Brassica rapa (Brapa_1.0)
Description

AT5G20510 (E=2e-095) AL5 | AL5 (ALFIN-LIKE 5); DNA binding / methylated histone residue binding

Location
About this transcript

This transcript has 5 exons, is annotated with 18 domains and features and maps to 1 oligo probe.

Gene

This transcript is a product of gene Bra020107 Show transcript tableHide transcript table

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-Bra020107.1765254aa
 
Protein coding
M4DUB4 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Variants
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Other
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Markup
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     1 ATGGAAGGAGGAGGAGGTGCCCGCTACAACCCTCGAACTGTTGAAGAAGTCTTCCGAGAT     60
     1 ATGGAAGGAGGAGGAGGTGCCCGCTACAACCCTCGAACTGTTGAAGAAGTCTTCCGAGAT     60
     1 -M--E--G--G--G--G--A--R--Y--N--P--R--T--V--E--E--V--F--R--D-     20

                                                                          
    61 TTCAAGGGCCGTCGTGCTGGCATCCTCCGTGCTCTCACCACCGATGTGAAAGAGTTTTTC    120
    61 TTCAAGGGCCGTCGTGCTGGCATCCTCCGTGCTCTCACCACCGATGTGAAAGAGTTTTTC    120
    21 -F--K--G--R--R--A--G--I--L--R--A--L--T--T--D--V--K--E--F--F-     40

                                                                          
   121 CAGCAATGCAATCCTGAGAAGGACAACCTTTGCTTGTATGGATTCCCGAATGAAGTGTGG    180
   121 CAGCAATGCAATCCTGAGAAGGACAACCTTTGCTTGTATGGATTCCCGAATGAAGTGTGG    180
    41 -Q--Q--C--N--P--E--K--D--N--L--C--L--Y--G--F--P--N--E--V--W-     60

                                                                          
   181 GAAGTTAACTTACCAGCTGAAGAAGTGCCTCCTGAGCTCCCTGAGCCTGCGCTCGGCATC    240
   181 GAAGTTAACTTACCAGCTGAAGAAGTGCCTCCTGAGCTCCCTGAGCCTGCGCTCGGCATC    240
    61 -E--V--N--L--P--A--E--E--V--P--P--E--L--P--E--P--A--L--G--I-     80

                                                                          
   241 AACTTTGCTAGAGATGGAATGCAGGAAAAAGAGTGGATTTCTCTTGTTGCTGTCCACAGT    300
   241 AACTTTGCTAGAGATGGAATGCAGGAAAAAGAGTGGATTTCTCTTGTTGCTGTCCACAGT    300
    81 -N--F--A--R--D--G--M--Q--E--K--E--W--I--S--L--V--A--V--H--S-    100

                                                                          
   301 GATGCCTGGTTGCTTTCTGTCTCCTTTTACTTCGGTTCAAGATTTGGTTTCGATAAAGCT    360
   301 GATGCCTGGTTGCTTTCTGTCTCCTTTTACTTCGGTTCAAGATTTGGTTTCGATAAAGCT    360
   101 -D--A--W--L--L--S--V--S--F--Y--F--G--S--R--F--G--F--D--K--A-    120

                                                                          
   361 GACAGGAAGCGCTTGTTTAACATGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGAAGTTGTAACT    420
   361 GACAGGAAGCGCTTGTTTAACATGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGAAGTTGTAACT    420
   121 -D--R--K--R--L--F--N--M--I--N--E--V--P--T--V--F--E--V--V--T-    140

                                                                          
   421 GGAAGTGCGAAGAAACAAACAGAGGAACAGCCTTCTTCAGTAAACAGAAATGGCAACAGA    480
   421 GGAAGTGCGAAGAAACAAACAGAGGAACAGCCTTCTTCAGTAAACAGAAATGGCAACAGA    480
   141 -G--S--A--K--K--Q--T--E--E--Q--P--S--S--V--N--R--N--G--N--R-    160

                                                                          
   481 TCCAAGTCTAATTCAAAAGTGAGAGATTTAGAAGTCAAAAGCTCAAGGACAATAGAGGTC    540
   481 TCCAAGTCTAATTCAAAAGTGAGAGATTTAGAAGTCAAAAGCTCAAGGACAATAGAGGTC    540
   161 -S--K--S--N--S--K--V--R--D--L--E--V--K--S--S--R--T--I--E--V-    180

                                                                          
   541 AACGACGAGGAGGAAGGAGTAGAGGAAGAGGAAGAGGATGAAGAGGAACACGGTGAGACC    600
   541 AACGACGAGGAGGAAGGAGTAGAGGAAGAGGAAGAGGATGAAGAGGAACACGGTGAGACC    600
   181 -N--D--E--E--E--G--V--E--E--E--E--E--D--E--E--E--H--G--E--T-    200

                                                                          
   601 CTATGTGGAGCTTGTGGAGATAACTATGCATCTGATTTCTGGATTTGCTGCGACATGTGC    660
   601 CTATGTGGAGCTTGTGGAGATAACTATGCATCTGATTTCTGGATTTGCTGCGACATGTGC    660
   201 -L--C--G--A--C--G--D--N--Y--A--S--D--F--W--I--C--C--D--M--C-    220

                                                                          
   661 GAGAAATGGTTTCATGGGAAGTGTGTGAAGATCACTCCAGCTAGAGCGGAGCATATCAAG    720
   661 GAGAAATGGTTTCATGGGAAGTGTGTGAAGATCACTCCAGCTAGAGCGGAGCATATCAAG    720
   221 -E--K--W--F--H--G--K--C--V--K--I--T--P--A--R--A--E--H--I--K-    240

                                                                          
   721 CAATACAAGTGCCCTTCTTGCAGCAACAAAAGAGCTCGTCCCTAA                   765
   721 CAATACAAGTGCCCTTCTTGCAGCAACAAAAGAGCTCGTCCCTAA                   765
   241 -Q--Y--K--C--P--S--C--S--N--K--R--A--R--P--*-                   254