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Oryza barthii (O.barthii_v1)
Description

Actin-interacting, WD40-repeat protein, Actin turnove [Source: Projected from Oryza sativa (Os01g0125800)]

Location
About this transcript

This transcript has 6 exons, is annotated with 41 domains and features and maps to 51 oligo probes.

Gene
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  • Name
  • Transcript ID
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  • UniProt
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-OBART01G01660.12603610aa
 
Protein coding
A0A0D3EJ46 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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  • Another exon
Variants
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Other
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Markup
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     1 GTTATTAACCACCACCTCCTCCACCACTCGCGACCCCACCCCAGATCAAGCGGAGGAGGA     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
    61 GGAAGAGGAGAGGGCAAAAATGGCGCAGCTGCAGGAGACGTACGCGTGCTCGCCGGCGAC    120
       ...................ATGGCGCAGCTGCAGGAGACGTACGCGTGCTCGCCGGCGAC     41
       ...................-M--A--Q--L--Q--E--T--Y--A--C--S--P--A--T     14

                                                                          
   121 GGAGCGCGGCCGCGGGATCCTCCTCGCGGGGGACCCCAAGACGGAGACGATCGCCTACTG    180
    42 GGAGCGCGGCCGCGGGATCCTCCTCGCGGGGGACCCCAAGACGGAGACGATCGCCTACTG    101
    14 --E--R--G--R--G--I--L--L--A--G--D--P--K--T--E--T--I--A--Y--C     34

                                                                          
   181 CACGGGCCGCAGCGTCATCATCCGCCGCCTCGACGCGCCGCTCGACTGCTGGGCCTACCC    240
   102 CACGGGCCGCAGCGTCATCATCCGCCGCCTCGACGCGCCGCTCGACTGCTGGGCCTACCC    161
    34 --T--G--R--S--V--I--I--R--R--L--D--A--P--L--D--C--W--A--Y--P     54

                                                                          
   241 GGACCACGCCTACCCGACCACCGTCGCCCGCTTCTCCCCCAACGGCGAGTGGGTCGCCTC    300
   162 GGACCACGCCTACCCGACCACCGTCGCCCGCTTCTCCCCCAACGGCGAGTGGGTCGCCTC    221
    54 --D--H--A--Y--P--T--T--V--A--R--F--S--P--N--G--E--W--V--A--S     74

                                                                          
   301 CGCCGACGCCTCCGGCTGCGTCCGCGTCTGGGGGCGCTACGGCGACCGCGCCCTCAAGGC    360
   222 CGCCGACGCCTCCGGCTGCGTCCGCGTCTGGGGGCGCTACGGCGACCGCGCCCTCAAGGC    281
    74 --A--D--A--S--G--C--V--R--V--W--G--R--Y--G--D--R--A--L--K--A     94

                                                                          
   361 CGAGTTCCGCCCCCTCTCCGGCCGCGTCGACGACCTCCGCTGGTCCCCCGATGGCCTCCG    420
   282 CGAGTTCCGCCCCCTCTCCGGCCGCGTCGACGACCTCCGCTGGTCCCCCGATGGCCTCCG    341
    94 --E--F--R--P--L--S--G--R--V--D--D--L--R--W--S--P--D--G--L--R    114

                                                                          
   421 CATCGTCGTGTCCGGGGACGGCAAGGGGAAGTCCTTCGTCCGCGCTTTCGTGTGGGACTC    480
   342 CATCGTCGTGTCCGGGGACGGCAAGGGGAAGTCCTTCGTCCGCGCTTTCGTGTGGGACTC    401
   114 --I--V--V--S--G--D--G--K--G--K--S--F--V--R--A--F--V--W--D--S    134

                                                                          
   481 TGGCAGCACTGTTGGTGAGTTTGACGGGCACTCAAAGAGAGTTCTGAGCTGTGACTTTAA    540
   402 TGGCAGCACTGTTGGTGAGTTTGACGGGCACTCAAAGAGAGTTCTGAGCTGTGACTTTAA    461
   134 --G--S--T--V--G--E--F--D--G--H--S--K--R--V--L--S--C--D--F--K    154

                                                                          
   541 GCCAACCCGGCCGTTCCGCATTGTGACATGTGGTGAAGATTTTCTGGCAAACTACTATGA    600
   462 GCCAACCCGGCCGTTCCGCATTGTGACATGTGGTGAAGATTTTCTGGCAAACTACTATGA    521
   154 --P--T--R--P--F--R--I--V--T--C--G--E--D--F--L--A--N--Y--Y--E    174

                                                                          
   601 AGGACCACCATTTAAATTCAAGCATTCCATAAGGGATCACTCAAACTTTGTTAACTGTAT    660
   522 AGGACCACCATTTAAATTCAAGCATTCCATAAGGGATCACTCAAACTTTGTTAACTGTAT    581
   174 --G--P--P--F--K--F--K--H--S--I--R--D--H--S--N--F--V--N--C--I    194

                                                                          
   661 CCGATATGCTCCTGATGGGAGTAAGTTTATCAGCGTGAGTTCAGATAAGAAGGGTTTGAT    720
   582 CCGATATGCTCCTGATGGGAGTAAGTTTATCAGCGTGAGTTCAGATAAGAAGGGTTTGAT    641
   194 --R--Y--A--P--D--G--S--K--F--I--S--V--S--S--D--K--K--G--L--I    214

                                                                          
   721 ATATGATGGCAAAACTGGAGACAAGATTGGAGAACTTTCCAGCGAAGGCAGTCACACAGG    780
   642 ATATGATGGCAAAACTGGAGACAAGATTGGAGAACTTTCCAGCGAAGGCAGTCACACAGG    701
   214 --Y--D--G--K--T--G--D--K--I--G--E--L--S--S--E--G--S--H--T--G    234

                                                                          
   781 GAGTATATATGCTGTTAGCTGGAGTCCTGACAGCAAACAAGTTCTGACAGTTTCTGCTGA    840
   702 GAGTATATATGCTGTTAGCTGGAGTCCTGACAGCAAACAAGTTCTGACAGTTTCTGCTGA    761
   234 --S--I--Y--A--V--S--W--S--P--D--S--K--Q--V--L--T--V--S--A--D    254

                                                                          
   841 TAAAACTGCCAAAGTCTGGGACATACTAGAAGACGCTAGTGGGAAATTGAACAGAACTTT    900
   762 TAAAACTGCCAAAGTCTGGGACATACTAGAAGACGCTAGTGGGAAATTGAACAGAACTTT    821
   254 --K--T--A--K--V--W--D--I--L--E--D--A--S--G--K--L--N--R--T--L    274

                                                                          
   901 GGCTTGTCCTGGTACAGGTGGAGTAGATGACATGCTTGTGGGTTGCCTCTGGCAGAATGA    960
   822 GGCTTGTCCTGGTACAGGTGGAGTAGATGACATGCTTGTGGGTTGCCTCTGGCAGAATGA    881
   274 --A--C--P--G--T--G--G--V--D--D--M--L--V--G--C--L--W--Q--N--D    294

                                                                          
   961 TTATCTTGTGACAGTCTCTCTTGGTGGGACATTTAATGTGTTCTCTGCAAGTAATCCAGA   1020
   882 TTATCTTGTGACAGTCTCTCTTGGTGGGACATTTAATGTGTTCTCTGCAAGTAATCCAGA    941
   294 --Y--L--V--T--V--S--L--G--G--T--F--N--V--F--S--A--S--N--P--D    314

                                                                          
  1021 CAAAGAGCCAGTAACCTTTGCAGGACATTTGAAGACTGTTAGTTCTTTGGCCTTTTTCCC   1080
   942 CAAAGAGCCAGTAACCTTTGCAGGACATTTGAAGACTGTTAGTTCTTTGGCCTTTTTCCC   1001
   314 --K--E--P--V--T--F--A--G--H--L--K--T--V--S--S--L--A--F--F--P    334

                                                                          
  1081 ACAAAGTAACCCCAAAACTATACTGTCCACAAGTTACGATGGCGTTATCATGAGATGGAT   1140
  1002 ACAAAGTAACCCCAAAACTATACTGTCCACAAGTTACGATGGCGTTATCATGAGATGGAT   1061
   334 --Q--S--N--P--K--T--I--L--S--T--S--Y--D--G--V--I--M--R--W--I    354

                                                                          
  1141 AAAGGGTGTTGGATATGGTGGCAGATTGATGCGAAAGAACAACACCCAGATTAAATGCTT   1200
  1062 AAAGGGTGTTGGATATGGTGGCAGATTGATGCGAAAGAACAACACCCAGATTAAATGCTT   1121
   354 --K--G--V--G--Y--G--G--R--L--M--R--K--N--N--T--Q--I--K--C--F    374

                                                                          
  1201 TACTGCAGCAGAAGAGGAACTCGTCACCTCTGGATATGATAACAAGGTTTTCAGAATTCC   1260
  1122 TACTGCAGCAGAAGAGGAACTCGTCACCTCTGGATATGATAACAAGGTTTTCAGAATTCC   1181
   374 --T--A--A--E--E--E--L--V--T--S--G--Y--D--N--K--V--F--R--I--P    394

                                                                          
  1261 TCTTAATGGAGATCAGTGTGGAGATGCTGAATCAGTTGATGTAGGAGGTCAGCCAAATGC   1320
  1182 TCTTAATGGAGATCAGTGTGGAGATGCTGAATCAGTTGATGTAGGAGGTCAGCCAAATGC   1241
   394 --L--N--G--D--Q--C--G--D--A--E--S--V--D--V--G--G--Q--P--N--A    414

                                                                          
  1321 TTTGAACCTTGCAATTCAAAAACCTGAATTTGCACTGGTCACAACAGATTCTGGGATAGT   1380
  1242 TTTGAACCTTGCAATTCAAAAACCTGAATTTGCACTGGTCACAACAGATTCTGGGATAGT   1301
   414 --L--N--L--A--I--Q--K--P--E--F--A--L--V--T--T--D--S--G--I--V    434

                                                                          
  1381 ATTGCTGCACAAGTCAACGGTCATTTCTACAACCAAAGTTAATTATACTATCACTTCATC   1440
  1302 ATTGCTGCACAAGTCAACGGTCATTTCTACAACCAAAGTTAATTATACTATCACTTCATC   1361
   434 --L--L--H--K--S--T--V--I--S--T--T--K--V--N--Y--T--I--T--S--S    454

                                                                          
  1441 TGCTGTTTCTCCTGATGGCACTGAAGCCATCGTTGGTGCACAAGATGGGAAACTGCGTAT   1500
  1362 TGCTGTTTCTCCTGATGGCACTGAAGCCATCGTTGGTGCACAAGATGGGAAACTGCGTAT   1421
   454 --A--V--S--P--D--G--T--E--A--I--V--G--A--Q--D--G--K--L--R--I    474

                                                                          
  1501 CTATTCCATCAATGGGGATACAGTTACAGAAGAAGCATTAATTGAGAAGCACCGGGGTGC   1560
  1422 CTATTCCATCAATGGGGATACAGTTACAGAAGAAGCATTAATTGAGAAGCACCGGGGTGC   1481
   474 --Y--S--I--N--G--D--T--V--T--E--E--A--L--I--E--K--H--R--G--A    494

                                                                          
  1561 TATTACTTGCATACATTATTCGCCCGATGTTTCCATGTTTGCTTCTGCTGATGCCAACAG   1620
  1482 TATTACTTGCATACATTATTCGCCCGATGTTTCCATGTTTGCTTCTGCTGATGCCAACAG   1541
   494 --I--T--C--I--H--Y--S--P--D--V--S--M--F--A--S--A--D--A--N--R    514

                                                                          
  1621 GGAAGCCGTTGTGTGGGATCGGGCAACGAGAGAGATCAAGCTGAAGAACATGTTGTTCCA   1680
  1542 GGAAGCCGTTGTGTGGGATCGGGCAACGAGAGAGATCAAGCTGAAGAACATGTTGTTCCA   1601
   514 --E--A--V--V--W--D--R--A--T--R--E--I--K--L--K--N--M--L--F--H    534

                                                                          
  1681 CTCAGCTCGGATAAACTGCCTGGCTTGGTCACCTGACAATCGCCTGGTTGCCACAGGCTC   1740
  1602 CTCAGCTCGGATAAACTGCCTGGCTTGGTCACCTGACAATCGCCTGGTTGCCACAGGCTC   1661
   534 --S--A--R--I--N--C--L--A--W--S--P--D--N--R--L--V--A--T--G--S    554

                                                                          
  1741 ATTGGACACCTGTGCAATTGTATATGAAATAGACAAGCCAGCATCCAGCCGCATCACCGT   1800
  1662 ATTGGACACCTGTGCAATTGTATATGAAATAGACAAGCCAGCATCCAGCCGCATCACCGT   1721
   554 --L--D--T--C--A--I--V--Y--E--I--D--K--P--A--S--S--R--I--T--V    574

                                                                          
  1801 AAAAGGAGCTCATCTTGGTGGAGTCCATGGTTTAACCTTTGTCGATAATGATAGTCTGGT   1860
  1722 AAAAGGAGCTCATCTTGGTGGAGTCCATGGTTTAACCTTTGTCGATAATGATAGTCTGGT   1781
   574 --K--G--A--H--L--G--G--V--H--G--L--T--F--V--D--N--D--S--L--V    594

                                                                          
  1861 GACTGCTGGGGAGGATGCATGCATCCGAGTTTGGAAGCTGGTGCCACAATAGATGTTCTC   1920
  1782 GACTGCTGGGGAGGATGCATGCATCCGAGTTTGGAAGCTGGTGCCACAATAG........   1833
   594 --T--A--G--E--D--A--C--I--R--V--W--K--L--V--P--Q--*-........    610

                                                                          
  1921 CCTGATGTTGCCTGTTGGGCGTGTCTTCGTCACTTGATTGAAATAAACATTGTTTGCACT   1980
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1981 TGTCCCTTAGGGTGTCTGCGATTGTTTTCCTATGTTGCGACGCAGTTGGCCTTGAGTTGC   2040
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2041 ATTTTATTTTTGTTGCATTTCTGGAAGAACTTGTTGATTGTTGTTATTTTATCCCTGCGT   2100
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2101 CTGATTTTGTTAGGAACTGAGAATTCAGGGATGCTGTCTTTTTTTTTCCTTCCTCCGTTT   2160
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2161 GTAACCTGCACATGGCTGTATCTGTTTGTAATTTTGACCGATCAGCTGCATAATGCTTTC   2220
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2221 CTCTGCTGCCTTTTACATGTAATTCTCCATTTGTTCCTTACCATCCTTTGAAGCAAGGTA   2280
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2281 TAGGTCCAGCTGATGAAGTAGAATACTACCATGCTTTTTTTGTTCTTCCTTGGAGTGGAT   2340
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2341 GTAGAAATTTGCATCAGCATAATATTTGCAGGGCATACAATTCTCCCCATTGATGAGAGG   2400
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       ............................................................       

                                                                          
  2401 GTAAAGGAAAGAACATATGATCTGGGATAATTGCTGGCTAACCTGAATATGTTCTGATGT   2460
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       ............................................................       

                                                                          
  2461 AGTGCGCTTGAAGGAAGGGGCATGTCTCTGGCATAGCAAAGTAGGCGTTCTGATATATCT   2520
       ............................................................       
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  2521 GAACTTGACTCCAATACAGCAGAGTTGTTATAATCGAGGAGTTCATGACGATATTGCAAG   2580
       ............................................................       
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  2581 ACCAATTGCAGGCTAATTTTAGT                                        2603
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