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Brassica rapa (Brapa_1.0)
Description

AT3G07200 (E=1e-046) | zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein

About this transcript

This transcript has 7 exons and is annotated with 20 domains and features.

Gene

This transcript is a product of gene Bra029631 Show transcript tableHide transcript table

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  • Name
  • Transcript ID
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  • Biotype
  • UniProt
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-Bra029631.11131376aa
 
Protein coding
M4ELG3 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGCAAACCGTGCGCATGTTCCAAAGTTTGGGGACTGGAACAACCAATCTCAACCATTC     60
     1 ATGGCAAACCGTGCGCATGTTCCAAAGTTTGGGGACTGGAACAACCAATCTCAACCATTC     60
     1 -M--A--N--R--A--H--V--P--K--F--G--D--W--N--N--Q--S--Q--P--F-     20

                                                                          
    61 ACAGCCGTCTTCGACAACGCTAGGACGAACAAACGAGCTGACTTGTACGACTCTCTGGAG    120
    61 ACAGCCGTCTTCGACAACGCTAGGACGAACAAACGAGCTGACTTGTACGACTCTCTGGAG    120
    21 -T--A--V--F--D--N--A--R--T--N--K--R--A--D--L--Y--D--S--L--E-     40

                                                                          
   121 AACTCTGACATCAAAACTCAAGCAAAGCCTCCTCCACAACAACCTACTCCTATAATTCCA    180
   121 AACTCTGACATCAAAACTCAAGCAAAGCCTCCTCCACAACAACCTACTCCTATAATTCCA    180
    41 -N--S--D--I--K--T--Q--A--K--P--P--P--Q--Q--P--T--P--I--I--P-     60

                                                                          
   181 AAACCGGCTAGAGCGCCACCACCAACCGAGACAAACAAAGTCAGAGCTCCTCCTGCCGAT    240
   181 AAACCGGCTAGAGCGCCACCACCAACCGAGACAAACAAAGTCAGAGCTCCTCCTGCCGAT    240
    61 -K--P--A--R--A--P--P--P--T--E--T--N--K--V--R--A--P--P--A--D-     80

                                                                          
   241 CAGCTCTACGGAGCTAGAGGCGGACTATACGGAGGTTATGGAGGTGGAGGCGGATCCGGA    300
   241 CAGCTCTACGGAGCTAGAGGCGGACTATACGGAGGTTATGGAGGTGGAGGCGGATCCGGA    300
    81 -Q--L--Y--G--A--R--G--G--L--Y--G--G--Y--G--G--G--G--G--S--G-    100

                                                                          
   301 AACCAACGGCAGCCGCAGGTTCCTCCTCGTCCACCACAGACACAGCCTAAACCCAATAGA    360
   301 AACCAACGGCAGCCGCAGGTTCCTCCTCGTCCACCACAGACACAGCCTAAACCCAATAGA    360
   101 -N--Q--R--Q--P--Q--V--P--P--R--P--P--Q--T--Q--P--K--P--N--R-    120

                                                                          
   361 GGCGGCAACAACGGAAGGGGAGGGACGACGATTCCACCATTTCCAGGATCAGTGGGATCA    420
   361 GGCGGCAACAACGGAAGGGGAGGGACGACGATTCCACCATTTCCAGGATCAGTGGGATCA    420
   121 -G--G--N--N--G--R--G--G--T--T--I--P--P--F--P--G--S--V--G--S-    140

                                                                          
   421 GGGGATCAGAACATGAGTTACACACACATTTTCGACCAAGTCAAAGAAGAGAGGCGAGAT    480
   421 GGGGATCAGAACATGAGTTACACACACATTTTCGACCAAGTCAAAGAAGAGAGGCGAGAT    480
   141 -G--D--Q--N--M--S--Y--T--H--I--F--D--Q--V--K--E--E--R--R--D-    160

                                                                          
   481 GCCAGATCCAACGGTGGATCAGTAGGTAACACTCCATCTCGCCTTATCAACGATGATCAA    540
   481 GCCAGATCCAACGGTGGATCAGTAGGTAACACTCCATCTCGCCTTATCAACGATGATCAA    540
   161 -A--R--S--N--G--G--S--V--G--N--T--P--S--R--L--I--N--D--D--Q-    180

                                                                          
   541 CGGTCACGTGATCAATCTACTGCTCCAGGCTCCTTCAAGGTGGTTATGAGTTCACGGAGT    600
   541 CGGTCACGTGATCAATCTACTGCTCCAGGCTCCTTCAAGGTGGTTATGAGTTCACGGAGT    600
   181 -R--S--R--D--Q--S--T--A--P--G--S--F--K--V--V--M--S--S--R--S-    200

                                                                          
   601 GAGAGGGTAGTTACCAGAAGCTCAAGGAGGTCAAACAATGTGAATGGGACACAACAAAGT    660
   601 GAGAGGGTAGTTACCAGAAGCTCAAGGAGGTCAAACAATGTGAATGGGACACAACAAAGT    660
   201 -E--R--V--V--T--R--S--S--R--R--S--N--N--V--N--G--T--Q--Q--S-    220

                                                                          
   661 GAACAACCAAGAGCTGGACAACAACCTCCGATTGTGTCTGGTCCACCGACAATCGATGTT    720
   661 GAACAACCAAGAGCTGGACAACAACCTCCGATTGTGTCTGGTCCACCGACAATCGATGTT    720
   221 -E--Q--P--R--A--G--Q--Q--P--P--I--V--S--G--P--P--T--I--D--V-    240

                                                                          
   721 GATGCTATTGAGGATGATGATGATGTTGTTGAATCAACTGCTTCTGCTTTTGATCGAGCT    780
   721 GATGCTATTGAGGATGATGATGATGTTGTTGAATCAACTGCTTCTGCTTTTGATCGAGCT    780
   241 -D--A--I--E--D--D--D--D--V--V--E--S--T--A--S--A--F--D--R--A-    260

                                                                          
   781 AAAAGACACAAGTCCGGAGGCTCACAGAGAGGACCCTTAGTAGTTGATGTAGAGTCAGGT    840
   781 AAAAGACACAAGTCCGGAGGCTCACAGAGAGGACCCTTAGTAGTTGATGTAGAGTCAGGT    840
   261 -K--R--H--K--S--G--G--S--Q--R--G--P--L--V--V--D--V--E--S--G-    280

                                                                          
   841 GGTACCACTAGACTAAGCAAGAACCGCACAAAGCGTCAATCTGATCAAGCTAATGTTGAC    900
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   281 -G--T--T--R--L--S--K--N--R--T--K--R--Q--S--D--Q--A--N--V--D-    300

                                                                          
   901 CATAACAATCCGAGGAAGTCCAAGACCGTAGCTCCTCCTGTAGAGGAACCAAAGTTCAAC    960
   901 CATAACAATCCGAGGAAGTCCAAGACCGTAGCTCCTCCTGTAGAGGAACCAAAGTTCAAC    960
   301 -H--N--N--P--R--K--S--K--T--V--A--P--P--V--E--E--P--K--F--N-    320

                                                                          
   961 TGCCCAATTTGCATGTGTCCATTCACTGAGGAAGTCTCAACAAAGTGTGGTCATATCTTC   1020
   961 TGCCCAATTTGCATGTGTCCATTCACTGAGGAAGTCTCAACAAAGTGTGGTCATATCTTC   1020
   321 -C--P--I--C--M--C--P--F--T--E--E--V--S--T--K--C--G--H--I--F-    340

                                                                          
  1021 TGCAAAAAATGCATAAAGCTCGCGGTGTCTGTTCAAGCTAAATGCCCTACGTGTAGAAAA   1080
  1021 TGCAAAAAATGCATAAAGCTCGCGGTGTCTGTTCAAGCTAAATGCCCTACGTGTAGAAAA   1080
   341 -C--K--K--C--I--K--L--A--V--S--V--Q--A--K--C--P--T--C--R--K-    360

                                                                          
  1081 AGGGTCATTGCTAAAGACCTCATCCGAGTCTTCCTTCCTACCACCAGATGA            1131
  1081 AGGGTCATTGCTAAAGACCTCATCCGAGTCTTCCTTCCTACCACCAGATGA            1131
   361 -R--V--I--A--K--D--L--I--R--V--F--L--P--T--T--R--*-             376