Brassica rapa (Brapa_1.0)
Description

AT3G61790 (E=1e-175) | seven in absentia (SINA) family protein

Location
About this transcript

This transcript has 3 exons and is annotated with 15 domains and features.

Gene

This transcript is a product of gene Bra014421 Show transcript tableHide transcript table

Show/hide columns (1 hidden)
  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • RefSeq
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtRefSeqFlags
-Bra014421.1963320aa
 
Protein coding
M4DD53 -Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 ATGGATTTGGATAGCATGGACTGCACTTCAACCATCGATGTCACCGACGACGACGAAGAG     60
     1 ATGGATTTGGATAGCATGGACTGCACTTCAACCATCGATGTCACCGACGACGACGAAGAG     60
     1 -M--D--L--D--S--M--D--C--T--S--T--I--D--V--T--D--D--D--E--E-     20

                                                                          
    61 ATCCATCAAGATCGCCATTCCTACGCATCGGTTTCAAAGCATCATAGTAATAACAGCACC    120
    61 ATCCATCAAGATCGCCATTCCTACGCATCGGTTTCAAAGCATCATAGTAATAACAGCACC    120
    21 -I--H--Q--D--R--H--S--Y--A--S--V--S--K--H--H--S--N--N--S--T-     40

                                                                          
   121 AACGCGAATGCTGCTTCTGGTCTTCTTCCGACAACCACAAGTGTTCATGAGCTTCTCGAA    180
   121 AACGCGAATGCTGCTTCTGGTCTTCTTCCGACAACCACAAGTGTTCATGAGCTTCTCGAA    180
    41 -N--A--N--A--A--S--G--L--L--P--T--T--T--S--V--H--E--L--L--E-     60

                                                                          
   181 TGTCCTGTCTGCACCAATTCTATGTACCCTCCTATTCATCAGTGTCAAAACGGACATACT    240
   181 TGTCCTGTCTGCACCAATTCTATGTACCCTCCTATTCATCAGTGTCAAAACGGACATACT    240
    61 -C--P--V--C--T--N--S--M--Y--P--P--I--H--Q--C--Q--N--G--H--T-     80

                                                                          
   241 CTATGTTCAACGTGTAAGAACAGAGTTCACAATCGCTGCCCTACATGTAGACAAGAGCTC    300
   241 CTATGTTCAACGTGTAAGAACAGAGTTCACAATCGCTGCCCTACATGTAGACAAGAGCTC    300
    81 -L--C--S--T--C--K--N--R--V--H--N--R--C--P--T--C--R--Q--E--L-    100

                                                                          
   301 GGTGATATCCGTTGTTTAGCACTCGAAAAAGTAGCCGAGTCTCTTGAGCTTCCGTGCAAG    360
   301 GGTGATATCCGTTGTTTAGCACTCGAAAAAGTAGCCGAGTCTCTTGAGCTTCCGTGCAAG    360
   101 -G--D--I--R--C--L--A--L--E--K--V--A--E--S--L--E--L--P--C--K-    120

                                                                          
   361 TACATGTCACTTGGTTGTCCTGAGATATTCCCTTATTACGGTAAGCCCAAACACGAGACT    420
   361 TACATGTCACTTGGTTGTCCTGAGATATTCCCTTATTACGGTAAGCCCAAACACGAGACT    420
   121 -Y--M--S--L--G--C--P--E--I--F--P--Y--Y--G--K--P--K--H--E--T-    140

                                                                          
   421 GTATGTGACTTCAGGCCTTATAGCTGTCCGTACGCTGGTTCAGAGTGTTCTGTTATGGGT    480
   421 GTATGTGACTTCAGGCCTTATAGCTGTCCGTACGCTGGTTCAGAGTGTTCTGTTATGGGT    480
   141 -V--C--D--F--R--P--Y--S--C--P--Y--A--G--S--E--C--S--V--M--G-    160

                                                                          
   481 GATATCCCTTTCTTAGTTGCTCATCTGAGGGATGACCACAAGGTGGATATGCATTCTGGG    540
   481 GATATCCCTTTCTTAGTTGCTCATCTGAGGGATGACCACAAGGTGGATATGCATTCTGGG    540
   161 -D--I--P--F--L--V--A--H--L--R--D--D--H--K--V--D--M--H--S--G-    180

                                                                          
   541 TGTACTTTCAACCATCGTTATGTCAAGTCTAATCCTCGTGAAGTCGAAAATGCTACATGG    600
   541 TGTACTTTCAACCATCGTTATGTCAAGTCTAATCCTCGTGAAGTCGAAAATGCTACATGG    600
   181 -C--T--F--N--H--R--Y--V--K--S--N--P--R--E--V--E--N--A--T--W-    200

                                                                          
   601 ATGTTAACTGTCTTTTACTGCTTTGGTGAATACTTTTGTCTTCACTTTGAGGCATTCCAG    660
   601 ATGTTAACTGTCTTTTACTGCTTTGGTGAATACTTTTGTCTTCACTTTGAGGCATTCCAG    660
   201 -M--L--T--V--F--Y--C--F--G--E--Y--F--C--L--H--F--E--A--F--Q-    220

                                                                          
   661 CTCGGAATGGCTCCAGTCTACATGGCGTTTCTACGTTTCATGGGGGATGAGACTGAAGCT    720
   661 CTCGGAATGGCTCCAGTCTACATGGCGTTTCTACGTTTCATGGGGGATGAGACTGAAGCT    720
   221 -L--G--M--A--P--V--Y--M--A--F--L--R--F--M--G--D--E--T--E--A-    240

                                                                          
   721 CGGAACTATAATTACAGTTTGGAAGTTGGAGGGTATGGTCGGAAGCTGATATGGGAAGGA    780
   721 CGGAACTATAATTACAGTTTGGAAGTTGGAGGGTATGGTCGGAAGCTGATATGGGAAGGA    780
   241 -R--N--Y--N--Y--S--L--E--V--G--G--Y--G--R--K--L--I--W--E--G-    260

                                                                          
   781 ACACCGAGAAGCGTGAGAGACAGTCACAGGAAAGTTCGAGATAGTCATGATGGACTAATC    840
   781 ACACCGAGAAGCGTGAGAGACAGTCACAGGAAAGTTCGAGATAGTCATGATGGACTAATC    840
   261 -T--P--R--S--V--R--D--S--H--R--K--V--R--D--S--H--D--G--L--I-    280

                                                                          
   841 ATACAGAGGAACATGGCTCTCTTCTTTTCGGGTGGAGATAGGAAAGAGCTGAAACTGCGG    900
   841 ATACAGAGGAACATGGCTCTCTTCTTTTCGGGTGGAGATAGGAAAGAGCTGAAACTGCGG    900
   281 -I--Q--R--N--M--A--L--F--F--S--G--G--D--R--K--E--L--K--L--R-    300

                                                                          
   901 GTTACTGGAAGAATATGGAAAGAACAGCAGCATCTTGGTTTTAAATGGCGCATGGCGAGG    960
   901 GTTACTGGAAGAATATGGAAAGAACAGCAGCATCTTGGTTTTAAATGGCGCATGGCGAGG    960
   301 -V--T--G--R--I--W--K--E--Q--Q--H--L--G--F--K--W--R--M--A--R-    320

                                                                          
   961 TAA                                                             963
   961 TAA                                                             963
       -*-                                                             320