Transcript: scaffold_402114.1
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Description
Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5 [Source:Projected from Arabidopsis thaliana (AT2G35160) UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O82175]
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- scaffold_402114.1 2449 802aa Gene/transcipt that contains an open reading frame (ORF). Protein coding
D7LHT0 - A single transcript chosen for a gene which is the most conserved, most highly expressed, has the longest coding sequence and is represented in other key resources, such as NCBI and UniProt. This is defined in detail on http://www.ensembl.org/info/genome/genebuild/canonical.html Ensembl Canonical,
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Codons Alternating codons Alternating codons Exons Variants Other Markup ▼ ▲
1 TTGAGTAGGAATTGGACAAC ATG GTA CAT TCA GAG TCA TCA AAA CTC ATT TCG TTG CGC G 60
....................ATGGTACATTCAGAGTCATCAAAACTCATTTCGTTGCGCG 40
....................-M--V--H--S--E--S--S--K--L--I--S--L--R-- 13
61 GT GGT AGT GGT CCT TTT TCT AAG GAT GAA CTG GCA ACA AAT GGT AGT TAT ACC GAT CCT A 120
41 GTGGTAGTGGTCCTTTTTCTAAGGATGAACTGGCAACAAATGGTAGTTATACCGATCCTA 100
14 G--G--S--G--P--F--S--K--D--E--L--A--T--N--G--S--Y--T--D--P-- 33
121 TG GGG CGG AGG AAG TCC AAG CGG TTT AAG GTT GCA GCG GAA AGT GAG TTT TCT CCT GAT T 180
101 TGGGGCGGAGGAAGTCCAAGCGGTTTAAGGTTGCAGCGGAAAGTGAGTTTTCTCCTGATT 160
34 M--G--R--R--K--S--K--R--F--K--V--A--A--E--S--E--F--S--P--D-- 53
181 GT GGA TCG GGT TCC ATG CGG CTC AGA TCA AGA ACT ATA CAG AAG GAG GTC CAA ATT GAG A 240
161 GTGGATCGGGTTCCATGCGGCTCAGATCAAGAACTATACAGAAGGAGGTCCAAATTGAGA 220
54 C--G--S--G--S--M--R--L--R--S--R--T--I--Q--K--E--V--Q--I--E-- 73
241 CT TGC GAG AAC AAG AAT GCT TCT GAG GTT GAG GTT GAG TTG ATT CCT GGA GAA AAA GTG G 300
221 CTTGCGAGAACAAGAATGCTTCTGAGGTTGAGGTTGAGTTGATTCCTGGAGAAAAAGTGG 280
74 T--C--E--N--K--N--A--S--E--V--E--V--E--L--I--P--G--E--K--V-- 93
301 CA GAT CGA GAT GGT TTT AAA TCC GTT GAT TGT AAT GAC ATG TCG GCT GGA GGA ACC GAA G 360
281 CAGATCGAGATGGTTTTAAATCCGTTGATTGTAATGACATGTCGGCTGGAGGAACCGAAG 340
94 A--D--R--D--G--F--K--S--V--D--C--N--D--M--S--A--G--G--T--E-- 113
361 GA GCT AAA TCT CTT CGA GTT AAT ATG CAA GAA CCA ATG GAA GGT AGG AAT CTG CCA GAG A 420
341 GAGCTAAATCTCTTCGAGTTAATATGCAAGAACCAATGGAAGGTAGGAATCTGCCAGAGA 400
114 G--A--K--S--L--R--V--N--M--Q--E--P--M--E--G--R--N--L--P--E-- 133
421 AT ACA AGT GAG CAA AAT TTG GTG GAG GTC CAT CCT CCA AGC ATT AGC CTG CCA GAA GAA G 480
401 ATACAAGTGAGCAAAATTTGGTGGAGGTCCATCCTCCAAGCATTAGCCTGCCAGAAGAAG 460
134 N--T--S--E--Q--N--L--V--E--V--H--P--P--S--I--S--L--P--E--E-- 153
481 AT GTG GTG GGG TCT GTT TGC AGG AAA AGC ATC ACC GGG ACA AAG GAG CTT CGC GGA AGA A 540
461 ATGTGGTGGGGTCTGTTTGCAGGAAAAGCATCACCGGGACAAAGGAGCTTCGCGGAAGAA 520
154 D--V--V--G--S--V--C--R--K--S--I--T--G--T--K--E--L--R--G--R-- 173
541 CG GTT TCT GTA GTG AGA GAC TTA TCT CCA AAT ATG GGG AGC AAG TTT TCA AAG AGT GGA A 600
521 CGGTTTCTGTAGTGAGAGACTTATCTCCAAATATGGGGAGCAAGTTTTCAAAGAGTGGAA 580
174 T--V--S--V--V--R--D--L--S--P--N--M--G--S--K--F--S--K--S--G-- 193
601 AG ACC GCT AAA GGT TCT ATA TCG ATG GAA GAG GAT AAC TTG GTT CTG GAA AAG TCA GAT T 660
581 AGACCGCTAAAGGTTCTATATCGATGGAAGAGGATAACTTGGTTCTGGAAAAGTCAGATT 640
194 K--T--A--K--G--S--I--S--M--E--E--D--N--L--V--L--E--K--S--D-- 213
661 CT GGA GAT CAT TTG GGT CAA TCT CTT TCT AAA AGC ATA TCA CCA GAG GTT TTG GAA CTT G 720
641 CTGGAGATCATTTGGGTCAATCTCTTTCTAAAAGCATATCACCAGAGGTTTTGGAACTTG 700
214 S--G--D--H--L--G--Q--S--L--S--K--S--I--S--P--E--V--L--E--L-- 233
721 AT AAA TCA AAG GTT ACT GTT CCA AAA CCA ATT GAG GCT GCT GTT AGG ATA ATT ACA AAC A 780
701 ATAAATCAAAGGTTACTGTTCCAAAACCAATTGAGGCTGCTGTTAGGATAATTACAAACA 760
234 D--K--S--K--V--T--V--P--K--P--I--E--A--A--V--R--I--I--T--N-- 253
781 AA GGG GTT GCA ATG CCT CCA CCC TTG AAG CCT TCC GAG AAG ACG AAT GGA GAT TAT GGT G 840
761 AAGGGGTTGCAATGCCTCCACCCTTGAAGCCTTCCGAGAAGACGAATGGAGATTATGGTG 820
254 K--G--V--A--M--P--P--P--L--K--P--S--E--K--T--N--G--D--Y--G-- 273
841 AA GGA TCT ATG AGG AAG AAT AGT GAG AGG GTT GCC CCG GAT AAA AAG AGA TTA GCT CGT A 900
821 AAGGATCTATGAGGAAGAATAGTGAGAGGGTTGCCCCGGATAAAAAGAGATTAGCTCGTA 880
274 E--G--S--M--R--K--N--S--E--R--V--A--P--D--K--K--R--L--A--R-- 293
901 AT CCT CGG TTA TCA AAT GGT GGG CTT CCT AGT GGC TCA AGC AGT GGG GAA AGT GCT CGG T 960
881 ATCCTCGGTTATCAAATGGTGGGCTTCCTAGTGGCTCAAGCAGTGGGGAAAGTGCTCGGT 940
294 N--P--R--L--S--N--G--G--L--P--S--G--S--S--S--G--E--S--A--R-- 313
961 AC AAA GTT AAG GAA ACT CTG CGT CTT TTC CAT GAA ACT TGT AAA AAA ATT ATG CAG GAG G 1020
941 ACAAAGTTAAGGAAACTCTGCGTCTTTTCCATGAAACTTGTAAAAAAATTATGCAGGAGG 1000
314 Y--K--V--K--E--T--L--R--L--F--H--E--T--C--K--K--I--M--Q--E-- 333
1021 AA GAA GCA AGG CCT AGG AAA AGA GAT GGT AGC AAG TTC AGA GTG GAT AAC GAG GCT TCG A 1080
1001 AAGAAGCAAGGCCTAGGAAAAGAGATGGTAGCAAGTTCAGAGTGGATAACGAGGCTTCGA 1060
334 E--E--A--R--P--R--K--R--D--G--S--K--F--R--V--D--N--E--A--S-- 353
1081 AA ATT CTC AAG GGT AAA GGG AAA AAT CTT AAC AGT GGT ACT CAG ATT ATT GGA ACC GTG C 1140
1061 AAATTCTCAAGGGTAAAGGGAAAAATCTTAACAGTGGTACTCAGATTATTGGAACCGTGC 1120
354 K--I--L--K--G--K--G--K--N--L--N--S--G--T--Q--I--I--G--T--V-- 373
1141 CT GGT GTT GAG GTT GGC GAT GAA TTT CAA TAT AGA ATG GAG ATG AAC TTT CTT GGT ATA C 1200
1121 CTGGTGTTGAGGTTGGCGATGAATTTCAATATAGAATGGAGATGAACTTTCTTGGTATAC 1180
374 P--G--V--E--V--G--D--E--F--Q--Y--R--M--E--M--N--F--L--G--I-- 393
1201 AT AGA CCA AGT CAA AGT GGT ATC GAT TAT ATG AAA GAT GAC GGC GAG GAA CTA GTT GCC A 1260
1181 ATAGACCAAGTCAAAGTGGTATCGATTATATGAAAGATGACGGCGAGGAACTAGTTGCCA 1240
394 H--R--P--S--Q--S--G--I--D--Y--M--K--D--D--G--E--E--L--V--A-- 413
1261 CG AGT ATT GTA TCC TCT GGA GGT TAT GAT GAC GTG GTT GAT AAC TCG GAT GTC TTG ATC T 1320
1241 CGAGTATTGTATCCTCTGGAGGTTATGATGACGTGGTTGATAACTCGGATGTCTTGATCT 1300
414 T--S--I--V--S--S--G--G--Y--D--D--V--V--D--N--S--D--V--L--I-- 433
1321 AC ACG GGT CAA GGC GGA AAT GTG GGG AAA AAG GGA AAG AAA AAT AAT GAA CCC AAA GAC C 1380
1301 ACACGGGTCAAGGCGGAAATGTGGGGAAAAAGGGAAAGAAAAATAATGAACCCAAAGACC 1360
434 Y--T--G--Q--G--G--N--V--G--K--K--G--K--K--N--N--E--P--K--D-- 453
1381 AA CAG CTT GTA ACG GGA AAC CTT GCG TTG AAA AAC AGT ATA CAC AAA AAG AAC CCT GTG C 1440
1361 AACAGCTTGTAACGGGAAACCTTGCGTTGAAAAACAGTATACACAAAAAGAACCCTGTGC 1420
454 Q--Q--L--V--T--G--N--L--A--L--K--N--S--I--H--K--K--N--P--V-- 473
1441 GG GTC ATA AGA GGC ATT AAA AAT ACG ACA CTA CAA TCA TCA GCT GTT GCA AAG AAT TAT G 1500
1421 GGGTCATAAGAGGCATTAAAAATACGACACTACAATCATCAGCTGTTGCAAAGAATTATG 1480
474 R--V--I--R--G--I--K--N--T--T--L--Q--S--S--A--V--A--K--N--Y-- 493
1501 TT TAC GAT GGA TTG TAT CTG GTG GAA GAG TAC TGG GAT GAA ACT GGG TCT CAC GGT AAG C 1560
1481 TTTACGATGGATTGTATCTGGTGGAAGAGTACTGGGATGAAACTGGGTCTCACGGTAAGC 1540
494 V--Y--D--G--L--Y--L--V--E--E--Y--W--D--E--T--G--S--H--G--K-- 513
1561 TC GTC TTC AAG TTC AAA CTG CGG CGT ATT CCT GGA CAA CCC GAG CTT CCC TGG AAA GTG G 1620
1541 TCGTCTTCAAGTTCAAACTGCGGCGTATTCCTGGACAACCCGAGCTTCCCTGGAAAGTGG 1600
514 L--V--F--K--F--K--L--R--R--I--P--G--Q--P--E--L--P--W--K--V-- 533
1621 TT GAG AAA TCG AAG AAA TCC GAG TTC CGG GAC GGT CTT TGC AAT GTT GAT ATC TCA GAA G 1680
1601 TTGAGAAATCGAAGAAATCCGAGTTCCGGGACGGTCTTTGCAATGTTGATATCTCAGAAG 1660
534 V--E--K--S--K--K--S--E--F--R--D--G--L--C--N--V--D--I--S--E-- 553
1681 GG AAA GAG ACA TTA CCC ATA TGC GCT GTG AAC AAT ATA GAT GAT GAG AAA CCA GCT CCG T 1740
1661 GGAAAGAGACATTACCCATATGCGCTGTGAACAATATAGATGATGAGAAACCAGCTCCGT 1720
554 G--K--E--T--L--P--I--C--A--V--N--N--I--D--D--E--K--P--A--P-- 573
1741 TT ATC TAC ACG GTT AAA ATG ATA TAT CCG GAT TGG TGC CGG CCA ATT CCT CCA AAG AGC T 1800
1721 TTATCTACACGGTTAAAATGATATATCCGGATTGGTGCCGGCCAATTCCTCCAAAGAGCT 1780
574 F--I--Y--T--V--K--M--I--Y--P--D--W--C--R--P--I--P--P--K--S-- 593
1801 GT GGT TGC ACA AAA CGC TGC TCC GAA TCA AAA AAG TGT GCA TGC GTT GTG AAA AAC GGT G 1860
1781 GTGGTTGCACAAAACGCTGCTCCGAATCAAAAAAGTGTGCATGCGTTGTGAAAAACGGTG 1840
594 C--G--C--T--K--R--C--S--E--S--K--K--C--A--C--V--V--K--N--G-- 613
1861 GA GAG ATA CCG TAC AAT TAT GAT GGA GCC ATT GTT AGT ATA AAG CCC CTG GTC TAT GAG T 1920
1841 GAGAGATACCGTACAATTATGATGGAGCCATTGTTAGTATAAAGCCCCTGGTCTATGAGT 1900
614 G--E--I--P--Y--N--Y--D--G--A--I--V--S--I--K--P--L--V--Y--E-- 633
1921 GT GGC CCA CAC TGC CAA TGC CCA CCT TCT TGC TAC ATG AGA GTC TCA CAG CAC GGG ATC A 1980
1901 GTGGCCCACACTGCCAATGCCCACCTTCTTGCTACATGAGAGTCTCACAGCACGGGATCA 1960
634 C--G--P--H--C--Q--C--P--P--S--C--Y--M--R--V--S--Q--H--G--I-- 653
1981 AG ATC AAG CTG GAG ATC TTC AAA ACG GAG TCA AGA GGA TGG GGA GTG AGA TCG CTG GAA T 2040
1961 AGATCAAGCTGGAGATCTTCAAAACGGAGTCAAGAGGATGGGGAGTGAGATCGCTGGAAT 2020
654 K--I--K--L--E--I--F--K--T--E--S--R--G--W--G--V--R--S--L--E-- 673
2041 CT ATT CCT ATC GGA AGC TTT ATC TGT GAG TAC GCA GGA GAG CTT CTA GAG GAT AAA CAA G 2100
2021 CTATTCCTATCGGAAGCTTTATCTGTGAGTACGCAGGAGAGCTTCTAGAGGATAAACAAG 2080
674 S--I--P--I--G--S--F--I--C--E--Y--A--G--E--L--L--E--D--K--Q-- 693
2101 CA GAA AGA CTT ACC GGG AAA GAT GAG TAT CTC TTT GAA CTC GGG GAG GAG GAG GAT CAG T 2160
2081 CAGAAAGACTTACCGGGAAAGATGAGTATCTCTTTGAACTCGGGGAGGAGGAGGATCAGT 2140
694 A--E--R--L--T--G--K--D--E--Y--L--F--E--L--G--E--E--E--D--Q-- 713
2161 TC ACC ATA GAC GCA GCA CGG AAA GGG AAC ATA GGG AGG TTT ATA AAC CAT AGC TGC TCA C 2220
2141 TCACCATAGACGCAGCACGGAAAGGGAACATAGGGAGGTTTATAAACCATAGCTGCTCAC 2200
714 F--T--I--D--A--A--R--K--G--N--I--G--R--F--I--N--H--S--C--S-- 733
2221 CG AAT CTG TAC GCA CAG GAC GTA TTG TAC GAC CAT GAG GAC ACA AGA ATA CCT CAC ATT A 2280
2201 CGAATCTGTACGCACAGGACGTATTGTACGACCATGAGGACACAAGAATACCTCACATTA 2260
734 P--N--L--Y--A--Q--D--V--L--Y--D--H--E--D--T--R--I--P--H--I-- 753
2281 TG TTC TTT GCA CTG GAC CAT ATA CCT CCA CTT GAG GAA CTC TCA TAC GAC TAC AAT TAT A 2340
2261 TGTTCTTTGCACTGGACCATATACCTCCACTTGAGGAACTCTCATACGACTACAATTATA 2320
754 M--F--F--A--L--D--H--I--P--P--L--E--E--L--S--Y--D--Y--N--Y-- 773
2341 AG ATC GAT CAG GTA ACC GAC TCT AAT GGT AAT ATC AAG AAG AAA ATT TGC TAC TGT GGT T 2400
2321 AGATCGATCAGGTAACCGACTCTAATGGTAATATCAAGAAGAAAATTTGCTACTGTGGTT 2380
774 K--I--D--Q--V--T--D--S--N--G--N--I--K--K--K--I--C--Y--C--G-- 793
2401 CC GCT GAG TGT AGT GGT AGG CTC TAC TAA GTAAGCTGTTGTTACCCCTT 2449
2381 CCGCTGAGTGTAGTGGTAGGCTCTACTAA.................... 2409
794 S--A--E--C--S--G--R--L--Y--*-.................... 802
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