Transcript: Bra028618.1
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Description
AT5G09790 (E=5e-100) ATXR5, SDG15 | ATXR5; DNA binding / protein binding
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- Bra028618.1 765 254aa Gene/transcipt that contains an open reading frame (ORF). Protein coding
M4EIK3 - A single transcript chosen for a gene which is the most conserved, most highly expressed, has the longest coding sequence and is represented in other key resources, such as NCBI and UniProt. This is defined in detail on http://www.ensembl.org/info/genome/genebuild/canonical.html Ensembl Canonical,
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Codons Alternating codons Alternating codons Exons Variants Other Markup ▼ ▲
1 A TG CAT TTC TTC CGG ATT GAG AAA TTC GAT GTA ACA GAG AAA CCA GAG TTG AGT CAA G A A 60
1 ATGCATTTCTTCCGGATTGAGAAATTCGATGTAACAGAGAAACCAGAGTTGAGTCAAGAA 60
1 -M--H--F--F--R--I--E--K--F--D--V--T--E--K--P--E--L--S--Q--E- 20
61 GAG ACA ATA AAG CAC AAG AGA AAA TCT CGC CCT TTG ACT CTG ACG AAG AGA AGG AGA AGA 120
61 GAGACAATAAAGCACAAGAGAAAATCTCGCCCTTTGACTCTGACGAAGAGAAGGAGAAGA 120
21 -E--T--I--K--H--K--R--K--S--R--P--L--T--L--T--K--R--R--R--R- 40
121 CTA TTA CCC TTT GTT CCA TCA AAA GAT CCT AAT CAG AGA GAT GCA CAA CTG AGA ACA CTT 180
121 CTATTACCCTTTGTTCCATCAAAAGATCCTAATCAGAGAGATGCACAACTGAGAACACTT 180
41 -L--L--P--F--V--P--S--K--D--P--N--Q--R--D--A--Q--L--R--T--L- 60
181 GCA TCT GCT TTA ACA ACC TTG AAA ATG AAA TAC AGC AAC GAG TTG ACT TAC ATC CCC GGG 240
181 GCATCTGCTTTAACAACCTTGAAAATGAAATACAGCAACGAGTTGACTTACATCCCCGGG 240
61 -A--S--A--L--T--T--L--K--M--K--Y--S--N--E--L--T--Y--I--P--G- 80
241 ATG GCT CCT CGG TCC GCT AAT CAG TCC ATG TTC GAG ATT GGT GGG GTG CAG GTG CTT TCC 300
241 ATGGCTCCTCGGTCCGCTAATCAGTCCATGTTCGAGATTGGTGGGGTGCAGGTGCTTTCC 300
81 -M--A--P--R--S--A--N--Q--S--M--F--E--I--G--G--V--Q--V--L--S- 100
301 AAG GAA GAT ATT GAG ACA CTG GAA CAA TGT CGA GCT ATG CAT CGA GTA GGA GGG TAC CCT 360
301 AAGGAAGATATTGAGACACTGGAACAATGTCGAGCTATGCATCGAGTAGGAGGGTACCCT 360
101 -K--E--D--I--E--T--L--E--Q--C--R--A--M--H--R--V--G--G--Y--P- 120
361 CCT CTT GTT GTC GTA GAA GAT CAG TTT CAA GG T TTC ACA GTT GAA GCA GAT GGT CCA ATT 420
361 CCTCTTGTTGTCGTAGAAGATCAGTTTCAAGGTTTCACAGTTGAAGCAGATGGTCCAATT 420
121 -P--L--V--V--V--E--D--Q--F--Q--G--F--T--V--E--A--D--G--P--I- 140
421 AAG GAC CTC ACA TTG ATA GCT GAA TAC GCA GGA GAT GTT GAT TAC TTA AAG AAC CGA GCA 480
421 AAGGACCTCACATTGATAGCTGAATACGCAGGAGATGTTGATTACTTAAAGAACCGAGCA 480
141 -K--D--L--T--L--I--A--E--Y--A--G--D--V--D--Y--L--K--N--R--A- 160
481 AAA GAC GAT TGT GAC AGC ATC ATG ACC CTC CTT TTG TGT GAA GAT CCA TCG AAG TCT CTT 540
481 AAAGACGATTGTGACAGCATCATGACCCTCCTTTTGTGTGAAGATCCATCGAAGTCTCTT 540
161 -K--D--D--C--D--S--I--M--T--L--L--L--C--E--D--P--S--K--S--L- 180
541 GTT ATT TGC CCT GAC AAG TAT GGA AAC ATA TCT CGC TTC GTC AGT GGC ATC AAC AAT CAC 600
541 GTTATTTGCCCTGACAAGTATGGAAACATATCTCGCTTCGTCAGTGGCATCAACAATCAC 600
181 -V--I--C--P--D--K--Y--G--N--I--S--R--F--V--S--G--I--N--N--H- 200
601 AAT AG G TAT GGT AAG AAG ATG CAG AAC TGT AAA TGC GTG AGG TAT AGC ATA AAT GGA GAG 660
601 AATAGGTATGGTAAGAAGATGCAGAACTGTAAATGCGTGAGGTATAGCATAAATGGAGAG 660
201 -N--R--Y--G--K--K--M--Q--N--C--K--C--V--R--Y--S--I--N--G--E- 220
661 GTT CGA GTT CTT ATA GTG GCT ACA AGG GAT ATC TCG AAA GGG GAA AGG CTT TAC TAT GAC 720
661 GTTCGAGTTCTTATAGTGGCTACAAGGGATATCTCGAAAGGGGAAAGGCTTTACTATGAC 720
221 -V--R--V--L--I--V--A--T--R--D--I--S--K--G--E--R--L--Y--Y--D- 240
721 TAC AAT GGT TAT GAA CAT GCG TAT CCT ACT CAT CAC TTC CTA TGA 765
721 TACAATGGTTATGAACATGCGTATCCTACTCATCACTTCCTATGA 765
241 -Y--N--G--Y--E--H--A--Y--P--T--H--H--F--L--*- 254
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