Statistics on protein trees

The protein tree pipeline is described at the following page.

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Eukaryotes (Eukaryota)684949051403541
20.9 %29.0 %
Eukaryotes (Eukaryota)721155771009625
9.7 %15.8 %
Animals and Fungi (Opisthokonta)183317424348
21.9 %46.4 %
Bilateral animals (Bilateria)54214880362179
33.5 %50.1 %
Bilateral animals (Bilateria)5267499621457
45.3 %57.4 %
Chordates (Chordata)444042721680
67.9 %67.9 %
Green plants (Viridiplantae)727859041012362
14.3 %19.4 %
Charophyte/embryophyte group (Streptophytina)829862441536518
16.4 %21.9 %
Land plants (Embryophyta)13638375461813703
21.8 %34.8 %
Land plants (Embryophyta)171921038454411367
17.3 %21.7 %
Flowering plants (Magnoliopsida)3538718742113615284
14.0 %20.5 %
Mesangiospermae5149131883120797529
10.7 %17.4 %
Mesangiospermae215071382937053973
10.6 %21.9 %
Pentapetalae80636483341264119661
6.8 %17.4 %
Pentapetalae15183122026382343
3.7 %17.1 %
rosids245361770719564873
6.6 %22.9 %
rosids18303152429302131
5.6 %18.4 %
rosids211471622712503670
4.6 %18.0 %
Eucalypteae264522089455580
83.9 %83.9 %
rosids367203013519744611
6.0 %20.0 %
fabids17028140265682434
3.6 %19.1 %
Benincaseae1993217593232217
78.8 %79.3 %
Cucumis17541170205210
76.4 %76.4 %
fabids228352013014721233
17.3 %31.7 %
50 kb inversion clade25330188535912565
54.5 %59.7 %
NPAAA clade25428232481988192
44.5 %48.8 %
Phaseoleae25648228892342417
44.2 %52.1 %
Phaseoleae238632305377634
44.7 %46.7 %
Phaseoleae234722255784966
58.0 %62.6 %
Vigna229962224871137
61.1 %64.3 %
Vigna17202168333690
68.7 %68.7 %
Glycine subgen. Soja6073140739199920
91.4 %91.4 %
IRL clade23675208182542315
54.4 %61.1 %
Trifolieae220692041616530
69.9 %69.9 %
fabids1927518291607377
20.9 %33.9 %
Fagales183901755174297
47.2 %53.3 %
Fagales12713124342790
61.5 %61.5 %
Quercus319012386580360
80.7 %80.7 %
Rosales142371394724941
34.7 %40.4 %
Rose family (Rosaceae)2050118744171344
52.5 %53.9 %
Amygdaloideae186871775291619
56.2 %57.3 %
Prunus2353219888355589
66.2 %67.9 %
Prunus209551991110440
70.0 %70.0 %
Rosales11217108363810
69.4 %69.4 %
rosids1803017193301536
11.5 %32.0 %
malvids140341390110726
32.4 %40.3 %
Sapindales15355150283270
72.3 %72.3 %
Mallow family (Malvaceae)21213181772832204
43.5 %46.6 %
Mallow family (Malvaceae)14181140061750
63.4 %63.4 %
Malpighiales14937146582790
69.9 %69.9 %
Mustard family (Brassicaceae)4195227766117482438
45.0 %54.3 %
Camelineae26829246102057162
45.5 %49.1 %
Arabidopsis2473923534110798
56.3 %61.3 %
Arabidopsis238782262712510
70.7 %70.7 %
False flax (Camelina sativa)278512349024751886
32.3 %56.9 %
False flax (Camelina sativa)19969194095600
62.3 %62.3 %
Mustard family (Brassicaceae)1487914131536212
34.8 %48.5 %
Mustard family (Brassicaceae)2095719778115623
54.4 %55.5 %
Brassica10899052241526494100
43.8 %47.2 %
Brassica212772014311340
63.1 %63.1 %
Brassica5292042204107160
60.3 %60.3 %
Pentapetalae105969834257505
9.2 %27.2 %
Asteridae (asterids)1688015216708956
9.3 %21.9 %
Asteridae (asterids)2132719721794812
13.1 %26.5 %
lamiids17692156167421334
10.5 %29.3 %
lamiids1706316458457148
25.6 %33.9 %
Lamiales150101388711203
67.5 %67.6 %
Oleeae4167027933137370
86.0 %86.0 %
Solanales146811418048813
51.5 %52.9 %
Nightshade family (Solanaceae)1850713941448977
63.1 %64.2 %
Solanoideae2195019482241355
65.1 %66.5 %
Solanum211491914620030
73.1 %73.1 %
campanulids10495102981925
44.7 %45.9 %
Daisy family (Asteraceae)29408214857307616
65.8 %71.3 %
Daisy family (Asteraceae)17155166964590
69.3 %69.3 %
Chenopodiaceae160521417518770
76.4 %76.4 %
Petrosaviidae208711646527241682
18.5 %29.9 %
Petrosaviidae735971941650
58.8 %58.8 %
commelinids14532132421046244
26.2 %32.4 %
Poales113021037583790
31.9 %35.3 %
Grass family (Poaceae)5973439053156355046
24.3 %32.2 %
BEP clade (BOP clade)2588224408996478
18.6 %27.5 %
Pooideae25821224532921447
32.9 %37.9 %
Pooideae32601278644089648
31.1 %36.0 %
Triticeae330512562557281698
34.4 %44.7 %
Triticeae344082759939342875
21.3 %36.8 %
Triticinae445753552947274319
20.2 %38.7 %
Triticum25292232411116935
32.0 %58.8 %
Triticum25020240269940
73.0 %73.0 %
Triticinae28863269161505442
35.2 %45.5 %
Triticum25555234211315819
30.6 %49.7 %
Triticum2449622963565968
21.8 %59.2 %
Triticum24624237608640
75.6 %75.6 %
Triticinae25610248337770
69.2 %69.2 %
Poeae2413621663245518
62.7 %63.2 %
Oats (Avena sativa)7853944920336190
86.2 %86.2 %
Oryzinae260142230222771435
27.3 %44.4 %
Oryzinae2205620893947216
31.9 %39.2 %
Oryza27861249842157720
31.2 %41.6 %
Oryza312022498826673547
15.9 %36.9 %
Oryza270352242518432767
13.3 %33.2 %
Oryza360533057417033776
11.7 %37.8 %
Oryza420053666414093932
9.9 %37.6 %
Oryza1773917655840
59.5 %59.5 %
Oryza32120287495312840
6.9 %44.1 %
Oryza2425623374364518
20.2 %48.9 %
Oryza1698016927530
60.4 %60.4 %
PACMAD clade35435297944875766
30.6 %35.4 %
Eragrostis299542376661880
69.4 %69.4 %
Panicoideae31589279382675976
23.9 %32.6 %
Andropogoneae22418203091951158
33.3 %35.9 %
Andropogoneae1926718320828119
37.8 %43.2 %
Fodder cane (Saccharum spontaneum)84577503538416
26.1 %46.4 %
Fodder cane (Saccharum spontaneum)66836216307160
34.2 %52.0 %
Fodder cane (Saccharum spontaneum)35573462950
63.2 %63.2 %
Paniceae257702243017071633
21.1 %41.3 %
Paniceae25706239471087672
28.3 %45.8 %
Paniceae21166209132476
56.6 %58.0 %
Setaria277962565621400
82.0 %82.0 %
Flowering plants (Magnoliopsida)86048505990
59.1 %59.1 %
Land plants (Embryophyta)8117735967682
44.5 %49.9 %
Land plants (Embryophyta)754172323090
63.3 %63.3 %
Triticum351293580
72.4 %72.4 %
Green algae (Chlorophyta)315930321270
63.4 %63.4 %
Red algae (Rhodophyta)31202844154122
31.9 %57.3 %
Red algae (Rhodophyta)21452101440
59.1 %59.1 %