Arabidopsis thaliana (TAIR10)
Description

RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822584]

Location
About this transcript

This transcript has 2 exons, is annotated with 15 domains and features, is associated with 375 variant alleles and maps to 39 oligo probes.

Gene

This transcript is a product of gene AT3G29270 Show transcript tableHide transcript table

Show/hide columns (1 hidden)
  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • RefSeq
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtRefSeqFlags
AT3G29270-202AT3G29270.22119263aa
 
Protein coding
A0A384LEC9 Q84JZ7 -Ensembl Canonical
AT3G29270-201AT3G29270.11389263aa
 
Protein coding
A0A384LEC9 Q84JZ7 --
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 GAAAATATCAAAAACACTTTTGGAAGGAAAACTTGGGTACACGATTGAAACGACGTCGTT     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
    61 TATGAAAGCAAAACAAAACCCAGAAAGTTTAGGTCTCGCCGGAAAAATCGAATCAAGCAT    120
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   121 CTTCTTCTTTCACGTACGAAACAAAAAGCTCAGAGCAGAGTCGAATCGCGATGAAGCATC    180
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   181 GAGTTCGGTGTTCATGAAGGTCAGAGAGTTAAGTATTAGCAGAACTGGTTAGGTCTTAGT    240
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   241 GACAAACAAGGTATTCATGTTATCCATCCCTGATACTAGAATGTGGAATCTAGCATCGAG    300
       ................ATGTTATCCATCCCTGATACTAGAATGTGGAATCTAGCATCGAG     44
       ................-M--L--S--I--P--D--T--R--M--W--N--L--A--S--S     15

                                                                          
   301 TTATCTTACGGGAAACATTGGACCGAAAAACGATATCAGAAGACCGGTCCATGCTCATGC    360
    45 TTATCTTACGGGAAACATTGGACCGAAAAACGATATCAGAAGACCGGTCCATGCTCATGC    104
    15 --Y--L--T--G--N--I--G--P--K--N--D--I--R--R--P--V--H--A--H--A     35

                                                                          
   361 GGAGTGTTCAGATGACGATGTATCTTCTGTAGGTAGTAAAGACGAAGGTCTCGAGTGTCC    420
   105 GGAGTGTTCAGATGACGATGTATCTTCTGTAGGTAGTAAAGACGAAGGTCTCGAGTGTCC    164
    35 --E--C--S--D--D--D--V--S--S--V--G--S--K--D--E--G--L--E--C--P     55

                                                                          
   421 TATATGCTGGGAATCATTTAATATAGTTGAAAACGTTCCGTATGTGTTATGGTGTGGACA    480
   165 TATATGCTGGGAATCATTTAATATAGTTGAAAACGTTCCGTATGTGTTATGGTGTGGACA    224
    55 --I--C--W--E--S--F--N--I--V--E--N--V--P--Y--V--L--W--C--G--H     75

                                                                          
   481 TACGATGTGTAAAAACTGCATTTTGGGACTTCAATGGGCTATTGTGAAATTGCCTACTCA    540
   225 TACGATGTGTAAAAACTGCATTTTGGGACTTCAATGGGCTATTGTGAAATTGCCTACTCA    284
    75 --T--M--C--K--N--C--I--L--G--L--Q--W--A--I--V--K--L--P--T--H     95

                                                                          
   541 CCCGGTTCAGCTTCCTCTCTTCATTTCATGCCCCTGGTGCAACCTTTTGTCTTTCCGTCT    600
   285 CCCGGTTCAGCTTCCTCTCTTCATTTCATGCCCCTGGTGCAACCTTTTGTCTTTCCGTCT    344
    95 --P--V--Q--L--P--L--F--I--S--C--P--W--C--N--L--L--S--F--R--L    115

                                                                          
   601 GGTCTTCAGAGGAACACTCAGATTCCCTCACAAGAACTACTTTGTGCTTTGGATGGTCGA    660
   345 GGTCTTCAGAGGAACACTCAGATTCCCTCACAAGAACTACTTTGTGCTTTGGATGGTCGA    404
   115 --V--F--R--G--T--L--R--F--P--H--K--N--Y--F--V--L--W--M--V--E    135

                                                                          
   661 GAGGATGAATGGAGAGAGACGTAACTCACCTGGTGGAGCTCAAACAGATGGAAACAATGA    720
   405 GAGGATGAATGGAGAGAGACGTAACTCACCTGGTGGAGCTCAAACAGATGGAAACAATGA    464
   135 --R--M--N--G--E--R--R--N--S--P--G--G--A--Q--T--D--G--N--N--D    155

                                                                          
   721 TCATACAAGGGAAACTCCATCTCCATGTCTCCACAATCGCCATCATCGCAGTCAACCTGA    780
   465 TCATACAAGGGAAACTCCATCTCCATGTCTCCACAATCGCCATCATCGCAGTCAACCTGA    524
   155 --H--T--R--E--T--P--S--P--C--L--H--N--R--H--H--R--S--Q--P--E    175

                                                                          
   781 ACCATCACGTTCTGTTAATGATCATCGCATTCCAAGGGACAACATACAAACTTCACTGAG    840
   525 ACCATCACGTTCTGTTAATGATCATCGCATTCCAAGGGACAACATACAAACTTCACTGAG    584
   175 --P--S--R--S--V--N--D--H--R--I--P--R--D--N--I--Q--T--S--L--R    195

                                                                          
   841 GAAGTCTCTGGTTTTCTTTGTCCAGTTGACAGCAAAGTTCCCATTAGTTGTCATATTTCT    900
   585 GAAGTCTCTGGTTTTCTTTGTCCAGTTGACAGCAAAGTTCCCATTAGTTGTCATATTTCT    644
   195 --K--S--L--V--F--F--V--Q--L--T--A--K--F--P--L--V--V--I--F--L    215

                                                                          
   901 GCTGATAATACTCTATGCAATACCGACCAGTGCAGCCATATTGGCGATGTACATTCTAGT    960
   645 GCTGATAATACTCTATGCAATACCGACCAGTGCAGCCATATTGGCGATGTACATTCTAGT    704
   215 --L--I--I--L--Y--A--I--P--T--S--A--A--I--L--A--M--Y--I--L--V    235

                                                                          
   961 CACTCTCTTGCTGGCTCTACCGTCGTTTCTCATCCTCTACTTCGCTTATCCTTGTCTCGA   1020
   705 CACTCTCTTGCTGGCTCTACCGTCGTTTCTCATCCTCTACTTCGCTTATCCTTGTCTCGA    764
   235 --T--L--L--L--A--L--P--S--F--L--I--L--Y--F--A--Y--P--C--L--D    255

                                                                          
  1021 CTGGCTTGTTCGAGAGATTGTCACATGAACTTTCTAAGGATGCGTTCAGAAACTTCCCAT   1080
   765 CTGGCTTGTTCGAGAGATTGTCACATGA................................    792
   255 --W--L--V--R--E--I--V--T--*-................................    263

                                                                          
  1081 TCCTAATTTGACGACTTTTCTTCAACAACTGAGACCCAAGATCGGTCATGTAAGTATAAC   1140
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1141 AATTTCGTAATTACCGTCTTCTTTATCTATATATGGATGTAGTTTTGGATTGCATTGTTG   1200
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1201 CTCTACGAAGCTGGACGTATGTGTTGTAAGGGCTCTTGCAGAAACTTATTAGTATTTGTG   1260
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1261 GATTTGTTTGTGAGTGTTTGAGTGTCTCAATAAGATTTATGTATATAAAGTTTATGCAAT   1320
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1321 GTTATTTAGGAATTGCGTAACTAAATGCATTGATTTTTCTTATATATAATGACTAAATTG   1380
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  1381 TATGGGTTT                                                      1389
       .........                                                          
       .........