Transcript: Bra040195.1
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Description
AT3G04460 (E=5e-095) PEX12, ATPEX12, APM4 | PEX12; protein binding / zinc ion binding
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- Bra040195.1 1146 381aa Gene/transcipt that contains an open reading frame (ORF). Protein coding
M4FGG7 A single transcript chosen for a gene which is the most conserved, most highly expressed, has the longest coding sequence and is represented in other key resources, such as NCBI and UniProt. This is defined in detail on http://www.ensembl.org/info/genome/genebuild/canonical.html Ensembl Canonical,
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Codons Alternating codons Alternating codons Exons Variants Other Markup ▼ ▲
1 ATG GCT GCA GCT CAG CAG CTT CCA TCT AGC CTC CGC GCC GCT CTC ACA TAC TCC CTC GGC 60
1 ATGGCTGCAGCTCAGCAGCTTCCATCTAGCCTCCGCGCCGCTCTCACATACTCCCTCGGC 60
1 -M--A--A--A--Q--Q--L--P--S--S--L--R--A--A--L--T--Y--S--L--G- 20
61 GTT TTT GCA TTG AGA AGA TCG TTT CTT CAC AGA ATC TTA GAC TAC GAG GAT GAG TTC TTT 120
61 GTTTTTGCATTGAGAAGATCGTTTCTTCACAGAATCTTAGACTACGAGGATGAGTTCTTT 120
21 -V--F--A--L--R--R--S--F--L--H--R--I--L--D--Y--E--D--E--F--F- 40
121 GCT GCT CTG ATG CTT ATC CTC GAA GGA CAT AGC TTA CGA ACC ACA G A T GCT TCG TTT GCT 180
121 GCTGCTCTGATGCTTATCCTCGAAGGACATAGCTTACGAACCACAGATGCTTCGTTTGCT 180
41 -A--A--L--M--L--I--L--E--G--H--S--L--R--T--T--D--A--S--F--A- 60
181 GAA TCA TTG TAT GGT TTA AAG AGG AAG TCA GTG AGA TTG AGA TTG AGA TTA TGC AAA GGT 240
181 GAATCATTGTATGGTTTAAAGAGGAAGTCAGTGAGATTGAGATTGAGATTATGCAAAGGT 240
61 -E--S--L--Y--G--L--K--R--K--S--V--R--L--R--L--R--L--C--K--G- 80
241 TCT GGT TTA GAG AAA CGC CAG AGG ATC CTC TCT GTT GTG TTT CTG GTT GTG TTA CCG TAT 300
241 TCTGGTTTAGAGAAACGCCAGAGGATCCTCTCTGTTGTGTTTCTGGTTGTGTTACCGTAT 300
81 -S--G--L--E--K--R--Q--R--I--L--S--V--V--F--L--V--V--L--P--Y- 100
301 TTT AAG TCG AAG TTG CAT GGT ATA TAT AAC AAG GAG AGG GAA GCT AGG CTC CGG GAG AGT 360
301 TTTAAGTCGAAGTTGCATGGTATATATAACAAGGAGAGGGAAGCTAGGCTCCGGGAGAGT 360
101 -F--K--S--K--L--H--G--I--Y--N--K--E--R--E--A--R--L--R--E--S- 120
361 TTA TGG GGA GCA GAG GAT CAA GGG TTT GAT GAA GCT GAC TTT TTC ACA GGG GAG GAG CCA 420
361 TTATGGGGAGCAGAGGATCAAGGGTTTGATGAAGCTGACTTTTTCACAGGGGAGGAGCCA 420
121 -L--W--G--A--E--D--Q--G--F--D--E--A--D--F--F--T--G--E--E--P- 140
421 GTT GTT TCA AGA GGG GAT AGT GGG GAT CAG GAG CTT TCT GTT CGA A GA TTA TCA TTC ACT 480
421 GTTGTTTCAAGAGGGGATAGTGGGGATCAGGAGCTTTCTGTTCGAAGATTATCATTCACT 480
141 -V--V--S--R--G--D--S--G--D--Q--E--L--S--V--R--R--L--S--F--T- 160
481 TAC CAG CTC TTA TAT CTA CTA GAC GCT ACT GGA TTT TAT TCC CTT GGC CTT CAA GCT CTT 540
481 TACCAGCTCTTATATCTACTAGACGCTACTGGATTTTATTCCCTTGGCCTTCAAGCTCTT 540
161 -Y--Q--L--L--Y--L--L--D--A--T--G--F--Y--S--L--G--L--Q--A--L- 180
541 GGA GTT CAA GTT TGT CGA GCT ACA GGA CAA GAA CTG A TG GAT ACA TCT TCA AGA ATT TCA 600
541 GGAGTTCAAGTTTGTCGAGCTACAGGACAAGAACTGATGGATACATCTTCAAGAATTTCA 600
181 -G--V--Q--V--C--R--A--T--G--Q--E--L--M--D--T--S--S--R--I--S- 200
601 AAG ATA AGA AAC CAT GAG CGT GAG AGA CTT CGT GGT CCT CCA TGG CTA AAA A CA GTG CAA 660
601 AAGATAAGAAACCATGAGCGTGAGAGACTTCGTGGTCCTCCATGGCTAAAAACAGTGCAA 660
201 -K--I--R--N--H--E--R--E--R--L--R--G--P--P--W--L--K--T--V--Q- 220
661 GGG GCA CTT CTC AGC TGT TCA TAT GCA GTG CTT GAT TAC GCC CAA ACC GGT TTA ATT GCA 720
661 GGGGCACTTCTCAGCTGTTCATATGCAGTGCTTGATTACGCCCAAACCGGTTTAATTGCA 720
221 -G--A--L--L--S--C--S--Y--A--V--L--D--Y--A--Q--T--G--L--I--A- 240
721 GCA GTT TTT ATC TTT AAA A TG ATG GAG TGG TGG TAT CAA TCA GCT GAA GAG AGA TTG ACA 780
721 GCAGTTTTTATCTTTAAAATGATGGAGTGGTGGTATCAATCAGCTGAAGAGAGATTGACA 780
241 -A--V--F--I--F--K--M--M--E--W--W--Y--Q--S--A--E--E--R--L--T- 260
781 GCT CCT ACC GTG TAC CCT CCA CCA CCA CCT CCT CCA TCC CCA AAG GTG GCT AAA GAA GGA 840
781 GCTCCTACCGTGTACCCTCCACCACCACCTCCTCCATCCCCAAAGGTGGCTAAAGAAGGA 840
261 -A--P--T--V--Y--P--P--P--P--P--P--P--S--P--K--V--A--K--E--G- 280
841 ATC CCT CTA CCT CCT GAC AGG ACT CTC TGC GCG TTA TGC TCG CAA AAA CGT GCA AAC TTG 900
841 ATCCCTCTACCTCCTGACAGGACTCTCTGCGCGTTATGCTCGCAAAAACGTGCAAACTTG 900
281 -I--P--L--P--P--D--R--T--L--C--A--L--C--S--Q--K--R--A--N--L- 300
901 TCA GTT GTA ACA GTC TCT GGA TTT GTT TTC TGC TAT TCT TGT GTA TTC AAG TAT GTT TCA 960
901 TCAGTTGTAACAGTCTCTGGATTTGTTTTCTGCTATTCTTGTGTATTCAAGTATGTTTCA 960
301 -S--V--V--T--V--S--G--F--V--F--C--Y--S--C--V--F--K--Y--V--S- 320
961 CAG TAC AAG CGA TGT CCA GTG ACA TTG ATT CCA GCA AGC GTG GAT CAG ATT AGG AGG TTG 1020
961 CAGTACAAGCGATGTCCAGTGACATTGATTCCAGCAAGCGTGGATCAGATTAGGAGGTTG 1020
321 -Q--Y--K--R--C--P--V--T--L--I--P--A--S--V--D--Q--I--R--R--L- 340
1021 TTT CAT GAC ACA CAG AAA AAA AAT TTT TTA ATG GGT TTG AAG CCA AAC AGT GAG CGC TTC 1080
1021 TTTCATGACACACAGAAAAAAAATTTTTTAATGGGTTTGAAGCCAAACAGTGAGCGCTTC 1080
341 -F--H--D--T--Q--K--K--N--F--L--M--G--L--K--P--N--S--E--R--F- 360
1081 TGT TCT CAA TCG TTG GTT TGG AGA TGG CGC AAC CAG AGT CTA CAG ACT CTA CAC TGG AAG 1140
1081 TGTTCTCAATCGTTGGTTTGGAGATGGCGCAACCAGAGTCTACAGACTCTACACTGGAAG 1140
361 -C--S--Q--S--L--V--W--R--W--R--N--Q--S--L--Q--T--L--H--W--K- 380
1141 AGC TAA 1146
1141 AGCTAA 1146
381 -S--*- 381
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