Oryza barthii (O.barthii_v1)
Location
About this transcript

This transcript has 7 exons, is annotated with 35 domains and features and maps to 32 oligo probes.

Gene
Show/hide columns (1 hidden)
  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-OBART03G14320.12788898aa
 
Protein coding
A0A0D3FHH1 Ensembl Canonical
-OBART03G14320.23465792aa
 
Protein coding
A0A0D3FHH2 -
-OBART03G14320.32926795aa
 
Protein coding
A0A0D3FHH3 -
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 TTCATTACTTCCAAATTCTACCAAGAGTTGCCCTGCAGAGCTTACAGGCGGTCAGATCAC     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
    61 TTAAAATTCACTCTTCTATTGAACCGGTGATGATGGAGGGCCCCGGCACTCTACTGAGGC    120
       .............................ATGATGGAGGGCCCCGGCACTCTACTGAGGC     31
       .............................-M--M--E--G--P--G--T--L--L--R--     10

                                                                          
   121 TCGAGTCCTGCCCTGTCCATGGAGCAGGTAAAGCTACTGCAACTCTGCGAGTACTCGGGT    180
    32 TCGAGTCCTGCCCTGTCCATGGAGCAGGTAAAGCTACTGCAACTCTGCGAGTACTCGGGT     91
    11 L--E--S--C--P--V--H--G--A--G--K--A--T--A--T--L--R--V--L--G--     30

                                                                          
   181 CGGGCACAAGGCGATGCCGTCAGATTCCAGCAAGGGAAGGGAGAAAAAACGAGGGCCGGC    240
    92 CGGGCACAAGGCGATGCCGTCAGATTCCAGCAAGGGAAGGGAGAAAAAACGAGGGCCGGC    151
    31 S--G--T--R--R--C--R--Q--I--P--A--R--E--G--R--K--N--E--G--R--     50

                                                                          
   241 CGATGCGCTCCGAAACGGAGCAATCCGCACGTCTCCTTTTCCGGCTCCCCGACGAGTCAC    300
   152 CGATGCGCTCCGAAACGGAGCAATCCGCACGTCTCCTTTTCCGGCTCCCCGACGAGTCAC    211
    51 P--M--R--S--E--T--E--Q--S--A--R--L--L--F--R--L--P--D--E--S--     70

                                                                          
   301 GCGCTGGAAAGGGAAACCACCAGATAAGCTCTGGAGCTGGTATTGGATTAGTGGGTGGTG    360
   212 GCGCTGGAAAGGGAAACCACCAGATAAGCTCTGGAGCTGGTATTGGATTAGTGGGTGGTG    271
    71 R--A--G--K--G--N--H--Q--I--S--S--G--A--G--I--G--L--V--G--G--     90

                                                                          
   361 GTGGTGGTGGTGCGAGGCCGTCGCTGGGCGGTGCTGGGATGGGGAAGGGAGGGGAAGGGG    420
   272 GTGGTGGTGGTGCGAGGCCGTCGCTGGGCGGTGCTGGGATGGGGAAGGGAGGGGAAGGGG    331
    91 G--G--G--G--A--R--P--S--L--G--G--A--G--M--G--K--G--G--E--G--    110

                                                                          
   421 CGGTTCCCGTGGGGGAGAGCGGCGGGCGGCGGCGGAGGAGGCCGGGCGAGGACGGAGGCG    480
   332 CGGTTCCCGTGGGGGAGAGCGGCGGGCGGCGGCGGAGGAGGCCGGGCGAGGACGGAGGCG    391
   111 A--V--P--V--G--E--S--G--G--R--R--R--R--R--P--G--E--D--G--G--    130

                                                                          
   481 ACGACGACGACGAGGAGTATGTGGTGGAGGAGGATGAGGAGGAAGAGTGCGACGAGGATC    540
   392 ACGACGACGACGAGGAGTATGTGGTGGAGGAGGATGAGGAGGAAGAGTGCGACGAGGATC    451
   131 D--D--D--D--E--E--Y--V--V--E--E--D--E--E--E--E--C--D--E--D--    150

                                                                          
   541 TGTCTGCCTCGAGCGCCGGCGAGGGAGGAGAGGGCACAGACGAGGAATACGAAGAGGGTG    600
   452 TGTCTGCCTCGAGCGCCGGCGAGGGAGGAGAGGGCACAGACGAGGAATACGAAGAGGGTG    511
   151 L--S--A--S--S--A--G--E--G--G--E--G--T--D--E--E--Y--E--E--G--    170

                                                                          
   601 ATGAGGACGAAGAGGAGGATGAGACCCCGCGGCCGAGGCAGCCTGTCAAGAGCCGCGAGA    660
   512 ATGAGGACGAAGAGGAGGATGAGACCCCGCGGCCGAGGCAGCCTGTCAAGAGCCGCGAGA    571
   171 D--E--D--E--E--E--D--E--T--P--R--P--R--Q--P--V--K--S--R--E--    190

                                                                          
   661 ATGGGCGGAAGGGGAAGGCAGACCCACCCGTTGCGCGATCTCGTCGACGTAAGTACGAGG    720
   572 ATGGGCGGAAGGGGAAGGCAGACCCACCCGTTGCGCGATCTCGTCGACGTAAGTACGAGG    631
   191 N--G--R--K--G--K--A--D--P--P--V--A--R--S--R--R--R--K--Y--E--    210

                                                                          
   721 ATGACGATGACTACTCGGAAGAAGAAGACGATGGGGTCGACGAGTACGGCGAGGATCTTG    780
   632 ATGACGATGACTACTCGGAAGAAGAAGACGATGGGGTCGACGAGTACGGCGAGGATCTTG    691
   211 D--D--D--D--Y--S--E--E--E--D--D--G--V--D--E--Y--G--E--D--L--    230

                                                                          
   781 AGGAGGAAGAAGAGGAGGACGATGAGGCGCCACGATCCAAGCGCATGAAGAAACGTGGTG    840
   692 AGGAGGAAGAAGAGGAGGACGATGAGGCGCCACGATCCAAGCGCATGAAGAAACGTGGTG    751
   231 E--E--E--E--E--E--D--D--E--A--P--R--S--K--R--M--K--K--R--G--    250

                                                                          
   841 GCCGCAACGTGGAGGGGAAGCTTCCTCTGGAGCGATCAAATCGCCGGAGGTATGAGGAGG    900
   752 GCCGCAACGTGGAGGGGAAGCTTCCTCTGGAGCGATCAAATCGCCGGAGGTATGAGGAGG    811
   251 G--R--N--V--E--G--K--L--P--L--E--R--S--N--R--R--R--Y--E--E--    270

                                                                          
   901 ACATGGACTTTGACCCTGACATGGATGAGGAGGAAGAGGAGGAGGATGTTGATTTCGATC    960
   812 ACATGGACTTTGACCCTGACATGGATGAGGAGGAAGAGGAGGAGGATGTTGATTTCGATC    871
   271 D--M--D--F--D--P--D--M--D--E--E--E--E--E--E--D--V--D--F--D--    290

                                                                          
   961 CTGAAGTGGAGGACGAGGAGGAAGAAGATTTTGAGGATGAGGAAGATGATGAATTGGAAG   1020
   872 CTGAAGTGGAGGACGAGGAGGAAGAAGATTTTGAGGATGAGGAAGATGATGAATTGGAAG    931
   291 P--E--V--E--D--E--E--E--E--D--F--E--D--E--E--D--D--E--L--E--    310

                                                                          
  1021 CGACTAAGGTGAGGGTTAAGAATATGGGGCGGCGAAAGTCTGCTTTGAATCAGCGACGAG   1080
   932 CGACTAAGGTGAGGGTTAAGAATATGGGGCGGCGAAAGTCTGCTTTGAATCAGCGACGAG    991
   311 A--T--K--V--R--V--K--N--M--G--R--R--K--S--A--L--N--Q--R--R--    330

                                                                          
  1081 GGAAGATGAAGAGCAGCTCTAAGGTGGCCAGTCGGAAGGTGGGTTCAGTCAAGGCAAGGA   1140
   992 GGAAGATGAAGAGCAGCTCTAAGGTGGCCAGTCGGAAGGTGGGTTCAGTCAAGGCAAGGA   1051
   331 G--K--M--K--S--S--S--K--V--A--S--R--K--V--G--S--V--K--A--R--    350

                                                                          
  1141 ACGCTGCTTCTATAAGACGGAGGCAGAAAAAACGTTCAATGCTTGATCGTTATGAGGATG   1200
  1052 ACGCTGCTTCTATAAGACGGAGGCAGAAAAAACGTTCAATGCTTGATCGTTATGAGGATG   1111
   351 N--A--A--S--I--R--R--R--Q--K--K--R--S--M--L--D--R--Y--E--D--    370

                                                                          
  1201 ACGACTTCATTGTGGAGGACGAGGTTACGGCTGATTGGCAACCAAGGAAAAAGGCTAGAA   1260
  1112 ACGACTTCATTGTGGAGGACGAGGTTACGGCTGATTGGCAACCAAGGAAAAAGGCTAGAA   1171
   371 D--D--F--I--V--E--D--E--V--T--A--D--W--Q--P--R--K--K--A--R--    390

                                                                          
  1261 TTAGGAAGCAGATGGAGGTTGATCCTCCGACACCAGTTTTTGAGGCTGAGATATGGCCTA   1320
  1172 TTAGGAAGCAGATGGAGGTTGATCCTCCGACACCAGTTTTTGAGGCTGAGATATGGCCTA   1231
   391 I--R--K--Q--M--E--V--D--P--P--T--P--V--F--E--A--E--I--W--P--    410

                                                                          
  1321 CTATTGATTCAGACACGACAGACTTCGAATTTGTAACATCCGATGAGGAAGCAGCCATTG   1380
  1232 CTATTGATTCAGACACGACAGACTTCGAATTTGTAACATCCGATGAGGAAGCAGCCATTG   1291
   411 T--I--D--S--D--T--T--D--F--E--F--V--T--S--D--E--E--A--A--I--    430

                                                                          
  1381 CTGAGCCTACTAGGGTTATTAAGAAGGGGAGGAAGAAAAGGGTATTTGTGTCAGATTCAT   1440
  1292 CTGAGCCTACTAGGGTTATTAAGAAGGGGAGGAAGAAAAGGGTATTTGTGTCAGATTCAT   1351
   431 A--E--P--T--R--V--I--K--K--G--R--K--K--R--V--F--V--S--D--S--    450

                                                                          
  1441 CCTCAGATTCTGAATTCGTTGTATCAGATAAGGAATTGGGGAATTTGAAGGAGTCTGAGC   1500
  1352 CCTCAGATTCTGAATTCGTTGTATCAGATAAGGAATTGGGGAATTTGAAGGAGTCTGAGC   1411
   451 S--S--D--S--E--F--V--V--S--D--K--E--L--G--N--L--K--E--S--E--    470

                                                                          
  1501 CTCCAGAGTCTCTGAAAGTGCTGCCTTCATCACCCAGGAAGATTTCTGTTACAGGTAATG   1560
  1412 CTCCAGAGTCTCTGAAAGTGCTGCCTTCATCACCCAGGAAGATTTCTGTTACAGGTAATG   1471
   471 P--P--E--S--L--K--V--L--P--S--S--P--R--K--I--S--V--T--G--N--    490

                                                                          
  1561 GGGAGCACAAGGGGAAGGAGAAAAAGGAACCACAGGAGGCTGGAAGGGCAACGTGCGGGA   1620
  1472 GGGAGCACAAGGGGAAGGAGAAAAAGGAACCACAGGAGGCTGGAAGGGCAACGTGCGGGA   1531
   491 G--E--H--K--G--K--E--K--K--E--P--Q--E--A--G--R--A--T--C--G--    510

                                                                          
  1621 TTTGCCTTTCTGAAGAACAGAGAGTGACTGTGCAGGGTGTGCTGGATTGCTGTTCACACT   1680
  1532 TTTGCCTTTCTGAAGAACAGAGAGTGACTGTGCAGGGTGTGCTGGATTGCTGTTCACACT   1591
   511 I--C--L--S--E--E--Q--R--V--T--V--Q--G--V--L--D--C--C--S--H--    530

                                                                          
  1681 ATTTTTGCTTTGCATGCATCATGCAATGGTCTAAGGTTGAGTCAAGGTGTCCGTTGTGTA   1740
  1592 ATTTTTGCTTTGCATGCATCATGCAATGGTCTAAGGTTGAGTCAAGGTGTCCGTTGTGTA   1651
   531 Y--F--C--F--A--C--I--M--Q--W--S--K--V--E--S--R--C--P--L--C--    550

                                                                          
  1741 AACGGCGGTTCACAACAATCACAAAGTCGTCAAAGGAGGATACTGGTTTGGAACTGACAA   1800
  1652 AACGGCGGTTCACAACAATCACAAAGTCGTCAAAGGAGGATACTGGTTTGGAACTGACAA   1711
   551 K--R--R--F--T--T--I--T--K--S--S--K--E--D--T--G--L--E--L--T--    570

                                                                          
  1801 ATTCTGTAATTAGGGTTGAAGAACGTGATCAGGTTTATCAGCCTACGGAAGAGGAAATAA   1860
  1712 ATTCTGTAATTAGGGTTGAAGAACGTGATCAGGTTTATCAGCCTACGGAAGAGGAAATAA   1771
   571 N--S--V--I--R--V--E--E--R--D--Q--V--Y--Q--P--T--E--E--E--I--    590

                                                                          
  1861 GACGTTGGCTAGATCCATACGAGAATGTTGTGTGCATAGAGTGCAATCAAGGTGGTGATG   1920
  1772 GACGTTGGCTAGATCCATACGAGAATGTTGTGTGCATAGAGTGCAATCAAGGTGGTGATG   1831
   591 R--R--W--L--D--P--Y--E--N--V--V--C--I--E--C--N--Q--G--G--D--    610

                                                                          
  1921 ACAGTCTCATGTTACTATGCGATATTTGTGACTCCTCAGCACATACTTACTGTGTTGGTT   1980
  1832 ACAGTCTCATGTTACTATGCGATATTTGTGACTCCTCAGCACATACTTACTGTGTTGGTT   1891
   611 D--S--L--M--L--L--C--D--I--C--D--S--S--A--H--T--Y--C--V--G--    630

                                                                          
  1981 TGGGAAGAGAAGTACCTGAAGGAAATTGGTACTGTGGAGGTTGTAGACTCGATGGCGAAG   2040
  1892 TGGGAAGAGAAGTACCTGAAGGAAATTGGTACTGTGGAGGTTGTAGACTCGATGGCGAAG   1951
   631 L--G--R--E--V--P--E--G--N--W--Y--C--G--G--C--R--L--D--G--E--    650

                                                                          
  2041 CACATTCATACCATAATCATGTGAATGGCAATTCTGGGATGTTTGGTGCAATTTCACCAA   2100
  1952 CACATTCATACCATAATCATGTGAATGGCAATTCTGGGATGTTTGGTGCAATTTCACCAA   2011
   651 A--H--S--Y--H--N--H--V--N--G--N--S--G--M--F--G--A--I--S--P--    670

                                                                          
  2101 TTGGCACTTTTGAAAGGCAGGGGATTGATCTAAATGTATCTCCAAGAGAGATTCCTAGGG   2160
  2012 TTGGCACTTTTGAAAGGCAGGGGATTGATCTAAATGTATCTCCAAGAGAGATTCCTAGGG   2071
   671 I--G--T--F--E--R--Q--G--I--D--L--N--V--S--P--R--E--I--P--R--    690

                                                                          
  2161 GAAATCATTCTGTTGAGTCTCAAGCTTCTACTGCAGGAGCATCAACTCCATCTGGAAGGC   2220
  2072 GAAATCATTCTGTTGAGTCTCAAGCTTCTACTGCAGGAGCATCAACTCCATCTGGAAGGC   2131
   691 G--N--H--S--V--E--S--Q--A--S--T--A--G--A--S--T--P--S--G--R--    710

                                                                          
  2221 AGACAAACGCAACGAATTTTAGAAGACGTCAAATGCATGACTGGATACGCAGTTTGCTTT   2280
  2132 AGACAAACGCAACGAATTTTAGAAGACGTCAAATGCATGACTGGATACGCAGTTTGCTTT   2191
   711 Q--T--N--A--T--N--F--R--R--R--Q--M--H--D--W--I--R--S--L--L--    730

                                                                          
  2281 CTAGACCAAGGACAACACTTGGGCCAGTTATGCATCATAATGGTGTGCATCAGAGTGGTT   2340
  2192 CTAGACCAAGGACAACACTTGGGCCAGTTATGCATCATAATGGTGTGCATCAGAGTGGTT   2251
   731 S--R--P--R--T--T--L--G--P--V--M--H--H--N--G--V--H--Q--S--G--    750

                                                                          
  2341 TTGTACCAAGCACTGAACCAGACCACATGAACTTTTGCGCACCATTAGAATCTGACACTT   2400
  2252 TTGTACCAAGCACTGAACCAGACCACATGAACTTTTGCGCACCATTAGAATCTGACACTT   2311
   751 F--V--P--S--T--E--P--D--H--M--N--F--C--A--P--L--E--S--D--T--    770

                                                                          
  2401 TACACAACACTGGGTCTGTACCACGAAGTGAACCAAGCCAGAACTTCCATGTTATGTCAG   2460
  2312 TACACAACACTGGGTCTGTACCACGAAGTGAACCAAGCCAGAACTTCCATGTTATGTCAG   2371
   771 L--H--N--T--G--S--V--P--R--S--E--P--S--Q--N--F--H--V--M--S--    790

                                                                          
  2461 AAGCCAACACTTCAGAGACTTCCTTTGGAAGGCATGCAGCTCTTTCTGAAAGACGTCAAA   2520
  2372 AAGCCAACACTTCAGAGACTTCCTTTGGAAGGCATGCAGCTCTTTCTGAAAGACGTCAAA   2431
   791 E--A--N--T--S--E--T--S--F--G--R--H--A--A--L--S--E--R--R--Q--    810

                                                                          
  2521 TTTATGAACGTTTTTTCATGTTGCTATCTAGACCAAGCCCGACTATTAGACCGGACTTGT   2580
  2432 TTTATGAACGTTTTTTCATGTTGCTATCTAGACCAAGCCCGACTATTAGACCGGACTTGT   2491
   811 I--Y--E--R--F--F--M--L--L--S--R--P--S--P--T--I--R--P--D--L--    830

                                                                          
  2581 GCCATAATGCCTCAGAGCATGGTAGTTCTATACCAAGAGTTGAACCAAACCACATGAACT   2640
  2492 GCCATAATGCCTCAGAGCATGGTAGTTCTATACCAAGAGTTGAACCAAACCACATGAACT   2551
   831 C--H--N--A--S--E--H--G--S--S--I--P--R--V--E--P--N--H--M--N--    850

                                                                          
  2641 TTCATGCTCCGCCAGTAGCCAACAGTCCACAAACTCTGCTTGATGGCATTCCAAACCGCA   2700
  2552 TTCATGCTCCGCCAGTAGCCAACAGTCCACAAACTCTGCTTGATGGCATTCCAAACCGCA   2611
   851 F--H--A--P--P--V--A--N--S--P--Q--T--L--L--D--G--I--P--N--R--    870

                                                                          
  2701 GCAATGGTTTTTCTTTTACTCAGGCTCACAGTAATTTTGTAGATGGAAACAACTTCCAAG   2760
  2612 GCAATGGTTTTTCTTTTACTCAGGCTCACAGTAATTTTGTAGATGGAAACAACTTCCAAG   2671
   871 S--N--G--F--S--F--T--Q--A--H--S--N--F--V--D--G--N--N--F--Q--    890

                                                                          
  2761 GAACTGAAGTCGTAAAGGCGACCTAAAA                                   2788
  2672 GAACTGAAGTCGTAAAGGCGACCTAA..                                   2697
   891 G--T--E--V--V--K--A--T--*-..                                    898