 GATGCCCCTGTAGAGAACAGTGAGCATGATCTGAATGGCACTGTCAATAGATGCACCAAG   2160
  2101 GATGCCCCTGTAGAGAACAGTGAGCATGATCTGAATGGCACTGTCAATAGATGCACCAAG   2160
   701 -D--A--P--V--E--N--S--E--H--D--L--N--G--T--V--N--R--C--T--K-    720

                                                                          
  2161 CGCCCAGTTTGTGAAGGTGTTGCAAGCACAAGCAATCCTCCAGCGGATGGAGTATCAACG   2220
  2161 CGCCCAGTTTGTGAAGGTGTTGCAAGCACAAGCAATCCTCCAGCGGATGGAGTATCAACG   2220
   721 -R--P--V--C--E--G--V--A--S--T--S--N--P--P--A--D--G--V--S--T-    740

                                                                          
  2221 TCCTGGCCTGACGAGAAACAATCGTCTGCCAAGAGCAGTCCTGGTCACTGCTCATCCGAC   2280
  2221 TCCTGGCCTGACGAGAAACAATCGTCTGCCAAGAGCAGTCCTGGTCACTGCTCATCCGAC   2280
   741 -S--W--P--D--E--K--Q--S--S--A--K--S--S--P--G--H--C--S--S--D-    760

                                                                          
  2281 CTTTGCATTGGAGCTTTGGATGTTCAGCGCCGGTCAGCTTGGGGATTGGTGATTGTCACT   2340
  2281 CTTTGCATTGGAGCTTTGGATGTTCAGCGCCGGTCAGCTTGGGGATTGGTGATTGTCACT   2340
   761 -L--C--I--G--A--L--D--V--Q--R--R--S--A--W--G--L--V--I--V--T-    780

                                                                          
  2341 GCAGGAAGGGGTGGTGAAATTAGGGTGTTCCAGAATTTCGGCTTCCCGGTTCAAGTGTAA   2400
  2341 GCAGGAAGGGGTGGTGAAATTAGGGTGTTCCAGAATTTCGGCTTCCCGGTTCAAGTGTAA   2400
   781 -A--G--R--G--G--E--I--R--V--F--Q--N--F--G--F--P--V--Q--V--*-    799

                                                                          
  2401 AGCTAGTGTGAGAATATTCAGAGATGTCCGTTTGTTTACTGTATAGATATCGTTAGTTTT   2460
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2461 TTCTCCATTTCACCTAGTTCTTTTACTAGCTAAAAGATTTCCCTGTTTCGCTGTCAGGTT   2520
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2521 GGGAGCCCCAGTAGCTCAATCCAACTTGCTAAGCACCACACTATTTTTTACCCTCTGTTG   2580
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2581 ATACAAGGCTTTGTGTAATTGTATGGTTAACAACCAATACATCGATTTGTTTGTTCATAT   2640
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2641 ATTGTTTCTTGGTTATACACTGATTGATATATGAAGATAATTTCTAACTCCATG         2694
       ......................................................             
       ......................................................