Oryza barthii (O.barthii_v1) ▼ 
Summary
SequenceProtein InformationProtein summaryDomains & featuresVariantsPDB 3D protein modelAlphaFold predicted modelGenetic VariationVariant tableVariant imagePopulation comparisonComparison imageExternal ReferencesSupporting evidenceID HistoryTranscript historyProtein history.
Chromosome 3: 9,887,257-9,891,812 forward strand.
This transcript has 4 exons, is annotated with 32 domains and features and maps to 51 oligo probes.
This transcript is a product of gene OBART03G14320 Show transcript tableHide transcript table
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1 ACACGCCCCGCCCGAAACACCAATCATCCGCACAGCTGCACAGGCATAGCAGCACGTGAG 60 ............................................................ ............................................................ 61 AAAACCGGGCTGCAGCGTGTGTACGTTCGCCATCGATACCGCGGCGCGCGGGGCGGGGGC 120 ............................................................ ............................................................ 121 GACTAGTCCAACTCCAGCAACGGGCCAACCAACCACTAGTAGCTAGGGAGCCGGAGCCAG 180 ............................................................ ............................................................ 181 GAGGAAGCCACCAGCCCGGCCAAGCCAGCCAGCCACCCCTACCAACGCGTCCCGTGCGAG 240 ............................................................ ............................................................ 241 GAGAGAGAGGTTGCAAGCGAGGATAAAGCGCCCGCACCTCGCCGTACTCCGATCCGATGC 300 ............................................................ ............................................................ 301 TTCCCCCCTCCGTCCCCTCGTAGCCTCCGCGTTCCCCCGTCCCCGTCCCGGCGCGCGCGC 360 ............................................................ ............................................................ 361 GCGCCCCCCTTTCCGTTTTCGAGCCGAGCTCCTCGCCGCCGCCTTCTCTGACCTGCGCGT 420 ............................................................ ............................................................ 421 GGTCGTATATATTAAACCGATTCAAACCCACGGGGTAACCACTAGGCGCTGGAAAGGGAA 480 ............................................................ ............................................................ 481 ACCACCAGATAAGCTCTGGAGCTGGTATTGGATTAGTGGGTGGTGGTGGTGGTGGTGCGA 540 ............................................................ ............................................................ 541 GGCCGTCGCTGGGCGGTGCTGGTTTTCTCGCGCGGCTGGTGCGATCGGAGAGGGATGGGG 600 ......................................................ATGGGG 6 ......................................................-M--G- 2 601 AAGGGAGGGGAAGGGGCGGTTCCCGTGGGGGAGAGCGGCGGGCGGCGGCGGAGGAGGCCG 660 7 AAGGGAGGGGAAGGGGCGGTTCCCGTGGGGGAGAGCGGCGGGCGGCGGCGGAGGAGGCCG 66 3 -K--G--G--E--G--A--V--P--V--G--E--S--G--G--R--R--R--R--R--P- 22 661 GGCGAGGACGGAGGCGACGACGACGACGAGGAGTATGTGGTGGAGGAGGATGAGGAGGAA 720 67 GGCGAGGACGGAGGCGACGACGACGACGAGGAGTATGTGGTGGAGGAGGATGAGGAGGAA 126 23 -G--E--D--G--G--D--D--D--D--E--E--Y--V--V--E--E--D--E--E--E- 42 721 GAGTGCGACGAGGATCTGTCTGCCTCGAGCGCCGGCGAGGGAGGAGAGGGCACAGACGAG 780 127 GAGTGCGACGAGGATCTGTCTGCCTCGAGCGCCGGCGAGGGAGGAGAGGGCACAGACGAG 186 43 -E--C--D--E--D--L--S--A--S--S--A--G--E--G--G--E--G--T--D--E- 62 781 GAATACGAAGAGGGTGATGAGGACGAAGAGGAGGATGAGACCCCGCGGCCGAGGCAGCCT 840 187 GAATACGAAGAGGGTGATGAGGACGAAGAGGAGGATGAGACCCCGCGGCCGAGGCAGCCT 246 63 -E--Y--E--E--G--D--E--D--E--E--E--D--E--T--P--R--P--R--Q--P- 82 841 GTCAAGAGCCGCGAGAATGGGCGGAAGGGGAAGGCAGACCCACCCGTTGCGCGATCTCGT 900 247 GTCAAGAGCCGCGAGAATGGGCGGAAGGGGAAGGCAGACCCACCCGTTGCGCGATCTCGT 306 83 -V--K--S--R--E--N--G--R--K--G--K--A--D--P--P--V--A--R--S--R- 102 901 CGACGTAAGTACGAGGATGACGATGACTACTCGGAAGAAGAAGACGATGGGGTCGACGAG 960 307 CGACGTAAGTACGAGGATGACGATGACTACTCGGAAGAAGAAGACGATGGGGTCGACGAG 366 103 -R--R--K--Y--E--D--D--D--D--Y--S--E--E--E--D--D--G--V--D--E- 122 961 TACGGCGAGGATCTTGAGGAGGAAGAAGAGGAGGACGATGAGGCGCCACGATCCAAGCGC 1020 367 TACGGCGAGGATCTTGAGGAGGAAGAAGAGGAGGACGATGAGGCGCCACGATCCAAGCGC 426 123 -Y--G--E--D--L--E--E--E--E--E--E--D--D--E--A--P--R--S--K--R- 142 1021 ATGAAGAAACGTGGTGGCCGCAACGTGGAGGGGAAGCTTCCTCTGGAGCGATCAAATCGC 1080 427 ATGAAGAAACGTGGTGGCCGCAACGTGGAGGGGAAGCTTCCTCTGGAGCGATCAAATCGC 486 143 -M--K--K--R--G--G--R--N--V--E--G--K--L--P--L--E--R--S--N--R- 162 1081 CGGAGGTATGAGGAGGACATGGACTTTGACCCTGACATGGATGAGGAGGAAGAGGAGGAG 1140 487 CGGAGGTATGAGGAGGACATGGACTTTGACCCTGACATGGATGAGGAGGAAGAGGAGGAG 546 163 -R--R--Y--E--E--D--M--D--F--D--P--D--M--D--E--E--E--E--E--E- 182 1141 GATGTTGATTTCGATCCTGAAGTGGAGGACGAGGAGGAAGAAGATTTTGAGGATGAGGAA 1200 547 GATGTTGATTTCGATCCTGAAGTGGAGGACGAGGAGGAAGAAGATTTTGAGGATGAGGAA 606 183 -D--V--D--F--D--P--E--V--E--D--E--E--E--E--D--F--E--D--E--E- 202 1201 GATGATGAATTGGAAGCGACTAAGGTGAGGGTTAAGAATATGGGGCGGCGAAAGTCTGCT 1260 607 GATGATGAATTGGAAGCGACTAAGGTGAGGGTTAAGAATATGGGGCGGCGAAAGTCTGCT 666 203 -D--D--E--L--E--A--T--K--V--R--V--K--N--M--G--R--R--K--S--A- 222 1261 TTGAATCAGCGACGAGGGAAGATGAAGAGCAGCTCTAAGGTGGCCAGTCGGAAGGTGGGT 1320 667 TTGAATCAGCGACGAGGGAAGATGAAGAGCAGCTCTAAGGTGGCCAGTCGGAAGGTGGGT 726 223 -L--N--Q--R--R--G--K--M--K--S--S--S--K--V--A--S--R--K--V--G- 242 1321 TCAGTCAAGGCAAGGAACGCTGCTTCTATAAGACGGAGGCAGAAAAAACGTTCAATGCTT 1380 727 TCAGTCAAGGCAAGGAACGCTGCTTCTATAAGACGGAGGCAGAAAAAACGTTCAATGCTT 786 243 -S--V--K--A--R--N--A--A--S--I--R--R--R--Q--K--K--R--S--M--L- 262 1381 GATCGTTATGAGGATGACGACTTCATTGTGGAGGACGAGGTTACGGCTGATTGGCAACCA 1440 787 GATCGTTATGAGGATGACGACTTCATTGTGGAGGACGAGGTTACGGCTGATTGGCAACCA 846 263 -D--R--Y--E--D--D--D--F--I--V--E--D--E--V--T--A--D--W--Q--P- 282 1441 AGGAAAAAGGCTAGAATTAGGAAGCAGATGGAGGTTGATCCTCCGACACCAGTTTTTGAG 1500 847 AGGAAAAAGGCTAGAATTAGGAAGCAGATGGAGGTTGATCCTCCGACACCAGTTTTTGAG 906 283 -R--K--K--A--R--I--R--K--Q--M--E--V--D--P--P--T--P--V--F--E- 302 1501 GCTGAGATATGGCCTACTATTGATTCAGACACGACAGACTTCGAATTTGTAACATCCGAT 1560 907 GCTGAGATATGGCCTACTATTGATTCAGACACGACAGACTTCGAATTTGTAACATCCGAT 966 303 -A--E--I--W--P--T--I--D--S--D--T--T--D--F--E--F--V--T--S--D- 322 1561 GAGGAAGCAGCCATTGCTGAGCCTACTAGGGTTATTAAGAAGGGGAGGAAGAAAAGGGTA 1620 967 GAGGAAGCAGCCATTGCTGAGCCTACTAGGGTTATTAAGAAGGGGAGGAAGAAAAGGGTA 1026 323 -E--E--A--A--I--A--E--P--T--R--V--I--K--K--G--R--K--K--R--V- 342 1621 TTTGTGTCAGATTCATCCTCAGATTCTGAATTCGTTGTATCAGATAAGGAATTGGGGAAT 1680 1027 TTTGTGTCAGATTCATCCTCAGATTCTGAATTCGTTGTATCAGATAAGGAATTGGGGAAT 1086 343 -F--V--S--D--S--S--S--D--S--E--F--V--V--S--D--K--E--L--G--N- 362 1681 TTGAAGGAGTCTGAGCCTCCAGAGTCTCTGAAAGTGCTGCCTTCATCACCCAGGAAGATT 1740 1087 TTGAAGGAGTCTGAGCCTCCAGAGTCTCTGAAAGTGCTGCCTTCATCACCCAGGAAGATT 1146 363 -L--K--E--S--E--P--P--E--S--L--K--V--L--P--S--S--P--R--K--I- 382 1741 TCTGTTACAGGTAATGGGGAGCACAAGGGGAAGGAGAAAAAGGAACCACAGGAGGCTGGA 1800 1147 TCTGTTACAGGTAATGGGGAGCACAAGGGGAAGGAGAAAAAGGAACCACAGGAGGCTGGA 1206 383 -S--V--T--G--N--G--E--H--K--G--K--E--K--K--E--P--Q--E--A--G- 402 1801 AGGGCAACGTGCGGGATTTGCCTTTCTGAAGAACAGAGAGTGACTGTGCAGGGTGTGCTG 1860 1207 AGGGCAACGTGCGGGATTTGCCTTTCTGAAGAACAGAGAGTGACTGTGCAGGGTGTGCTG 1266 403 -R--A--T--C--G--I--C--L--S--E--E--Q--R--V--T--V--Q--G--V--L- 422 1861 GATTGCTGTTCACACTATTTTTGCTTTGCATGCATCATGCAATGGTCTAAGGTTGAGTCA 1920 1267 GATTGCTGTTCACACTATTTTTGCTTTGCATGCATCATGCAATGGTCTAAGGTTGAGTCA 1326 423 -D--C--C--S--H--Y--F--C--F--A--C--I--M--Q--W--S--K--V--E--S- 442 1921 AGGTGTCCGTTGTGTAAACGGCGGTTCACAACAATCACAAAGTCGTCAAAGGAGGATACT 1980 1327 AGGTGTCCGTTGTGTAAACGGCGGTTCACAACAATCACAAAGTCGTCAAAGGAGGATACT 1386 443 -R--C--P--L--C--K--R--R--F--T--T--I--T--K--S--S--K--E--D--T- 462 1981 GGTTTGGAACTGACAAATTCTGTAATTAGGGTTGAAGAACGTGATCAGGTTTATCAGCCT 2040 1387 GGTTTGGAACTGACAAATTCTGTAATTAGGGTTGAAGAACGTGATCAGGTTTATCAGCCT 1446 463 -G--L--E--L--T--N--S--V--I--R--V--E--E--R--D--Q--V--Y--Q--P- 482 2041 ACGGAAGAGGAAATAAGACGTTGGCTAGATCCATACGAGAATGTTGTGTGCATAGAGTGC 2100 1447 ACGGAAGAGGAAATAAGACGTTGGCTAGATCCATACGAGAATGTTGTGTGCATAGAGTGC 1506 483 -T--E--E--E--I--R--R--W--L--D--P--Y--E--N--V--V--C--I--E--C- 502 2101 AATCAAGGTGGTGATGACAGTCTCATGTTACTATGCGATATTTGTGACTCCTCAGCACAT 2160 1507 AATCAAGGTGGTGATGACAGTCTCATGTTACTATGCGATATTTGTGACTCCTCAGCACAT 1566 503 -N--Q--G--G--D--D--S--L--M--L--L--C--D--I--C--D--S--S--A--H- 522 2161 ACTTACTGTGTTGGTTTGGGAAGAGAAGTACCTGAAGGAAATTGGTACTGTGGAGGTTGT 2220 1567 ACTTACTGTGTTGGTTTGGGAAGAGAAGTACCTGAAGGAAATTGGTACTGTGGAGGTTGT 1626 523 -T--Y--C--V--G--L--G--R--E--V--P--E--G--N--W--Y--C--G--G--C- 542 2221 AGACTCGATGGCGAAGCACATTCATACCATAATCATGTGAATGGCAATTCTGGGATGTTT 2280 1627 AGACTCGATGGCGAAGCACATTCATACCATAATCATGTGAATGGCAATTCTGGGATGTTT 1686 543 -R--L--D--G--E--A--H--S--Y--H--N--H--V--N--G--N--S--G--M--F- 562 2281 GGTGCAATTTCACCAATTGGCACTTTTGAAAGGCAGGGGATTGATCTAAATGTATCTCCA 2340 1687 GGTGCAATTTCACCAATTGGCACTTTTGAAAGGCAGGGGATTGATCTAAATGTATCTCCA 1746 563 -G--A--I--S--P--I--G--T--F--E--R--Q--G--I--D--L--N--V--S--P- 582 2341 AGAGAGATTCCTAGGGGAAATCATTCTGTTGAGTCTCAAGCTTCTACTGCAGGAGCATCA 2400 1747 AGAGAGATTCCTAGGGGAAATCATTCTGTTGAGTCTCAAGCTTCTACTGCAGGAGCATCA 1806 583 -R--E--I--P--R--G--N--H--S--V--E--S--Q--A--S--T--A--G--A--S- 602 2401 ACTCCATCTGGAAGGCAGACAAACGCAACGAATTTTAGAAGACGTCAAATGCATGACTGG 2460 1807 ACTCCATCTGGAAGGCAGACAAACGCAACGAATTTTAGAAGACGTCAAATGCATGACTGG 1866 603 -T--P--S--G--R--Q--T--N--A--T--N--F--R--R--R--Q--M--H--D--W- 622 2461 ATACGCAGTTTGCTTTCTAGACCAAGGACAACACTTGGGCCAGTTATGCATCATAATGGT 2520 1867 ATACGCAGTTTGCTTTCTAGACCAAGGACAACACTTGGGCCAGTTATGCATCATAATGGT 1926 623 -I--R--S--L--L--S--R--P--R--T--T--L--G--P--V--M--H--H--N--G- 642 2521 GTGCATCAGAGTGGTTTTGTACCAAGCACTGAACCAGACCACATGAACTTTTGCGCACCA 2580 1927 GTGCATCAGAGTGGTTTTGTACCAAGCACTGAACCAGACCACATGAACTTTTGCGCACCA 1986 643 -V--H--Q--S--G--F--V--P--S--T--E--P--D--H--M--N--F--C--A--P- 662 2581 TTAGAATCTGACACTTTACACAACACTGGGTCTGTACCACGAAGTGAACCAAGCCAGAAC 2640 1987 TTAGAATCTGACACTTTACACAACACTGGGTCTGTACCACGAAGTGAACCAAGCCAGAAC 2046 663 -L--E--S--D--T--L--H--N--T--G--S--V--P--R--S--E--P--S--Q--N- 682 2641 TTCCATGTTATGTCAGAAGCCAACACTTCAGAGACTTCCTTTGGAAGGCATGCAGCTCTT 2700 2047 TTCCATGTTATGTCAGAAGCCAACACTTCAGAGACTTCCTTTGGAAGGCATGCAGCTCTT 2106 683 -F--H--V--M--S--E--A--N--T--S--E--T--S--F--G--R--H--A--A--L- 702 2701 TCTGAAAGACGTCAAATTTATGAACGTTTTTTCATGTTGCTATCTAGACCAAGCCCGACT 2760 2107 TCTGAAAGACGTCAAATTTATGAACGTTTTTTCATGTTGCTATCTAGACCAAGCCCGACT 2166 703 -S--E--R--R--Q--I--Y--E--R--F--F--M--L--L--S--R--P--S--P--T- 722 2761 ATTAGACCGGACTTGTGCCATAATGCCTCAGAGCATGGTAGTTCTATACCAAGAGTTGAA 2820 2167 ATTAGACCGGACTTGTGCCATAATGCCTCAGAGCATGGTAGTTCTATACCAAGAGTTGAA 2226 723 -I--R--P--D--L--C--H--N--A--S--E--H--G--S--S--I--P--R--V--E- 742 2821 CCAAACCACATGAACTTTCATGCTCCGCCAGTAGCCAACAGTCCACAAACTCTGCTTGAT 2880 2227 CCAAACCACATGAACTTTCATGCTCCGCCAGTAGCCAACAGTCCACAAACTCTGCTTGAT 2286 743 -P--N--H--M--N--F--H--A--P--P--V--A--N--S--P--Q--T--L--L--D- 762 2881 GGCATTCCAAACCGCAGCAATGGTTTTTCTTTTACTCAGGCTCACAGTAATTTTGTAGAT 2940 2287 GGCATTCCAAACCGCAGCAATGGTTTTTCTTTTACTCAGGCTCACAGTAATTTTGTAGAT 2346 763 -G--I--P--N--R--S--N--G--F--S--F--T--Q--A--H--S--N--F--V--D- 782 2941 GGAAACAACTTCCAAGGAACTGAAGGTGTCTAGAGCAACAGCAACTTGTCAAGCAAATAT 3000 2347 GGAAACAACTTCCAAGGAACTGAAGGTGTCTAG........................... 2379 783 -G--N--N--F--Q--G--T--E--G--V--*-........................... 792 3001 GTATGCAGAGTACAAGTACTTGCTAGAAGAAACCCACAAACATATTCAGGGGAGTAAAAT 3060 ............................................................ ............................................................ 3061 GTGCCCATCGATGAGAGGCTTATGGAAATCGAGACAAGGGGACGCTGGTTGTCACCCCTT 3120 ............................................................ ............................................................ 3121 CATGTCCTCCTAGCAATTGCTGTCATTCTCCGGGCAATTATTCTTGTTGAAAATAGCTGT 3180 ............................................................ ............................................................ 3181 TCATCATGCTGCTTATCTGTCAGCAATGTGATCGATGACATAAACGGCATGCTTTTGTAA 3240 ............................................................ ............................................................ 3241 AGTTTTTCTGTTTTAGACTAGGCATTTATATCTGCTGTTACTGCCATTTGTTCAGTCGTA 3300 ............................................................ ............................................................ 3301 AAGGCGACCTAAAAGATCACACAACGGCCAAGATAATTTGGATAGCTTAGAATGTATAGA 3360 ............................................................ ............................................................ 3361 TTGTGCCATTGGGGAAATCAGGTTTTAGGAAGGCCATTCATTCTGTTGACACGCTCTTTC 3420 ............................................................ ............................................................ 3421 GCCCATGAATATTTTTTTTTCTAATTGAATTGCCCTATTTGTCTC 3465 ............................................. .............................................
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