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Brassica rapa (Brapa_1.0)
Description

AT5G53500 (E=2e-256) | WD-40 repeat family protein

Location
About this transcript

This transcript has 5 exons and is annotated with 32 domains and features.

Gene

This transcript is a product of gene Bra022657 Show transcript tableHide transcript table

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  • Name
  • Transcript ID
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  • Protein
  • Translation ID
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  • UniProt
  • RefSeq
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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtRefSeqFlags
-Bra022657.11902633aa
 
Protein coding
M4E1K7 -Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGATTACTTGTCTGAAGAGGAAGATTTGCAGTTCTTTGATGCCAAGGAAGAAGAGATG     60
     1 ATGGATTACTTGTCTGAAGAGGAAGATTTGCAGTTCTTTGATGCCAAGGAAGAAGAGATG     60
     1 -M--D--Y--L--S--E--E--E--D--L--Q--F--F--D--A--K--E--E--E--M-     20

                                                                          
    61 ATGATGGCATCGAATCCAAGTGGTTTTGATGTATGGAGTGATTCACCTGGAAGTGTTGTG    120
    61 ATGATGGCATCGAATCCAAGTGGTTTTGATGTATGGAGTGATTCACCTGGAAGTGTTGTG    120
    21 -M--M--A--S--N--P--S--G--F--D--V--W--S--D--S--P--G--S--V--V-     40

                                                                          
   121 GAGCGGCGGAGGAAGTTCTTGCAGTGGATGGGAGTCCAAGAAGATCTTTCTCAACCTATC    180
   121 GAGCGGCGGAGGAAGTTCTTGCAGTGGATGGGAGTCCAAGAAGATCTTTCTCAACCTATC    180
    41 -E--R--R--R--K--F--L--Q--W--M--G--V--Q--E--D--L--S--Q--P--I-     60

                                                                          
   181 AAGTTTGAGTCTGATGGAGCTTCAGAGAATTGTGTTGAAGCTGAGCAGAGTTCTGGAGGA    240
   181 AAGTTTGAGTCTGATGGAGCTTCAGAGAATTGTGTTGAAGCTGAGCAGAGTTCTGGAGGA    240
    61 -K--F--E--S--D--G--A--S--E--N--C--V--E--A--E--Q--S--S--G--G-     80

                                                                          
   241 TTCAGCTCTTCTTCTAGTCAGGTCTCTTCCTCTGAGGAATTATCTCTGAGAGTGGACAAA    300
   241 TTCAGCTCTTCTTCTAGTCAGGTCTCTTCCTCTGAGGAATTATCTCTGAGAGTGGACAAA    300
    81 -F--S--S--S--S--S--Q--V--S--S--S--E--E--L--S--L--R--V--D--K-    100

                                                                          
   301 AGTTTTGGTGGATGCGATGTAACGAGAAGGGAAAGCTCTTCAATGGCATCATCTTCTGGT    360
   301 AGTTTTGGTGGATGCGATGTAACGAGAAGGGAAAGCTCTTCAATGGCATCATCTTCTGGT    360
   101 -S--F--G--G--C--D--V--T--R--R--E--S--S--S--M--A--S--S--S--G-    120

                                                                          
   361 TCCAGGTGTTGCCCATTGAAGGAAACAGAGAAGCAGCGGAATATCAAGAAGGGATGGTTC    420
   361 TCCAGGTGTTGCCCATTGAAGGAAACAGAGAAGCAGCGGAATATCAAGAAGGGATGGTTC    420
   121 -S--R--C--C--P--L--K--E--T--E--K--Q--R--N--I--K--K--G--W--F-    140

                                                                          
   421 ACCAGGCTGCGCTCTTTTGGATGTTCCGCGGATTATACAAAGATCAGAGCTTCTTCTTCA    480
   421 ACCAGGCTGCGCTCTTTTGGATGTTCCGCGGATTATACAAAGATCAGAGCTTCTTCTTCA    480
   141 -T--R--L--R--S--F--G--C--S--A--D--Y--T--K--I--R--A--S--S--S-    160

                                                                          
   481 TCTAACTATGGCGATGTGATCTCAAGAGTTAAGGTCAAGCATTGTAAGAAACAGACCAAA    540
   481 TCTAACTATGGCGATGTGATCTCAAGAGTTAAGGTCAAGCATTGTAAGAAACAGACCAAA    540
   161 -S--N--Y--G--D--V--I--S--R--V--K--V--K--H--C--K--K--Q--T--K-    180

                                                                          
   541 GAGCTTTCAGCTCTTTATCAGAGCCAAGACATTAAAGCTCACAACGGTTACATCTCGGCT    600
   541 GAGCTTTCAGCTCTTTATCAGAGCCAAGACATTAAAGCTCACAACGGTTACATCTCGGCT    600
   181 -E--L--S--A--L--Y--Q--S--Q--D--I--K--A--H--N--G--Y--I--S--A-    200

                                                                          
   601 ATGAAATTTAGCAGCGATGGGAAGTATCTCGCAAGCTCTGGTGAAGATGGGATTGTGCGC    660
   601 ATGAAATTTAGCAGCGATGGGAAGTATCTCGCAAGCTCTGGTGAAGATGGGATTGTGCGC    660
   201 -M--K--F--S--S--D--G--K--Y--L--A--S--S--G--E--D--G--I--V--R-    220

                                                                          
   661 GTTTGGAAAGTCATTGAGGATAAGAGATCTAGACCACCAAGGGATTGCCTTAACCCTTCT    720
   661 GTTTGGAAAGTCATTGAGGATAAGAGATCTAGACCACCAAGGGATTGCCTTAACCCTTCT    720
   221 -V--W--K--V--I--E--D--K--R--S--R--P--P--R--D--C--L--N--P--S-    240

                                                                          
   721 TGTATCTACTTCGAGGTAAACGATCATTCCCAGTTGAAACCTGTTTTGTTAGATGAAGAG    780
   721 TGTATCTACTTCGAGGTAAACGATCATTCCCAGTTGAAACCTGTTTTGTTAGATGAAGAG    780
   241 -C--I--Y--F--E--V--N--D--H--S--Q--L--K--P--V--L--L--D--E--E-    260

                                                                          
   781 AAACCAAACAAGACGACAGAAAGCTTCAAGAAAACATCAGATTCAGCCTGTGTCGTCTTC    840
   781 AAACCAAACAAGACGACAGAAAGCTTCAAGAAAACATCAGATTCAGCCTGTGTCGTCTTC    840
   261 -K--P--N--K--T--T--E--S--F--K--K--T--S--D--S--A--C--V--V--F-    280

                                                                          
   841 CCTCCTAAAGCTTTCCGGATAATGGAGAAGCCTTTACATGAGTTCCGCGGCCACACTGGT    900
   841 CCTCCTAAAGCTTTCCGGATAATGGAGAAGCCTTTACATGAGTTCCGCGGCCACACTGGT    900
   281 -P--P--K--A--F--R--I--M--E--K--P--L--H--E--F--R--G--H--T--G-    300

                                                                          
   901 GAAGTCTTGGACATCTCATGGTCAATGGATAACTGTCTTCTCTCAGCGTCAATGGATAAA    960
   901 GAAGTCTTGGACATCTCATGGTCAATGGATAACTGTCTTCTCTCAGCGTCAATGGATAAA    960
   301 -E--V--L--D--I--S--W--S--M--D--N--C--L--L--S--A--S--M--D--K-    320

                                                                          
   961 ACTGTTCGTCTATGGCAAGTTGGTAGCAACGATTGTCTTGGAGTTTTCACTCACAATAGT   1020
   961 ACTGTTCGTCTATGGCAAGTTGGTAGCAACGATTGTCTTGGAGTTTTCACTCACAATAGT   1020
   321 -T--V--R--L--W--Q--V--G--S--N--D--C--L--G--V--F--T--H--N--S-    340

                                                                          
  1021 TATGTGACGTCTGTTCAGTTCAACCCGGTTAATGAGAACTACTTCATGAGTGGTTCAGTT   1080
  1021 TATGTGACGTCTGTTCAGTTCAACCCGGTTAATGAGAACTACTTCATGAGTGGTTCAGTT   1080
   341 -Y--V--T--S--V--Q--F--N--P--V--N--E--N--Y--F--M--S--G--S--V-    360

                                                                          
  1081 GATGGGAAAGTTCGAATATGGGACATTTCTGGTTGCAGTGTTGTTGATTGGGTTGATCTC   1140
  1081 GATGGGAAAGTTCGAATATGGGACATTTCTGGTTGCAGTGTTGTTGATTGGGTTGATCTC   1140
   361 -D--G--K--V--R--I--W--D--I--S--G--C--S--V--V--D--W--V--D--L-    380

                                                                          
  1141 AAAGACATTATATCCGCAGTGTGTTATCGTCCGGATGGAAAGGGAGGAATCATTGGTTCT   1200
  1141 AAAGACATTATATCCGCAGTGTGTTATCGTCCGGATGGAAAGGGAGGAATCATTGGTTCT   1200
   381 -K--D--I--I--S--A--V--C--Y--R--P--D--G--K--G--G--I--I--G--S-    400

                                                                          
  1201 CTGAGTGGAAGCTGCAGATTCTTTAACATGTCTGGAGACTATTTAGAATTGGACTCTCAG   1260
  1201 CTGAGTGGAAGCTGCAGATTCTTTAACATGTCTGGAGACTATTTAGAATTGGACTCTCAG   1260
   401 -L--S--G--S--C--R--F--F--N--M--S--G--D--Y--L--E--L--D--S--Q-    420

                                                                          
  1261 ATACATTTGCTTAGCAAAAAGAAGTCTTCTAATAAACGTATAACTGGTTTTCAGTTTTTA   1320
  1261 ATACATTTGCTTAGCAAAAAGAAGTCTTCTAATAAACGTATAACTGGTTTTCAGTTTTTA   1320
   421 -I--H--L--L--S--K--K--K--S--S--N--K--R--I--T--G--F--Q--F--L-    440

                                                                          
  1321 CCACAAGATCAGAGCAAAGTCCTGGTTGTTTCTGCAGATTCCAAAGTCAGAATTCTCCAA   1380
  1321 CCACAAGATCAGAGCAAAGTCCTGGTTGTTTCTGCAGATTCCAAAGTCAGAATTCTCCAA   1380
   441 -P--Q--D--Q--S--K--V--L--V--V--S--A--D--S--K--V--R--I--L--Q-    460

                                                                          
  1381 GGCAACGATGTTGTCAGAAAATACAAAGGTGTTTGCAAGACGAGAAGCCTCACATCAGCG   1440
  1381 GGCAACGATGTTGTCAGAAAATACAAAGGTGTTTGCAAGACGAGAAGCCTCACATCAGCG   1440
   461 -G--N--D--V--V--R--K--Y--K--G--V--C--K--T--R--S--L--T--S--A-    480

                                                                          
  1441 TCTCTTACGTCTGATGGAAAGCACATTGTGTCAGCTTGTGAGGACTCCAATGTATATATA   1500
  1441 TCTCTTACGTCTGATGGAAAGCACATTGTGTCAGCTTGTGAGGACTCCAATGTATATATA   1500
   481 -S--L--T--S--D--G--K--H--I--V--S--A--C--E--D--S--N--V--Y--I-    500

                                                                          
  1501 TGGAGCAATGGAGATGAATCAGATTCTTCTTCTTCTTCTCAAACCAAAAAGATTCGATCC   1560
  1501 TGGAGCAATGGAGATGAATCAGATTCTTCTTCTTCTTCTCAAACCAAAAAGATTCGATCC   1560
   501 -W--S--N--G--D--E--S--D--S--S--S--S--S--Q--T--K--K--I--R--S-    520

                                                                          
  1561 TTTGAACGTTTCTCCACCAATGCATCAGTTGCAGCAACCTGGTGTGGATTCTCAGACCAC   1620
  1561 TTTGAACGTTTCTCCACCAATGCATCAGTTGCAGCAACCTGGTGTGGATTCTCAGACCAC   1620
   521 -F--E--R--F--S--T--N--A--S--V--A--A--T--W--C--G--F--S--D--H-    540

                                                                          
  1621 AACGCAACTCTCCCGTTTTCTTCACCCTCTTGCTTATCTATCAATGAAGGATTTGTCCCT   1680
  1621 AACGCAACTCTCCCGTTTTCTTCACCCTCTTGCTTATCTATCAATGAAGGATTTGTCCCT   1680
   541 -N--A--T--L--P--F--S--S--P--S--C--L--S--I--N--E--G--F--V--P-    560

                                                                          
  1681 GGATCAATCCCCAAAGGAAGCGCGACGTGGCCAGAGGAAAACTTACCTGCAAATCCTCTT   1740
  1681 GGATCAATCCCCAAAGGAAGCGCGACGTGGCCAGAGGAAAACTTACCTGCAAATCCTCTT   1740
   561 -G--S--I--P--K--G--S--A--T--W--P--E--E--N--L--P--A--N--P--L-    580

                                                                          
  1741 TCCTCGTCCACAATGAGTGCATCTCACTACAAGTTTCTCAAGTCCTCGTACCAGAGAGCA   1800
  1741 TCCTCGTCCACAATGAGTGCATCTCACTACAAGTTTCTCAAGTCCTCGTACCAGAGAGCA   1800
   581 -S--S--S--T--M--S--A--S--H--Y--K--F--L--K--S--S--Y--Q--R--A-    600

                                                                          
  1801 ACGAATAGCTCTCTAGCTTGGGGTATGGTCATTGTCACAGGTGGTTGGGACGGACGGATC   1860
  1801 ACGAATAGCTCTCTAGCTTGGGGTATGGTCATTGTCACAGGTGGTTGGGACGGACGGATC   1860
   601 -T--N--S--S--L--A--W--G--M--V--I--V--T--G--G--W--D--G--R--I-    620

                                                                          
  1861 AGAACATTTCAGAACTACGGCTTGCCTGTGAATACAGCTTGA                     1902
  1861 AGAACATTTCAGAACTACGGCTTGCCTGTGAATACAGCTTGA                     1902
   621 -R--T--F--Q--N--Y--G--L--P--V--N--T--A--*-                      633