Arabidopsis lyrata (v.1.0)
Description

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:D7MBX6]

Location
About this transcript

This transcript has 9 exons and is annotated with 11 domains and features.

Gene
Show/hide columns (1 hidden)
  • Name
  • Transcript ID
  • bp
  • Protein
  • Translation ID
  • Biotype
  • UniProt
  • RefSeq
  • Flags
NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtRefSeqFlags
-scaffold_702704.1748235aa
 
Protein coding
D7MBX6 -Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
  • An exon
  • Another exon
Variants
  • loading
Other
  • UTR
Markup
  • loading
                                                                          
     1 TGACAGAGAAAAATCAGAAGATGACGACAGTAGACGAAGGTTATTCAGCTAAGAAATGGC     60
       ....................ATGACGACAGTAGACGAAGGTTATTCAGCTAAGAAATGGC     40
       ....................-M--T--T--V--D--E--G--Y--S--A--K--K--W--     13

                                                                          
    61 TTCCACTTGAAGCTAACCCAGATGTTATCAATCAGTATCTTTGGGGACTTGGTCTTTCTC    120
    41 TTCCACTTGAAGCTAACCCAGATGTTATCAATCAGTATCTTTGGGGACTTGGTCTTTCTC    100
    14 L--P--L--E--A--N--P--D--V--I--N--Q--Y--L--W--G--L--G--L--S--     33

                                                                          
   121 CTGATGAAGTAGAGTGCAATGATGTGTTTGGCTTAGACGATGAACTTCTCGAGATGGTTC    180
   101 CTGATGAAGTAGAGTGCAATGATGTGTTTGGCTTAGACGATGAACTTCTCGAGATGGTTC    160
    34 P--D--E--V--E--C--N--D--V--F--G--L--D--D--E--L--L--E--M--V--     53

                                                                          
   181 CAAAGCCTGTTCTTGCTGTTCTCTTTCTTTACCCAATCACCAAAAAGTGTGAAGAAGAGA    240
   161 CAAAGCCTGTTCTTGCTGTTCTCTTTCTTTACCCAATCACCAAAAAGTGTGAAGAAGAGA    220
    54 P--K--P--V--L--A--V--L--F--L--Y--P--I--T--K--K--C--E--E--E--     73

                                                                          
   241 GAATCAAGCAAGACAAAGAAATTAAGGAAAAGGTACATCAGACTGACAAAGTCTACTTCA    300
   221 GAATCAAGCAAGACAAAGAAATTAAGGAAAAGGTACATCAGACTGACAAAGTCTACTTCA    280
    74 R--I--K--Q--D--K--E--I--K--E--K--V--H--Q--T--D--K--V--Y--F--     93

                                                                          
   301 TGAAACAAACTGTGGATAATGCTTGTGGAACCATTGGGCTCCTTCATGCTATTGGGAATA    360
   281 TGAAACAAACTGTGGATAATGCTTGTGGAACCATTGGGCTCCTTCATGCTATTGGGAATA    340
    94 M--K--Q--T--V--D--N--A--C--G--T--I--G--L--L--H--A--I--G--N--    113

                                                                          
   361 TAACCTCTGAGATCAAACTCTCCGAGGGATCGTTCTTGGATAGATTCTTCAAATCCACTG    420
   341 TAACCTCTGAGATCAAACTCTCCGAGGGATCGTTCTTGGATAGATTCTTCAAATCCACTG    400
   114 I--T--S--E--I--K--L--S--E--G--S--F--L--D--R--F--F--K--S--T--    133

                                                                          
   421 CCAATATGACTCCTATAGAGCGTGCAAGGTTTCTTGAGAATGACAGTCAAATAGAAGATG    480
   401 CCAATATGACTCCTATAGAGCGTGCAAGGTTTCTTGAGAATGACAGTCAAATAGAAGATG    460
   134 A--N--M--T--P--I--E--R--A--R--F--L--E--N--D--S--Q--I--E--D--    153

                                                                          
   481 CTCATTCTGTAGCTGTTATAGCTGGTGATACAACGGCTTCAGACGAGGTGGACACGCATT    540
   461 CTCATTCTGTAGCTGTTATAGCTGGTGATACAACGGCTTCAGACGAGGTGGACACGCATT    520
   154 A--H--S--V--A--V--I--A--G--D--T--T--A--S--D--E--V--D--T--H--    173

                                                                          
   541 TCATCTGTTTAGCTTGTGTAGATGGTGAGCTCTATGAACTTGATGGAGATAGGGCAGGAC    600
   521 TCATCTGTTTAGCTTGTGTAGATGGTGAGCTCTATGAACTTGATGGAGATAGGGCAGGAC    580
   174 F--I--C--L--A--C--V--D--G--E--L--Y--E--L--D--G--D--R--A--G--    193

                                                                          
   601 CAATTTCACATGGTGTTTCCTCTCCAGCTACTTTGTTGCAGGACGCAGCAAAAGTGATAA    660
   581 CAATTTCACATGGTGTTTCCTCTCCAGCTACTTTGTTGCAGGACGCAGCAAAAGTGATAA    640
   194 P--I--S--H--G--V--S--S--P--A--T--L--L--Q--D--A--A--K--V--I--    213

                                                                          
   661 AGACGATAATCGAGAAGAATCCGGATTCTCTCAACTTCAATGTGATAGCCATCTCTAAGA    720
   641 AGACGATAATCGAGAAGAATCCGGATTCTCTCAACTTCAATGTGATAGCCATCTCTAAGA    700
   214 K--T--I--I--E--K--N--P--D--S--L--N--F--N--V--I--A--I--S--K--    233

                                                                          
   721 AAGCCTGAGTGACTGTTCTTAAGAAGCA                                    748
   701 AAGCCTGA....................                                    708
   234 K--A--*-....................                                    235