Arabidopsis thaliana (TAIR10)
Description

TRAF-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820368]

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About this transcript

This transcript has 3 exons, is annotated with 13 domains and features, is associated with 205 variant alleles and maps to 23 oligo probes.

Gene

This transcript is a product of gene AT3G11950 Show transcript tableHide transcript table

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtRefSeqFlags
AT3G11950-203AT3G11950.32467572aa
 
Protein coding
A0A384L4W9 Q9SF04 -Ensembl Canonical
AT3G11950-205AT3G11950.52369572aa
 
Protein coding
A0A384L4W9 Q9SF04 --
AT3G11950-201AT3G11950.42170572aa
 
Protein coding
A0A384L4W9 Q9SF04 --
AT3G11950-202AT3G11950.22096572aa
 
Protein coding
A0A384L4W9 Q9SF04 --
AT3G11950-204AT3G11950.12038572aa
 
Protein coding
A0A384L4W9 Q9SF04 --
Variants
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     1 ATAAAAAAATAAAAATAAAGGAGGAGAGAGTCCGTTTTTAATAGAAGAGGCGACGAAGTT     60
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
    61 GTGGTAAAAGAGAAAAAGAGACCCGTTTATTGCGCCAAAACCAGAGAGGTGCTTCTCTCT    120
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   121 CTCTCTCTTTCTCTCATTCCATTCTTGTTCCATTTTGATCTCACCGTCAGATTTCCTTAC    180
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   181 AGGCTTTCGTTAGTTCCTTTCTCCGATTTGTCATTGTCTGTTTAGGACACGATTTCTTTC    240
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
   241 TAGGACGATTTTTGATATACAGGCAATGGATCCTCCTGTGTCGGATCTTGAGAGTATTGA    300
       .........................ATGGATCCTCCTGTGTCGGATCTTGAGAGTATTGA     35
       .........................-M--D--P--P--V--S--D--L--E--S--I--E     12

                                                                          
   301 AGATCAGAAAGAAGGAGGACCTTCCTTTCACTGTGATCTTTACGATACACAAGTAGTTCA    360
    36 AGATCAGAAAGAAGGAGGACCTTCCTTTCACTGTGATCTTTACGATACACAAGTAGTTCA     95
    12 --D--Q--K--E--G--G--P--S--F--H--C--D--L--Y--D--T--Q--V--V--H     32

                                                                          
   361 CAAGATTGCTCAGGTTTTTCTCCCTGGTTTAGCCACTGCTTGTGTCGATAACACTACCGG    420
    96 CAAGATTGCTCAGGTTTTTCTCCCTGGTTTAGCCACTGCTTGTGTCGATAACACTACCGG    155
    32 --K--I--A--Q--V--F--L--P--G--L--A--T--A--C--V--D--N--T--T--G     52

                                                                          
   421 AGATATCTTCAGGAGTCCTGGTTCTGTTGCTGCTGACATTCGAAAAGAAATGATAGAGTA    480
   156 AGATATCTTCAGGAGTCCTGGTTCTGTTGCTGCTGACATTCGAAAAGAAATGATAGAGTA    215
    52 --D--I--F--R--S--P--G--S--V--A--A--D--I--R--K--E--M--I--E--Y     72

                                                                          
   481 CTTGACTCGTAGAAGCGAAACCTTTGTGGCTGAACACATTGTTCTTCAAGGAGGTTCTGA    540
   216 CTTGACTCGTAGAAGCGAAACCTTTGTGGCTGAACACATTGTTCTTCAAGGAGGTTCTGA    275
    72 --L--T--R--R--S--E--T--F--V--A--E--H--I--V--L--Q--G--G--S--E     92

                                                                          
   541 GATTGAAGCTTCTCATGATCCTTTTGACATTATATCTGATTTCATCGATGATTTCGCCAC    600
   276 GATTGAAGCTTCTCATGATCCTTTTGACATTATATCTGATTTCATCGATGATTTCGCCAC    335
    92 --I--E--A--S--H--D--P--F--D--I--I--S--D--F--I--D--D--F--A--T    112

                                                                          
   601 TTCTAAGCGGAATTTGTTCAGCCGGGTTTCGGGTTGGATGCTTAGCGAAAGGAGAGAAGA    660
   336 TTCTAAGCGGAATTTGTTCAGCCGGGTTTCGGGTTGGATGCTTAGCGAAAGGAGAGAAGA    395
   112 --S--K--R--N--L--F--S--R--V--S--G--W--M--L--S--E--R--R--E--D    132

                                                                          
   661 TAATATCGATGATTTCGCGCAAGAGATGGAGATAAGCGGGTTTTGGTTGACTGATCATAG    720
   396 TAATATCGATGATTTCGCGCAAGAGATGGAGATAAGCGGGTTTTGGTTGACTGATCATAG    455
   132 --N--I--D--D--F--A--Q--E--M--E--I--S--G--F--W--L--T--D--H--R    152

                                                                          
   721 AGAAGGTATCGCTCAGACTTTGCTTAAAAACGTTGATTTTAAAAGCAGTGCACATTGTGA    780
   456 AGAAGGTATCGCTCAGACTTTGCTTAAAAACGTTGATTTTAAAAGCAGTGCACATTGTGA    515
   152 --E--G--I--A--Q--T--L--L--K--N--V--D--F--K--S--S--A--H--C--E    172

                                                                          
   781 GATGAAATTCCAAACCGAAGGAGAACTCGCCGAGCACGCCATGAATTGTGGGTATAGAAC    840
   516 GATGAAATTCCAAACCGAAGGAGAACTCGCCGAGCACGCCATGAATTGTGGGTATAGAAC    575
   172 --M--K--F--Q--T--E--G--E--L--A--E--H--A--M--N--C--G--Y--R--T    192

                                                                          
   841 AATGAACTGTGAGAATGAGGGTTGTACTGCGGTGTTTTGTGCGAATCAGATGGAGAATCA    900
   576 AATGAACTGTGAGAATGAGGGTTGTACTGCGGTGTTTTGTGCGAATCAGATGGAGAATCA    635
   192 --M--N--C--E--N--E--G--C--T--A--V--F--C--A--N--Q--M--E--N--H    212

                                                                          
   901 CGATTCTGTTTGCCCGTTCAAGATCATTCCGTGTGAGCAGAACTGCTCAGAGAGTATCAT    960
   636 CGATTCTGTTTGCCCGTTCAAGATCATTCCGTGTGAGCAGAACTGCTCAGAGAGTATCAT    695
   212 --D--S--V--C--P--F--K--I--I--P--C--E--Q--N--C--S--E--S--I--M    232

                                                                          
   961 GAGACGTGATATGGATAGGCATTGTATAACCGTATGTCCTATGAAACTTGTCAACTGTCC   1020
   696 GAGACGTGATATGGATAGGCATTGTATAACCGTATGTCCTATGAAACTTGTCAACTGTCC    755
   232 --R--R--D--M--D--R--H--C--I--T--V--C--P--M--K--L--V--N--C--P    252

                                                                          
  1021 ATTTCATTCTGTTGGTTGTCTCTCTGATGTACATCAATGTGAGGTCCAACAACATCATTT   1080
   756 ATTTCATTCTGTTGGTTGTCTCTCTGATGTACATCAATGTGAGGTCCAACAACATCATTT    815
   252 --F--H--S--V--G--C--L--S--D--V--H--Q--C--E--V--Q--Q--H--H--L    272

                                                                          
  1081 GGATAATGTTAGCTCTCATTTGATGTACATTCTTCGGAGTATTTACAAGGAAGCATCTCT   1140
   816 GGATAATGTTAGCTCTCATTTGATGTACATTCTTCGGAGTATTTACAAGGAAGCATCTCT    875
   272 --D--N--V--S--S--H--L--M--Y--I--L--R--S--I--Y--K--E--A--S--L    292

                                                                          
  1141 GGATGATCTCAAACCCCGAGCTGAACAGATACAGCAGTTGTCTACTAGGTTATCTGAAGC   1200
   876 GGATGATCTCAAACCCCGAGCTGAACAGATACAGCAGTTGTCTACTAGGTTATCTGAAGC    935
   292 --D--D--L--K--P--R--A--E--Q--I--Q--Q--L--S--T--R--L--S--E--A    312

                                                                          
  1201 TCGTAATGCAAGATCACTAACAAATCTGGTCAAGGAAATTGATGGAAAGCTGGGGCCTTT   1260
   936 TCGTAATGCAAGATCACTAACAAATCTGGTCAAGGAAATTGATGGAAAGCTGGGGCCTTT    995
   312 --R--N--A--R--S--L--T--N--L--V--K--E--I--D--G--K--L--G--P--L    332

                                                                          
  1261 AGAAATCAAACCAAAGATTGTTACTGACTCGGAATCCGATAAACCTGAAAATACAGAAAA   1320
   996 AGAAATCAAACCAAAGATTGTTACTGACTCGGAATCCGATAAACCTGAAAATACAGAAAA   1055
   332 --E--I--K--P--K--I--V--T--D--S--E--S--D--K--P--E--N--T--E--K    352

                                                                          
  1321 GAAAGCCTTAGAAGAAGCTGAGATTAAAGAAAAACCAGAGACGAGTAACTTAAAAGCTGT   1380
  1056 GAAAGCCTTAGAAGAAGCTGAGATTAAAGAAAAACCAGAGACGAGTAACTTAAAAGCTGT   1115
   352 --K--A--L--E--E--A--E--I--K--E--K--P--E--T--S--N--L--K--A--V    372

                                                                          
  1381 TACATTGGAGCAAACCGCGAGAGAAGCTCCGGAAGATAAATTGGTTTCAAAAGAAGTAGA   1440
  1116 TACATTGGAGCAAACCGCGAGAGAAGCTCCGGAAGATAAATTGGTTTCAAAAGAAGTAGA   1175
   372 --T--L--E--Q--T--A--R--E--A--P--E--D--K--L--V--S--K--E--V--D    392

                                                                          
  1441 TGCTGCAATGGTGAAAGAAGCTGCAAAGAAAGTTTCAGAAGCTGAGATAGCAGACAATGT   1500
  1176 TGCTGCAATGGTGAAAGAAGCTGCAAAGAAAGTTTCAGAAGCTGAGATAGCAGACAATGT   1235
   392 --A--A--M--V--K--E--A--A--K--K--V--S--E--A--E--I--A--D--N--V    412

                                                                          
  1501 TAATGAAGAAGGCGAATTAAAAGCGCAGAAGCTTTTAGAAATAGGCGAGTTCATCAAAGA   1560
  1236 TAATGAAGAAGGCGAATTAAAAGCGCAGAAGCTTTTAGAAATAGGCGAGTTCATCAAAGA   1295
   412 --N--E--E--G--E--L--K--A--Q--K--L--L--E--I--G--E--F--I--K--E    432

                                                                          
  1561 AGGAGACAACAACTCTGCAGATGATTTATCAGAGAGAACCGAAACCAAAGCTCCAGAAGT   1620
  1296 AGGAGACAACAACTCTGCAGATGATTTATCAGAGAGAACCGAAACCAAAGCTCCAGAAGT   1355
   432 --G--D--N--N--S--A--D--D--L--S--E--R--T--E--T--K--A--P--E--V    452

                                                                          
  1621 TGTGGTCATGGATGAGGCTAGAGAGGAGGAGGATAGTGTAGAGACAAAAGACACAAGAAC   1680
  1356 TGTGGTCATGGATGAGGCTAGAGAGGAGGAGGATAGTGTAGAGACAAAAGACACAAGAAC   1415
   452 --V--V--M--D--E--A--R--E--E--E--D--S--V--E--T--K--D--T--R--T    472

                                                                          
  1681 ATATGAAACAATCAGAGGTTTAGAGATTGAAGCCAATGAAATGATTGATGAAGAGACAAA   1740
  1416 ATATGAAACAATCAGAGGTTTAGAGATTGAAGCCAATGAAATGATTGATGAAGAGACAAA   1475
   472 --Y--E--T--I--R--G--L--E--I--E--A--N--E--M--I--D--E--E--T--K    492

                                                                          
  1741 GAAATCGACTGAAACCAAAACCGAAGCTCCATCAAGAATAGTCATGGACAAAGAGGGGGA   1800
  1476 GAAATCGACTGAAACCAAAACCGAAGCTCCATCAAGAATAGTCATGGACAAAGAGGGGGA   1535
   492 --K--S--T--E--T--K--T--E--A--P--S--R--I--V--M--D--K--E--G--D    512

                                                                          
  1801 TGAAGAGACAAAGAAATCAACTGAAACAGAAACCGAAGCTCCATCGAGAATAGTCATGGA   1860
  1536 TGAAGAGACAAAGAAATCAACTGAAACAGAAACCGAAGCTCCATCGAGAATAGTCATGGA   1595
   512 --E--E--T--K--K--S--T--E--T--E--T--E--A--P--S--R--I--V--M--E    532

                                                                          
  1861 GACAGAGAAGGATGAAGAGACTATGAACTCTAGGGCTCGTGCTTCGGATGAAGCTGAAGC   1920
  1596 GACAGAGAAGGATGAAGAGACTATGAACTCTAGGGCTCGTGCTTCGGATGAAGCTGAAGC   1655
   532 --T--E--K--D--E--E--T--M--N--S--R--A--R--A--S--D--E--A--E--A    552

                                                                          
  1921 ACTGTCAAAGAGCTCTCAAGGTTTTTCTACGGTGCAAGCTGAAACCGTACCCCATATGTC   1980
  1656 ACTGTCAAAGAGCTCTCAAGGTTTTTCTACGGTGCAAGCTGAAACCGTACCCCATATGTC   1715
   552 --L--S--K--S--S--Q--G--F--S--T--V--Q--A--E--T--V--P--H--M--S    572

                                                                          
  1981 TTAACATCTTTTGTTGAGACAGTTCAAACTCTTGAAGCTAGCATGGAGTGTATGTTTTCT   2040
  1716 TTAA........................................................   1719
       --*-........................................................    572

                                                                          
  2041 TTTCATTTAACCAAAGATTGTTTCTTTTGTCTGTCTGAAAATATTTGAGTCATCAAATGT   2100
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2101 ATCCAATTTTGTATTGCTTAATCAATTGATTGGTTTTTTGCCGTAATTCATCAATTCATT   2160
       ............................................................       
       ............................................................       

                                                                          
  2161 ATGATTGTCC                                                     2170
       ..........                                                         
       ..........