Brassica rapa (Brapa_1.0)
Description

AT5G07350 (E=0.0) | tudor domain-containing protein / nuclease family protein

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About this transcript

This transcript has 14 exons and is annotated with 42 domains and features.

Gene

This transcript is a product of gene Bra005933 Show transcript tableHide transcript table

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtFlags
-Bra005933.12976991aa
 
Protein coding
M4CNZ5 Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Other
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Markup
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     1 ATGGCGTCAGCGACTGAGAACCAATGGCTCAAAGGAAGAGTGAAGGCTGTTACCTCCGGA     60
     1 ATGGCGTCAGCGACTGAGAACCAATGGCTCAAAGGAAGAGTGAAGGCTGTTACCTCCGGA     60
     1 -M--A--S--A--T--E--N--Q--W--L--K--G--R--V--K--A--V--T--S--G-     20

                                                                          
    61 GACTGTTTGGTGATCACTACTTTGGTCCACAACAGACCTGGAGCTCCACCGGAAAAGGCT    120
    61 GACTGTTTGGTGATCACTACTTTGGTCCACAACAGACCTGGAGCTCCACCGGAAAAGGCT    120
    21 -D--C--L--V--I--T--T--L--V--H--N--R--P--G--A--P--P--E--K--A-     40

                                                                          
   121 ATCACTCTCTCTTGCCTCATGGCACCTAAGATGGCTCGCAGGGGAGGTAAGGATGAGCCT    180
   121 ATCACTCTCTCTTGCCTCATGGCACCTAAGATGGCTCGCAGGGGAGGTAAGGATGAGCCT    180
    41 -I--T--L--S--C--L--M--A--P--K--M--A--R--R--G--G--K--D--E--P-     60

                                                                          
   181 TTTGCATGGGAAAGCAAGGAGTTTCTGAGGAAACTTTGCATAGGAAAGGAAATTTCTTTC    240
   181 TTTGCATGGGAAAGCAAGGAGTTTCTGAGGAAACTTTGCATAGGAAAGGAAATTTCTTTC    240
    61 -F--A--W--E--S--K--E--F--L--R--K--L--C--I--G--K--E--I--S--F-     80

                                                                          
   241 AGAGTGGAATACAAAGTTGAAGCCCTTGCTGGAAGAGAATTTGGCTCTGTTTTCCTTGGA    300
   241 AGAGTGGAATACAAAGTTGAAGCCCTTGCTGGAAGAGAATTTGGCTCTGTTTTCCTTGGA    300
    81 -R--V--E--Y--K--V--E--A--L--A--G--R--E--F--G--S--V--F--L--G-    100

                                                                          
   301 ACCCAGAATGTTGCAAAGCTTGTTGTTCAAAATGGTTGGGCAAAGGTTAGGGAGCCAGGT    360
   301 ACCCAGAATGTTGCAAAGCTTGTTGTTCAAAATGGTTGGGCAAAGGTTAGGGAGCCAGGT    360
   101 -T--Q--N--V--A--K--L--V--V--Q--N--G--W--A--K--V--R--E--P--G-    120

                                                                          
   361 CAGCAGAATCAGGGTAAGGTTAGTCCCACTCACATTACAGAGCTGCTTCAGCTCCAAGAG    420
   361 CAGCAGAATCAGGGTAAGGTTAGTCCCACTCACATTACAGAGCTGCTTCAGCTCCAAGAG    420
   121 -Q--Q--N--Q--G--K--V--S--P--T--H--I--T--E--L--L--Q--L--Q--E-    140

                                                                          
   421 CAGGCTAGTCAAGAAGGAGTTGGTTGCTGGAGCAAGGTTCCTGGTGCTGCTGAGGCATCT    480
   421 CAGGCTAGTCAAGAAGGAGTTGGTTGCTGGAGCAAGGTTCCTGGTGCTGCTGAGGCATCT    480
   141 -Q--A--S--Q--E--G--V--G--C--W--S--K--V--P--G--A--A--E--A--S-    160

                                                                          
   481 ATCAGAGACCTCCCTCCTTCTGCCATTGGAGACTCTGCAGGCTTTGACGCCATGGGGCTG    540
   481 ATCAGAGACCTCCCTCCTTCTGCCATTGGAGACTCTGCAGGCTTTGACGCCATGGGGCTG    540
   161 -I--R--D--L--P--P--S--A--I--G--D--S--A--G--F--D--A--M--G--L-    180

                                                                          
   541 TTGGCTGCCAACAAAGGCAAGCCTATGGAAGGCATTGTTGAGCAGGTGCGCGATGGAAGC    600
   541 TTGGCTGCCAACAAAGGCAAGCCTATGGAAGGCATTGTTGAGCAGGTGCGCGATGGAAGC    600
   181 -L--A--A--N--K--G--K--P--M--E--G--I--V--E--Q--V--R--D--G--S-    200

                                                                          
   601 AGCATCCGTGTTTATCTTCTTCCAGAGTTCCAGTTTGTGCAAGTGTTCGTTGCTGGAATC    660
   601 AGCATCCGTGTTTATCTTCTTCCAGAGTTCCAGTTTGTGCAAGTGTTCGTTGCTGGAATC    660
   201 -S--I--R--V--Y--L--L--P--E--F--Q--F--V--Q--V--F--V--A--G--I-    220

                                                                          
   661 CAGTCTCCATCAATGGGAAGAAGAAACACAAATGGAAACGTTGTTGAGACGGTTCCAGAT    720
   661 CAGTCTCCATCAATGGGAAGAAGAAACACAAATGGAAACGTTGTTGAGACGGTTCCAGAT    720
   221 -Q--S--P--S--M--G--R--R--N--T--N--G--N--V--V--E--T--V--P--D-    240

                                                                          
   721 GAGTCCAGCGGAGATGCTTCTGGTGAGTCATCAAAAGCTCCTCTAACGTCAGCTCAGAGA    780
   721 GAGTCCAGCGGAGATGCTTCTGGTGAGTCATCAAAAGCTCCTCTAACGTCAGCTCAGAGA    780
   241 -E--S--S--G--D--A--S--G--E--S--S--K--A--P--L--T--S--A--Q--R-    260

                                                                          
   781 CTTGCTGCCTCTGCAGCTGCATCGTCTGTGGAGGTTTCTGCTGATCCTTTTGCAGCTGAA    840
   781 CTTGCTGCCTCTGCAGCTGCATCGTCTGTGGAGGTTTCTGCTGATCCTTTTGCAGCTGAA    840
   261 -L--A--A--S--A--A--A--S--S--V--E--V--S--A--D--P--F--A--A--E-    280

                                                                          
   841 GCCAAGTACTTCACTGAGCACCGTGTTCTTAGCAGAGATGTTCGGATTGTTCTTGAAGGC    900
   841 GCCAAGTACTTCACTGAGCACCGTGTTCTTAGCAGAGATGTTCGGATTGTTCTTGAAGGC    900
   281 -A--K--Y--F--T--E--H--R--V--L--S--R--D--V--R--I--V--L--E--G-    300

                                                                          
   901 GTTGACAAGTTCAACAATCTGATTGGTTCAGTTCATTACTCTGATGGGGAAGCAGTTAAA    960
   901 GTTGACAAGTTCAACAATCTGATTGGTTCAGTTCATTACTCTGATGGGGAAGCAGTTAAA    960
   301 -V--D--K--F--N--N--L--I--G--S--V--H--Y--S--D--G--E--A--V--K-    320

                                                                          
   961 GACTTGGGGCTAGAGCTCGTTGAAAATGGTCTTGCTAAATATGTTGAATGGAGTGCAAAC   1020
   961 GACTTGGGGCTAGAGCTCGTTGAAAATGGTCTTGCTAAATATGTTGAATGGAGTGCAAAC   1020
   321 -D--L--G--L--E--L--V--E--N--G--L--A--K--Y--V--E--W--S--A--N-    340

                                                                          
  1021 ATGATGGAGGAGGAAGCCAAGAGAAAGCTGAAAGCTGCTGAGCTAAAATGCAAAAAAGAT   1080
  1021 ATGATGGAGGAGGAAGCCAAGAGAAAGCTGAAAGCTGCTGAGCTAAAATGCAAAAAAGAT   1080
   341 -M--M--E--E--E--A--K--R--K--L--K--A--A--E--L--K--C--K--K--D-    360

                                                                          
  1081 AAGGTGAAAATGTGGGCTAACTATGTTCCACCAGCTACAAACTCTAAGGCACTTCATGAC   1140
  1081 AAGGTGAAAATGTGGGCTAACTATGTTCCACCAGCTACAAACTCTAAGGCACTTCATGAC   1140
   361 -K--V--K--M--W--A--N--Y--V--P--P--A--T--N--S--K--A--L--H--D-    380

                                                                          
  1141 CAGAACTTTACCGGAAAGGTAGTGGAGGTGGTGAGTGGGGACTGTATTGTAGTTGCTGAT   1200
  1141 CAGAACTTTACCGGAAAGGTAGTGGAGGTGGTGAGTGGGGACTGTATTGTAGTTGCTGAT   1200
   381 -Q--N--F--T--G--K--V--V--E--V--V--S--G--D--C--I--V--V--A--D-    400

                                                                          
  1201 GATGCTATCCCATATGGGAGCCCAGCAGCAGAGAGAAGGGTTAATCTTTCGAGTATCAGA   1260
  1201 GATGCTATCCCATATGGGAGCCCAGCAGCAGAGAGAAGGGTTAATCTTTCGAGTATCAGA   1260
   401 -D--A--I--P--Y--G--S--P--A--A--E--R--R--V--N--L--S--S--I--R-    420

                                                                          
  1261 TGTCCTAAAATGGGTAATCCACGTAGAGAAGAGAAGCCAGCTCCTTATGCTCGTGAAGCA   1320
  1261 TGTCCTAAAATGGGTAATCCACGTAGAGAAGAGAAGCCAGCTCCTTATGCTCGTGAAGCA   1320
   421 -C--P--K--M--G--N--P--R--R--E--E--K--P--A--P--Y--A--R--E--A-    440

                                                                          
  1321 AGAGAGTTCTTGAGACAGAGGCTTATTGGCAAACAGGTTATTGTTCAAATGGAATACTCA   1380
  1321 AGAGAGTTCTTGAGACAGAGGCTTATTGGCAAACAGGTTATTGTTCAAATGGAATACTCA   1380
   441 -R--E--F--L--R--Q--R--L--I--G--K--Q--V--I--V--Q--M--E--Y--S-    460

                                                                          
  1381 AGGAAAGTCACACCAGCAGAAGGTGCTGCCCCAACAGGTGCTGGTGATAGGATAATGGAT   1440
  1381 AGGAAAGTCACACCAGCAGAAGGTGCTGCCCCAACAGGTGCTGGTGATAGGATAATGGAT   1440
   461 -R--K--V--T--P--A--E--G--A--A--P--T--G--A--G--D--R--I--M--D-    480

                                                                          
  1441 TTTGGCTCAGTGTTCATTCCATCTCCCGCCAAAGGCGATACCCAGGAAGTGGCTGCATCA   1500
  1441 TTTGGCTCAGTGTTCATTCCATCTCCCGCCAAAGGCGATACCCAGGAAGTGGCTGCATCA   1500
   481 -F--G--S--V--F--I--P--S--P--A--K--G--D--T--Q--E--V--A--A--S-    500

                                                                          
  1501 GCCATCTCTGGCAGCCAGCCAGCTGGAGTGAACATCGCTGAGCTTCTTCTATCTCGTGGT   1560
  1501 GCCATCTCTGGCAGCCAGCCAGCTGGAGTGAACATCGCTGAGCTTCTTCTATCTCGTGGT   1560
   501 -A--I--S--G--S--Q--P--A--G--V--N--I--A--E--L--L--L--S--R--G-    520

                                                                          
  1561 TTTGGAAATGTGGTTAGACACAGAGATTTTGAAGAGAGATCAAACCATTATGATGCTCTT   1620
  1561 TTTGGAAATGTGGTTAGACACAGAGATTTTGAAGAGAGATCAAACCATTATGATGCTCTT   1620
   521 -F--G--N--V--V--R--H--R--D--F--E--E--R--S--N--H--Y--D--A--L-    540

                                                                          
  1621 CTTGCTGCTGAATCTCGTGCTCTCTCTGGAAAGAAAGGAATCCATTCTGCTAAAGAGTCT   1680
  1621 CTTGCTGCTGAATCTCGTGCTCTCTCTGGAAAGAAAGGAATCCATTCTGCTAAAGAGTCT   1680
   541 -L--A--A--E--S--R--A--L--S--G--K--K--G--I--H--S--A--K--E--S-    560

                                                                          
  1681 CCTGTCATGCACATCACAGACCTAACCGTGGCCGCAGCTAAGAAAGCTAAAGATTTCTTG   1740
  1681 CCTGTCATGCACATCACAGACCTAACCGTGGCCGCAGCTAAGAAAGCTAAAGATTTCTTG   1740
   561 -P--V--M--H--I--T--D--L--T--V--A--A--A--K--K--A--K--D--F--L-    580

                                                                          
  1741 CCATCACTTCAAAGAATCAGGAGGATACCAGCTGTTGTGGAATATGTACTAAGCGGACAT   1800
  1741 CCATCACTTCAAAGAATCAGGAGGATACCAGCTGTTGTGGAATATGTACTAAGCGGACAT   1800
   581 -P--S--L--Q--R--I--R--R--I--P--A--V--V--E--Y--V--L--S--G--H-    600

                                                                          
  1801 AGGTGTAAGCTTTATATTCCGAAGCTAACGTGTAGCATTGCCTTTGCGTTCTCTGGTGTT   1860
  1801 AGGTGTAAGCTTTATATTCCGAAGCTAACGTGTAGCATTGCCTTTGCGTTCTCTGGTGTT   1860
   601 -R--C--K--L--Y--I--P--K--L--T--C--S--I--A--F--A--F--S--G--V-    620

                                                                          
  1861 AGATGCCCTGGCCGTGGAGAGCCCTTTTCAGATGAAGCTATCTCTGTAATGAGACGTAGG   1920
  1861 AGATGCCCTGGCCGTGGAGAGCCCTTTTCAGATGAAGCTATCTCTGTAATGAGACGTAGG   1920
   621 -R--C--P--G--R--G--E--P--F--S--D--E--A--I--S--V--M--R--R--R-    640

                                                                          
  1921 ATCATGCAGAGAGATGTTGAGATTGAAGTTGAGACGGTGGATAGAACCGGTACATTCTTG   1980
  1921 ATCATGCAGAGAGATGTTGAGATTGAAGTTGAGACGGTGGATAGAACCGGTACATTCTTG   1980
   641 -I--M--Q--R--D--V--E--I--E--V--E--T--V--D--R--T--G--T--F--L-    660

                                                                          
  1981 GGATCAATGTGGGAGTCCAGGACAAATGTGGCGACGGTTCTGCTTGAAGCTGGCTTAGCA   2040
  1981 GGATCAATGTGGGAGTCCAGGACAAATGTGGCGACGGTTCTGCTTGAAGCTGGCTTAGCA   2040
   661 -G--S--M--W--E--S--R--T--N--V--A--T--V--L--L--E--A--G--L--A-    680

                                                                          
  2041 AAAATGCAGACAAGCTTTGGTGCAGACAGGATTGTTGAAGCACATATACTTGAACAAGCA   2100
  2041 AAAATGCAGACAAGCTTTGGTGCAGACAGGATTGTTGAAGCACATATACTTGAACAAGCA   2100
   681 -K--M--Q--T--S--F--G--A--D--R--I--V--E--A--H--I--L--E--Q--A-    700

                                                                          
  2101 GAGAGATCTGCTAAGAATCAGAAACTGAAGGTTTGGGAGAACTATGTTGAAGGACAAGAA   2160
  2101 GAGAGATCTGCTAAGAATCAGAAACTGAAGGTTTGGGAGAACTATGTTGAAGGACAAGAA   2160
   701 -E--R--S--A--K--N--Q--K--L--K--V--W--E--N--Y--V--E--G--Q--E-    720

                                                                          
  2161 GTCTCAAACGGAAGTACAACCGTTGAGACCAGACAAAAGGAGACTTTGAAGGTTGCTGTT   2220
  2161 GTCTCAAACGGAAGTACAACCGTTGAGACCAGACAAAAGGAGACTTTGAAGGTTGCTGTT   2220
   721 -V--S--N--G--S--T--T--V--E--T--R--Q--K--E--T--L--K--V--A--V-    740

                                                                          
  2221 ACTGAAGTACTTGGAGGTGGTCGGTTCTATGTTCAAACGGTTGGAGATCAGAGAGTAGCT   2280
  2221 ACTGAAGTACTTGGAGGTGGTCGGTTCTATGTTCAAACGGTTGGAGATCAGAGAGTAGCT   2280
   741 -T--E--V--L--G--G--G--R--F--Y--V--Q--T--V--G--D--Q--R--V--A-    760

                                                                          
  2281 TCTATTCAGAACCAGCTTGCATCTTTGAGTCTTAAAGATGCTCCAATCATTGGTTCCTTC   2340
  2281 TCTATTCAGAACCAGCTTGCATCTTTGAGTCTTAAAGATGCTCCAATCATTGGTTCCTTC   2340
   761 -S--I--Q--N--Q--L--A--S--L--S--L--K--D--A--P--I--I--G--S--F-    780

                                                                          
  2341 AACCCTAAGAGAGGTGACATTGTCCTTGCACAGTTTAGCCTTGACAACTCCTGGAACCGT   2400
  2341 AACCCTAAGAGAGGTGACATTGTCCTTGCACAGTTTAGCCTTGACAACTCCTGGAACCGT   2400
   781 -N--P--K--R--G--D--I--V--L--A--Q--F--S--L--D--N--S--W--N--R-    800

                                                                          
  2401 GCAATGATTGTGAGTGCACCTCGTGCAGCTGTTGAGTCTCCAGATGAGAAGTTTGAAGTG   2460
  2401 GCAATGATTGTGAGTGCACCTCGTGCAGCTGTTGAGTCTCCAGATGAGAAGTTTGAAGTG   2460
   801 -A--M--I--V--S--A--P--R--A--A--V--E--S--P--D--E--K--F--E--V-    820

                                                                          
  2461 TTCTACATCGATTATGGAAACCAAGAGGTAGTCCCTTACAGCGCAATCCGACCAGTGGAC   2520
  2461 TTCTACATCGATTATGGAAACCAAGAGGTAGTCCCTTACAGCGCAATCCGACCAGTGGAC   2520
   821 -F--Y--I--D--Y--G--N--Q--E--V--V--P--Y--S--A--I--R--P--V--D-    840

                                                                          
  2521 CCTTCGGTGTCCTCAGCGCCAGGGCTTGCTCAGCTCTGCAGGCTTGCTTACATTAAGGTT   2580
  2521 CCTTCGGTGTCCTCAGCGCCAGGGCTTGCTCAGCTCTGCAGGCTTGCTTACATTAAGGTT   2580
   841 -P--S--V--S--S--A--P--G--L--A--Q--L--C--R--L--A--Y--I--K--V-    860

                                                                          
  2581 CCAAGCTTGGAAGAAGACTTTGGTCCTGAAGCTGGAGAGTATTTGCATACAATAACTTTG   2640
  2581 CCAAGCTTGGAAGAAGACTTTGGTCCTGAAGCTGGAGAGTATTTGCATACAATAACTTTG   2640
   861 -P--S--L--E--E--D--F--G--P--E--A--G--E--Y--L--H--T--I--T--L-    880

                                                                          
  2641 GGAAGTGGCAAAGAGTTCAAAGCAGTGATAGAAGAAAGAGACGCATCTGGAGGCAAAGTC   2700
  2641 GGAAGTGGCAAAGAGTTCAAAGCAGTGATAGAAGAAAGAGACGCATCTGGAGGCAAAGTC   2700
   881 -G--S--G--K--E--F--K--A--V--I--E--E--R--D--A--S--G--G--K--V-    900

                                                                          
  2701 AAAGGACAAGGCACTGGAACTGAACTTGTTGTCACTCTCATTGCTGTCGACGATGAGGTC   2760
  2701 AAAGGACAAGGCACTGGAACTGAACTTGTTGTCACTCTCATTGCTGTCGACGATGAGGTC   2760
   901 -K--G--Q--G--T--G--T--E--L--V--V--T--L--I--A--V--D--D--E--V-    920

                                                                          
  2761 TCGGTTAATGGTGCAATGCTTCAGGGAGGAATAGCGAGGATGGAGAAACGTAGGAGGTTT   2820
  2761 TCGGTTAATGGTGCAATGCTTCAGGGAGGAATAGCGAGGATGGAGAAACGTAGGAGGTTT   2820
   921 -S--V--N--G--A--M--L--Q--G--G--I--A--R--M--E--K--R--R--R--F-    940

                                                                          
  2821 GAGCACAAGGACAAAAAAGCTGCTCTTGATGCTTTGGAGAAGTTCCAAGAGGAAGCTCGC   2880
  2821 GAGCACAAGGACAAAAAAGCTGCTCTTGATGCTTTGGAGAAGTTCCAAGAGGAAGCTCGC   2880
   941 -E--H--K--D--K--K--A--A--L--D--A--L--E--K--F--Q--E--E--A--R-    960

                                                                          
  2881 AAGTCTAGGACTGGAATATGGCAGTACGGTGACGTCGAATCAGATGATGAGGACATTGCT   2940
  2881 AAGTCTAGGACTGGAATATGGCAGTACGGTGACGTCGAATCAGATGATGAGGACATTGCT   2940
   961 -K--S--R--T--G--I--W--Q--Y--G--D--V--E--S--D--D--E--D--I--A-    980

                                                                          
  2941 CCGGCTAAAAAGCCTGCCGGTGGTGGTCGCCGGTAA                           2976
  2941 CCGGCTAAAAAGCCTGCCGGTGGTGGTCGCCGGTAA                           2976
   981 -P--A--K--K--P--A--G--G--G--R--R--*-                            991