Oryza barthii (O.barthii_v1)
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This transcript has 6 exons, is annotated with 51 domains and features and maps to 35 oligo probes.

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-OBART03G17590.11631521aa
 
Protein coding
A0A0D3FIK2 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
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Other
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Markup
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     1 ATGGAGAACCCCAGGCCACAGGCCCCTGCGGGGACCCCTCCCATGGCTCCCCTCCCTGTG     60
     1 ATGGAGAACCCCAGGCCACAGGCCCCTGCGGGGACCCCTCCCATGGCTCCCCTCCCTGTG     60
     1 -M--E--N--P--R--P--Q--A--P--A--G--T--P--P--M--A--P--L--P--V-     20

                                                                          
    61 CCCCTTACCATCGCCCCATCCCAGCCCCGCCTCCGCGAGCCCCCGCGCCCGCCCCGGCCG    120
    61 CCCCTTACCATCGCCCCATCCCAGCCCCGCCTCCGCGAGCCCCCGCGCCCGCCCCGGCCG    120
    21 -P--L--T--I--A--P--S--Q--P--R--L--R--E--P--P--R--P--P--R--P-     40

                                                                          
   121 CCGCCGCTGCCGTCGCCTCCACCTCCGCGGCAGGAGGAGGAGGGGGCGGCGGCTGAGTAC    180
   121 CCGCCGCTGCCGTCGCCTCCACCTCCGCGGCAGGAGGAGGAGGGGGCGGCGGCTGAGTAC    180
    41 -P--P--L--P--S--P--P--P--P--R--Q--E--E--E--G--A--A--A--E--Y-     60

                                                                          
   181 GAGGTCTCCGATGACCACCGCGCAGCGCGGGAGCGCCACGAGCGCGCGGTGCAGGAGCTG    240
   181 GAGGTCTCCGATGACCACCGCGCAGCGCGGGAGCGCCACGAGCGCGCGGTGCAGGAGCTG    240
    61 -E--V--S--D--D--H--R--A--A--R--E--R--H--E--R--A--V--Q--E--L-     80

                                                                          
   241 CTCCAGCGCCGCCGCGCCTTCGCCATGGCCGTGCCCACCAACGACTCCGCCGTGCGGGCG    300
   241 CTCCAGCGCCGCCGCGCCTTCGCCATGGCCGTGCCCACCAACGACTCCGCCGTGCGGGCG    300
    81 -L--Q--R--R--R--A--F--A--M--A--V--P--T--N--D--S--A--V--R--A-    100

                                                                          
   301 CGCCTCCGCCGCCTCGGCGAGCCCGTCACGCTCTTCGGCGAGCGCGAGATGGAGCGCCGG    360
   301 CGCCTCCGCCGCCTCGGCGAGCCCGTCACGCTCTTCGGCGAGCGCGAGATGGAGCGCCGG    360
   101 -R--L--R--R--L--G--E--P--V--T--L--F--G--E--R--E--M--E--R--R-    120

                                                                          
   361 GACCGCCTCCGCGCCCTCATGGTCCGCCTCGAGGCCGACGGCCACCTCGACCGCCTCCTC    420
   361 GACCGCCTCCGCGCCCTCATGGTCCGCCTCGAGGCCGACGGCCACCTCGACCGCCTCCTC    420
   121 -D--R--L--R--A--L--M--V--R--L--E--A--D--G--H--L--D--R--L--L-    140

                                                                          
   421 CGCGCGCAGGAGGAGGAGCAGGGCGCCGCTGGCGCCGAGGAGGAGGAGGAGCAGATCCAG    480
   421 CGCGCGCAGGAGGAGGAGCAGGGCGCCGCTGGCGCCGAGGAGGAGGAGGAGCAGATCCAG    480
   141 -R--A--Q--E--E--E--Q--G--A--A--G--A--E--E--E--E--E--Q--I--Q-    160

                                                                          
   481 TACCCCTTCTTCACCGAGGGCACGCAGGAGCTTCTCAAGGCGCGCGTCGACATCGCGCAG    540
   481 TACCCCTTCTTCACCGAGGGCACGCAGGAGCTTCTCAAGGCGCGCGTCGACATCGCGCAG    540
   161 -Y--P--F--F--T--E--G--T--Q--E--L--L--K--A--R--V--D--I--A--Q-    180

                                                                          
   541 TACTCGCTGCCACGAGCCAAGGCCAGGATCGAGCGGGCCAAGCGCCGCCATGACGACCCC    600
   541 TACTCGCTGCCACGAGCCAAGGCCAGGATCGAGCGGGCCAAGCGCCGCCATGACGACCCC    600
   181 -Y--S--L--P--R--A--K--A--R--I--E--R--A--K--R--R--H--D--D--P-    200

                                                                          
   601 GACGAGGACCCTGAGGCAGAGGCCAACCTTGTCGTGAAGCAGGCGGAGGATTTCGTGCTT    660
   601 GACGAGGACCCTGAGGCAGAGGCCAACCTTGTCGTGAAGCAGGCGGAGGATTTCGTGCTT    660
   201 -D--E--D--P--E--A--E--A--N--L--V--V--K--Q--A--E--D--F--V--L-    220

                                                                          
   661 GAGTGCAGCGAGATTGGAGATGACCGCCCCCTCACCGGCTGCTCCTTCTCTCGAGATGCA    720
   661 GAGTGCAGCGAGATTGGAGATGACCGCCCCCTCACCGGCTGCTCCTTCTCTCGAGATGCA    720
   221 -E--C--S--E--I--G--D--D--R--P--L--T--G--C--S--F--S--R--D--A-    240

                                                                          
   721 TCAATGCTCGCTACAAGTTCATGGAGTGGGATGATCAAAGTGTGGAGTATGCCACAAGTA    780
   721 TCAATGCTCGCTACAAGTTCATGGAGTGGGATGATCAAAGTGTGGAGTATGCCACAAGTA    780
   241 -S--M--L--A--T--S--S--W--S--G--M--I--K--V--W--S--M--P--Q--V-    260

                                                                          
   781 ACTAAAATTGCAACTCTGAAAGGTCACACAGAACGTGCAACTGATGTTGCGTTTTCACCA    840
   781 ACTAAAATTGCAACTCTGAAAGGTCACACAGAACGTGCAACTGATGTTGCGTTTTCACCA    840
   261 -T--K--I--A--T--L--K--G--H--T--E--R--A--T--D--V--A--F--S--P-    280

                                                                          
   841 GTTGACGACTGCTTAGCAACAGCTTCAGCTGATAAAACTGCCAAACTATGGAAGATCGAT    900
   841 GTTGACGACTGCTTAGCAACAGCTTCAGCTGATAAAACTGCCAAACTATGGAAGATCGAT    900
   281 -V--D--D--C--L--A--T--A--S--A--D--K--T--A--K--L--W--K--I--D-    300

                                                                          
   901 GGGTCACTCTTAATGTCCTTTGATGGTCACCTGGATCGGCTTGCTCGCCTTGCTTTTCAT    960
   901 GGGTCACTCTTAATGTCCTTTGATGGTCACCTGGATCGGCTTGCTCGCCTTGCTTTTCAT    960
   301 -G--S--L--L--M--S--F--D--G--H--L--D--R--L--A--R--L--A--F--H-    320

                                                                          
   961 CCATCTGGAGGGTACCTTGCTACAGCTAGCTTTGACAAGACCTGGAGATTGTGGGACGTT   1020
   961 CCATCTGGAGGGTACCTTGCTACAGCTAGCTTTGACAAGACCTGGAGATTGTGGGACGTT   1020
   321 -P--S--G--G--Y--L--A--T--A--S--F--D--K--T--W--R--L--W--D--V-    340

                                                                          
  1021 AGCACTGGAAAGGAACTTCTACTCCAAGAAGGGCACAGCAGAAGTGTCTATGGAGTTAGC   1080
  1021 AGCACTGGAAAGGAACTTCTACTCCAAGAAGGGCACAGCAGAAGTGTCTATGGAGTTAGC   1080
   341 -S--T--G--K--E--L--L--L--Q--E--G--H--S--R--S--V--Y--G--V--S-    360

                                                                          
  1081 TTTCACCCAGATGGTTCTTTAGCTGCATCTTGTGGTCTTGATGCATATGCTCGAGTTTGG   1140
  1081 TTTCACCCAGATGGTTCTTTAGCTGCATCTTGTGGTCTTGATGCATATGCTCGAGTTTGG   1140
   361 -F--H--P--D--G--S--L--A--A--S--C--G--L--D--A--Y--A--R--V--W-    380

                                                                          
  1141 GATTTAAGATCAGGAAGATTGTGGGGCACACTTATGGGACATGTGAAGCCTGTCTTAGGA   1200
  1141 GATTTAAGATCAGGAAGATTGTGGGGCACACTTATGGGACATGTGAAGCCTGTCTTAGGA   1200
   381 -D--L--R--S--G--R--L--W--G--T--L--M--G--H--V--K--P--V--L--G-    400

                                                                          
  1201 GTGAGCTTCTCCCCTAATGGTTTTCTGGTTGCAACTGGAAGTGAAGACAATTTCTGTCGA   1260
  1201 GTGAGCTTCTCCCCTAATGGTTTTCTGGTTGCAACTGGAAGTGAAGACAATTTCTGTCGA   1260
   401 -V--S--F--S--P--N--G--F--L--V--A--T--G--S--E--D--N--F--C--R-    420

                                                                          
  1261 ATATGGGATTTGAGGACTAAAAGAATGTTATATTCTATACCAGCACATAAGAGTCTTATC   1320
  1261 ATATGGGATTTGAGGACTAAAAGAATGTTATATTCTATACCAGCACATAAGAGTCTTATC   1320
   421 -I--W--D--L--R--T--K--R--M--L--Y--S--I--P--A--H--K--S--L--I-    440

                                                                          
  1321 TCACATGTCAAGTTTGAACCCCAGGAGGGCTATTATTTGGCAACTTCATCCTATGACACC   1380
  1321 TCACATGTCAAGTTTGAACCCCAGGAGGGCTATTATTTGGCAACTTCATCCTATGACACC   1380
   441 -S--H--V--K--F--E--P--Q--E--G--Y--Y--L--A--T--S--S--Y--D--T-    460

                                                                          
  1381 AAAGCAGCGCTGTGGTCAGCTCGTGATTACAAACCAATCAAGAGTTTGGTGGGCCATGAG   1440
  1381 AAAGCAGCGCTGTGGTCAGCTCGTGATTACAAACCAATCAAGAGTTTGGTGGGCCATGAG   1440
   461 -K--A--A--L--W--S--A--R--D--Y--K--P--I--K--S--L--V--G--H--E-    480

                                                                          
  1441 TCAAAGGTTACTAGTTTGGATATTAGTGGAGATGGGCAGCAGATTGTGACTGTGTCACAT   1500
  1441 TCAAAGGTTACTAGTTTGGATATTAGTGGAGATGGGCAGCAGATTGTGACTGTGTCACAT   1500
   481 -S--K--V--T--S--L--D--I--S--G--D--G--Q--Q--I--V--T--V--S--H-    500

                                                                          
  1501 GATAGAACGATCAAGATTTGGTCCTGCAGAAGCAGGGCACAAGATAATGCCATGGAGCTG   1560
  1501 GATAGAACGATCAAGATTTGGTCCTGCAGAAGCAGGGCACAAGATAATGCCATGGAGCTG   1560
   501 -D--R--T--I--K--I--W--S--C--R--S--R--A--Q--D--N--A--M--E--L-    520

                                                                          
  1561 GACTGAGGCACTGAATTAACCTGTTGTTAGCGCTCTTCTGCACTTCCTGGCCGAAACATG   1620
  1561 GACTGA......................................................   1566
   521 -D--*-......................................................    521

                                                                          
  1621 CCGTCGCTCCC                                                    1631
       ...........                                                        
       ...........