Brassica rapa (Brapa_1.0)
Description

AT5G09790 (E=5e-100) ATXR5, SDG15 | ATXR5; DNA binding / protein binding

Location
About this transcript

This transcript has 4 exons and is annotated with 8 domains and features.

Gene

This transcript is a product of gene Bra028618 Show transcript tableHide transcript table

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtRefSeqFlags
-Bra028618.1765254aa
 
Protein coding
M4EIK3 -Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Variants
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Other
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Markup
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     1 ATGCATTTCTTCCGGATTGAGAAATTCGATGTAACAGAGAAACCAGAGTTGAGTCAAGAA     60
     1 ATGCATTTCTTCCGGATTGAGAAATTCGATGTAACAGAGAAACCAGAGTTGAGTCAAGAA     60
     1 -M--H--F--F--R--I--E--K--F--D--V--T--E--K--P--E--L--S--Q--E-     20

                                                                          
    61 GAGACAATAAAGCACAAGAGAAAATCTCGCCCTTTGACTCTGACGAAGAGAAGGAGAAGA    120
    61 GAGACAATAAAGCACAAGAGAAAATCTCGCCCTTTGACTCTGACGAAGAGAAGGAGAAGA    120
    21 -E--T--I--K--H--K--R--K--S--R--P--L--T--L--T--K--R--R--R--R-     40

                                                                          
   121 CTATTACCCTTTGTTCCATCAAAAGATCCTAATCAGAGAGATGCACAACTGAGAACACTT    180
   121 CTATTACCCTTTGTTCCATCAAAAGATCCTAATCAGAGAGATGCACAACTGAGAACACTT    180
    41 -L--L--P--F--V--P--S--K--D--P--N--Q--R--D--A--Q--L--R--T--L-     60

                                                                          
   181 GCATCTGCTTTAACAACCTTGAAAATGAAATACAGCAACGAGTTGACTTACATCCCCGGG    240
   181 GCATCTGCTTTAACAACCTTGAAAATGAAATACAGCAACGAGTTGACTTACATCCCCGGG    240
    61 -A--S--A--L--T--T--L--K--M--K--Y--S--N--E--L--T--Y--I--P--G-     80

                                                                          
   241 ATGGCTCCTCGGTCCGCTAATCAGTCCATGTTCGAGATTGGTGGGGTGCAGGTGCTTTCC    300
   241 ATGGCTCCTCGGTCCGCTAATCAGTCCATGTTCGAGATTGGTGGGGTGCAGGTGCTTTCC    300
    81 -M--A--P--R--S--A--N--Q--S--M--F--E--I--G--G--V--Q--V--L--S-    100

                                                                          
   301 AAGGAAGATATTGAGACACTGGAACAATGTCGAGCTATGCATCGAGTAGGAGGGTACCCT    360
   301 AAGGAAGATATTGAGACACTGGAACAATGTCGAGCTATGCATCGAGTAGGAGGGTACCCT    360
   101 -K--E--D--I--E--T--L--E--Q--C--R--A--M--H--R--V--G--G--Y--P-    120

                                                                          
   361 CCTCTTGTTGTCGTAGAAGATCAGTTTCAAGGTTTCACAGTTGAAGCAGATGGTCCAATT    420
   361 CCTCTTGTTGTCGTAGAAGATCAGTTTCAAGGTTTCACAGTTGAAGCAGATGGTCCAATT    420
   121 -P--L--V--V--V--E--D--Q--F--Q--G--F--T--V--E--A--D--G--P--I-    140

                                                                          
   421 AAGGACCTCACATTGATAGCTGAATACGCAGGAGATGTTGATTACTTAAAGAACCGAGCA    480
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   141 -K--D--L--T--L--I--A--E--Y--A--G--D--V--D--Y--L--K--N--R--A-    160

                                                                          
   481 AAAGACGATTGTGACAGCATCATGACCCTCCTTTTGTGTGAAGATCCATCGAAGTCTCTT    540
   481 AAAGACGATTGTGACAGCATCATGACCCTCCTTTTGTGTGAAGATCCATCGAAGTCTCTT    540
   161 -K--D--D--C--D--S--I--M--T--L--L--L--C--E--D--P--S--K--S--L-    180

                                                                          
   541 GTTATTTGCCCTGACAAGTATGGAAACATATCTCGCTTCGTCAGTGGCATCAACAATCAC    600
   541 GTTATTTGCCCTGACAAGTATGGAAACATATCTCGCTTCGTCAGTGGCATCAACAATCAC    600
   181 -V--I--C--P--D--K--Y--G--N--I--S--R--F--V--S--G--I--N--N--H-    200

                                                                          
   601 AATAGGTATGGTAAGAAGATGCAGAACTGTAAATGCGTGAGGTATAGCATAAATGGAGAG    660
   601 AATAGGTATGGTAAGAAGATGCAGAACTGTAAATGCGTGAGGTATAGCATAAATGGAGAG    660
   201 -N--R--Y--G--K--K--M--Q--N--C--K--C--V--R--Y--S--I--N--G--E-    220

                                                                          
   661 GTTCGAGTTCTTATAGTGGCTACAAGGGATATCTCGAAAGGGGAAAGGCTTTACTATGAC    720
   661 GTTCGAGTTCTTATAGTGGCTACAAGGGATATCTCGAAAGGGGAAAGGCTTTACTATGAC    720
   221 -V--R--V--L--I--V--A--T--R--D--I--S--K--G--E--R--L--Y--Y--D-    240

                                                                          
   721 TACAATGGTTATGAACATGCGTATCCTACTCATCACTTCCTATGA                   765
   721 TACAATGGTTATGAACATGCGTATCCTACTCATCACTTCCTATGA                   765
   241 -Y--N--G--Y--E--H--A--Y--P--T--H--H--F--L--*-                   254