Transcript: Bra022657.1
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Description
AT5G53500 (E=2e-256) | WD-40 repeat family protein
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- Bra022657.1 1902 633aa Gene/transcipt that contains an open reading frame (ORF). Protein coding
M4E1K7 - A single transcript chosen for a gene which is the most conserved, most highly expressed, has the longest coding sequence and is represented in other key resources, such as NCBI and UniProt. This is defined in detail on http://www.ensembl.org/info/genome/genebuild/canonical.html Ensembl Canonical,
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Codons Alternating codons Alternating codons Exons Variants Other Markup ▼ ▲
1 A TG GAT TAC TTG TCT GAA GAG GAA GAT TTG CAG TTC TTT GAT GCC AAG GAA GAA GAG ATG 60
1 ATGGATTACTTGTCTGAAGAGGAAGATTTGCAGTTCTTTGATGCCAAGGAAGAAGAGATG 60
1 -M--D--Y--L--S--E--E--E--D--L--Q--F--F--D--A--K--E--E--E--M- 20
61 ATG ATG GCA TCG AAT CCA AGT GGT TTT GAT GTA TGG AGT GAT TCA CCT GGA AGT GTT GTG 120
61 ATGATGGCATCGAATCCAAGTGGTTTTGATGTATGGAGTGATTCACCTGGAAGTGTTGTG 120
21 -M--M--A--S--N--P--S--G--F--D--V--W--S--D--S--P--G--S--V--V- 40
121 GAG CGG CGG AGG AAG TTC TTG CAG TGG ATG GGA GTC CAA GAA GAT CTT TCT CAA CCT ATC 180
121 GAGCGGCGGAGGAAGTTCTTGCAGTGGATGGGAGTCCAAGAAGATCTTTCTCAACCTATC 180
41 -E--R--R--R--K--F--L--Q--W--M--G--V--Q--E--D--L--S--Q--P--I- 60
181 AAG TTT GAG TCT GAT GGA GCT TCA GAG AAT TGT GTT GAA GCT GAG CAG AGT TCT GGA GGA 240
181 AAGTTTGAGTCTGATGGAGCTTCAGAGAATTGTGTTGAAGCTGAGCAGAGTTCTGGAGGA 240
61 -K--F--E--S--D--G--A--S--E--N--C--V--E--A--E--Q--S--S--G--G- 80
241 TTC AGC TCT TCT TCT AGT CAG GTC TCT TCC TCT GAG GAA TTA TCT CTG AGA GTG GAC AAA 300
241 TTCAGCTCTTCTTCTAGTCAGGTCTCTTCCTCTGAGGAATTATCTCTGAGAGTGGACAAA 300
81 -F--S--S--S--S--S--Q--V--S--S--S--E--E--L--S--L--R--V--D--K- 100
301 AGT TTT GGT GGA TGC GAT GTA ACG AGA AGG GAA AGC TCT TCA ATG GCA TCA TCT TCT GGT 360
301 AGTTTTGGTGGATGCGATGTAACGAGAAGGGAAAGCTCTTCAATGGCATCATCTTCTGGT 360
101 -S--F--G--G--C--D--V--T--R--R--E--S--S--S--M--A--S--S--S--G- 120
361 TCC AGG TGT TGC CCA TTG AAG GAA ACA GAG AAG CAG CGG AAT ATC AAG AAG GGA TGG TTC 420
361 TCCAGGTGTTGCCCATTGAAGGAAACAGAGAAGCAGCGGAATATCAAGAAGGGATGGTTC 420
121 -S--R--C--C--P--L--K--E--T--E--K--Q--R--N--I--K--K--G--W--F- 140
421 ACC AGG CTG CGC TCT TTT GGA TGT TCC GCG GAT TAT ACA AAG ATC AGA GCT TCT TCT TCA 480
421 ACCAGGCTGCGCTCTTTTGGATGTTCCGCGGATTATACAAAGATCAGAGCTTCTTCTTCA 480
141 -T--R--L--R--S--F--G--C--S--A--D--Y--T--K--I--R--A--S--S--S- 160
481 TCT AAC TAT GGC GAT GTG ATC TCA AGA GTT AAG GTC AAG CAT TGT AAG AAA CAG ACC AAA 540
481 TCTAACTATGGCGATGTGATCTCAAGAGTTAAGGTCAAGCATTGTAAGAAACAGACCAAA 540
161 -S--N--Y--G--D--V--I--S--R--V--K--V--K--H--C--K--K--Q--T--K- 180
541 GAG CTT TCA GCT CTT TAT CAG AGC CAA GAC ATT AAA GCT CAC AAC GGT TAC ATC TCG GCT 600
541 GAGCTTTCAGCTCTTTATCAGAGCCAAGACATTAAAGCTCACAACGGTTACATCTCGGCT 600
181 -E--L--S--A--L--Y--Q--S--Q--D--I--K--A--H--N--G--Y--I--S--A- 200
601 ATG AAA TTT AGC AGC GAT GGG AAG TAT CTC GCA AGC TCT GGT GAA GAT GGG ATT GTG CGC 660
601 ATGAAATTTAGCAGCGATGGGAAGTATCTCGCAAGCTCTGGTGAAGATGGGATTGTGCGC 660
201 -M--K--F--S--S--D--G--K--Y--L--A--S--S--G--E--D--G--I--V--R- 220
661 GTT TGG AAA GTC ATT GAG GAT AAG AGA TCT AGA CCA CCA AGG GAT TGC CTT AAC CCT TCT 720
661 GTTTGGAAAGTCATTGAGGATAAGAGATCTAGACCACCAAGGGATTGCCTTAACCCTTCT 720
221 -V--W--K--V--I--E--D--K--R--S--R--P--P--R--D--C--L--N--P--S- 240
721 TGT ATC TAC TTC GAG GTA AAC GAT CAT TCC CAG TTG AAA CCT GTT TTG TTA GAT GAA GAG 780
721 TGTATCTACTTCGAGGTAAACGATCATTCCCAGTTGAAACCTGTTTTGTTAGATGAAGAG 780
241 -C--I--Y--F--E--V--N--D--H--S--Q--L--K--P--V--L--L--D--E--E- 260
781 AAA CCA AAC AAG ACG ACA GAA AGC TTC AAG AAA ACA TCA GAT TCA GCC TGT GTC GTC TTC 840
781 AAACCAAACAAGACGACAGAAAGCTTCAAGAAAACATCAGATTCAGCCTGTGTCGTCTTC 840
261 -K--P--N--K--T--T--E--S--F--K--K--T--S--D--S--A--C--V--V--F- 280
841 CCT CCT AAA GCT TTC CGG ATA ATG GAG AAG CCT TTA CAT GAG TTC CGC GGC CAC ACT GGT 900
841 CCTCCTAAAGCTTTCCGGATAATGGAGAAGCCTTTACATGAGTTCCGCGGCCACACTGGT 900
281 -P--P--K--A--F--R--I--M--E--K--P--L--H--E--F--R--G--H--T--G- 300
901 GAA GTC TTG GAC ATC TCA TGG TCA ATG GAT AAC TGT CTT CTC TCA GCG TCA ATG GAT AAA 960
901 GAAGTCTTGGACATCTCATGGTCAATGGATAACTGTCTTCTCTCAGCGTCAATGGATAAA 960
301 -E--V--L--D--I--S--W--S--M--D--N--C--L--L--S--A--S--M--D--K- 320
961 ACT GTT CGT CTA TGG CAA GTT GGT AGC AAC GAT TGT CTT GGA GTT TTC ACT CAC AAT AGT 1020
961 ACTGTTCGTCTATGGCAAGTTGGTAGCAACGATTGTCTTGGAGTTTTCACTCACAATAGT 1020
321 -T--V--R--L--W--Q--V--G--S--N--D--C--L--G--V--F--T--H--N--S- 340
1021 TAT G T G ACG TCT GTT CAG TTC AAC CCG GTT AAT GAG AAC TAC TTC ATG AGT GGT TCA GTT 1080
1021 TATGTGACGTCTGTTCAGTTCAACCCGGTTAATGAGAACTACTTCATGAGTGGTTCAGTT 1080
341 -Y--V--T--S--V--Q--F--N--P--V--N--E--N--Y--F--M--S--G--S--V- 360
1081 GAT GGG AAA GTT CGA ATA TGG GAC ATT TCT GGT TGC AGT GTT GTT GAT TGG GTT GAT CTC 1140
1081 GATGGGAAAGTTCGAATATGGGACATTTCTGGTTGCAGTGTTGTTGATTGGGTTGATCTC 1140
361 -D--G--K--V--R--I--W--D--I--S--G--C--S--V--V--D--W--V--D--L- 380
1141 AAA GAC ATT ATA TCC GCA GTG TGT TAT CGT CCG GAT GGA AAG GGA GGA ATC ATT GGT TCT 1200
1141 AAAGACATTATATCCGCAGTGTGTTATCGTCCGGATGGAAAGGGAGGAATCATTGGTTCT 1200
381 -K--D--I--I--S--A--V--C--Y--R--P--D--G--K--G--G--I--I--G--S- 400
1201 CTG AGT GGA AGC TGC AGA TTC TTT AAC ATG TCT GGA GAC TAT TTA GAA TTG GAC TCT CAG 1260
1201 CTGAGTGGAAGCTGCAGATTCTTTAACATGTCTGGAGACTATTTAGAATTGGACTCTCAG 1260
401 -L--S--G--S--C--R--F--F--N--M--S--G--D--Y--L--E--L--D--S--Q- 420
1261 ATA CAT TTG CTT AGC AAA AAG AAG TCT TCT AAT AAA CGT ATA ACT GGT TTT CAG TTT TTA 1320
1261 ATACATTTGCTTAGCAAAAAGAAGTCTTCTAATAAACGTATAACTGGTTTTCAGTTTTTA 1320
421 -I--H--L--L--S--K--K--K--S--S--N--K--R--I--T--G--F--Q--F--L- 440
1321 CCA CAA GAT CAG AGC AAA GTC CTG GTT GTT TCT GCA GAT TCC AAA GTC AGA ATT CTC CAA 1380
1321 CCACAAGATCAGAGCAAAGTCCTGGTTGTTTCTGCAGATTCCAAAGTCAGAATTCTCCAA 1380
441 -P--Q--D--Q--S--K--V--L--V--V--S--A--D--S--K--V--R--I--L--Q- 460
1381 GGC AAC GAT GTT GTC AGA AAA TAC AAA G GT GTT TGC AAG ACG AGA AGC CTC ACA TCA GCG 1440
1381 GGCAACGATGTTGTCAGAAAATACAAAGGTGTTTGCAAGACGAGAAGCCTCACATCAGCG 1440
461 -G--N--D--V--V--R--K--Y--K--G--V--C--K--T--R--S--L--T--S--A- 480
1441 TCT CTT ACG TCT GAT GGA AAG CAC ATT GTG TCA GCT TGT GAG GAC TCC AAT GTA TAT ATA 1500
1441 TCTCTTACGTCTGATGGAAAGCACATTGTGTCAGCTTGTGAGGACTCCAATGTATATATA 1500
481 -S--L--T--S--D--G--K--H--I--V--S--A--C--E--D--S--N--V--Y--I- 500
1501 TGG AGC AAT GGA GAT GAA TCA GAT TCT TCT TCT TCT TCT CAA ACC AAA AAG ATT CGA TCC 1560
1501 TGGAGCAATGGAGATGAATCAGATTCTTCTTCTTCTTCTCAAACCAAAAAGATTCGATCC 1560
501 -W--S--N--G--D--E--S--D--S--S--S--S--S--Q--T--K--K--I--R--S- 520
1561 TTT GAA CGT TTC TCC ACC AAT GCA TCA GTT GCA GCA ACC TGG TGT GGA TTC TCA GAC CAC 1620
1561 TTTGAACGTTTCTCCACCAATGCATCAGTTGCAGCAACCTGGTGTGGATTCTCAGACCAC 1620
521 -F--E--R--F--S--T--N--A--S--V--A--A--T--W--C--G--F--S--D--H- 540
1621 AAC GCA ACT CTC CCG TTT TCT TCA CCC TCT TGC TTA TCT ATC AAT GAA GGA TTT GTC CCT 1680
1621 AACGCAACTCTCCCGTTTTCTTCACCCTCTTGCTTATCTATCAATGAAGGATTTGTCCCT 1680
541 -N--A--T--L--P--F--S--S--P--S--C--L--S--I--N--E--G--F--V--P- 560
1681 GGA TCA ATC CCC AAA GGA AGC GCG ACG TGG CCA GAG GAA AAC TTA CCT GCA AAT CCT CTT 1740
1681 GGATCAATCCCCAAAGGAAGCGCGACGTGGCCAGAGGAAAACTTACCTGCAAATCCTCTT 1740
561 -G--S--I--P--K--G--S--A--T--W--P--E--E--N--L--P--A--N--P--L- 580
1741 TCC TCG TCC ACA ATG AGT GCA TCT CAC TAC AAG TTT CTC AAG TCC TCG TAC CAG AGA GCA 1800
1741 TCCTCGTCCACAATGAGTGCATCTCACTACAAGTTTCTCAAGTCCTCGTACCAGAGAGCA 1800
581 -S--S--S--T--M--S--A--S--H--Y--K--F--L--K--S--S--Y--Q--R--A- 600
1801 ACG AAT AGC TCT CTA GCT TGG GGT ATG GTC ATT GTC ACA GGT GGT TGG GAC GGA CGG ATC 1860
1801 ACGAATAGCTCTCTAGCTTGGGGTATGGTCATTGTCACAGGTGGTTGGGACGGACGGATC 1860
601 -T--N--S--S--L--A--W--G--M--V--I--V--T--G--G--W--D--G--R--I- 620
1861 AGA ACA TTT CAG AAC TAC GGC TTG CCT GTG AAT ACA GCT TGA 1902
1861 AGAACATTTCAGAACTACGGCTTGCCTGTGAATACAGCTTGA 1902
621 -R--T--F--Q--N--Y--G--L--P--V--N--T--A--*- 633
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