Statistics on protein trees
The protein tree pipeline is described at the following page.
This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:- Overview
- Gene tree coverage and Gene QC for each species
- Size of gene trees (split by their root taxon)
- Gene tree nodes, and the inference of speciation / duplication events
Overall Summary
Legend | ||||||
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Internal nodes (ancestral taxa) | Node types | Speciations | Duplications | Dubious nodes | ||
Leaves (extant species) | Gene tree coverage | Genes in multi-species trees | Genes in single-species trees | Orphaned genes | ||
Gene QC | Validated genes | Short genes | Long genes | Split genes |
Chondrus crispus (Chondrus crispus strain Stackhouse) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Galdieria sulphuraria (Galdieria sulphuraria strain 074W) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cyanidioschyzon merolae (Cyanidioschyzon merolae strain 10D) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Physcomitrium patens (Physcomitrium patens strain Gransden 2004) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Marchantia polymorpha (Marchantia polymorpha strain Tak-1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Selaginella moellendorffii (Selaginella moellendorffii) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Prunus persica (Prunus persica strain Lovell) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Prunus dulcis (Prunus dulcis strain Texas) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Prunus avium (Prunus avium strain Satonishiki) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Malus domestica Golden (Malus domestica strain Golden Delicious) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Rosa chinensis (Rosa chinensis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cannabis sativa female (Cannabis sativa) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ficus carica (Ficus carica cultivar Dottato) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Corylus avellana (Corylus avellana cultivar Tombul) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Juglans regia (Juglans regia cultivar Chandler) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quercus lobata (Quercus lobata) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quercus suber (Quercus suber reference strain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Vigna radiata (Vigna radiata var. radiata strain VC1973A) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Vigna angularis (Vigna angularis strain Jingnong 6) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Vigna unguiculata (Vigna unguiculata strain IT97K-499-35) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phaseolus vulgaris (Phaseolus vulgaris strain G19833) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Glycine soja (Wild soybean) (Glycine soja) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Glycine max (Glycine max strain Williams 82) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cajanus cajan (pigeon pea) - GCA_000340665.1 (Cajanus cajan) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Trifolium pratense (Trifolium pratense strain Milvus B) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medicago truncatula (Medicago truncatula strain A17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pisum sativum (Pisum sativum cultivar Cameor) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lupinus angustifolius (Lupinus angustifolius strain Tanjil) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cucumis melo (Cucumis melo) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cucumis sativus (Cucumis sativus strain 9930) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citrullus lanatus (Citrullus lanatus strain 97103) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Pistacia vera (Pistacia vera strain Batoury) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citrus clementina (Citrus clementina strain Clemenules) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Theobroma cacao Matina 1-6 (Theobroma cacao reference (Matina) cultivar) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Corchorus capsularis (Corchorus capsularis strain CVL-1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gossypium raimondii (Gossypium raimondii) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Manihot esculenta (Manihot esculenta strain AM560-2) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Populus trichocarpa (Populus trichocarpa) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Eucalyptus grandis (Eucalyptus grandis strain BRASUZ1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Corymbia citriodora (Corymbia citriodora subsp. variegata genotype CCV2-018) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Vitis vinifera (Vitis vinifera strain PN40024) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Brassica napus (Brassica napus strain Darmor-bzh) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Brassica oleracea (Brassica oleracea var. oleracea strain TO1000) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Brassica juncea (Brassica juncea cultivar Sichuan Huangzi) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Brassica rapa R-o-18 (Brassica rapa subsp. trilocularis cultivar R-o-18) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Eutrema salsugineum (Eutrema salsugineum) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Arabis alpina (Arabis alpina) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Arabidopsis lyrata (Arabidopsis lyrata subsp. lyrata strain MN47) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Arabidopsis halleri (Arabidopsis halleri subsp. gemmifera strain W302) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Arabidopsis thaliana (Arabidopsis thaliana strain Columbia) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Camelina sativa (component G1) (Camelina sativa strain dh55 (component G1)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Camelina sativa (component G2) (Camelina sativa strain dh55 (component G2)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kalanchoe fedtschenkoi (Kalanchoe fedtschenkoi) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solanum tuberosum (Solanum tuberosum cultivar DM 1-3 516 R44) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solanum lycopersicum (Solanum lycopersicum strain Heinz 1706) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Capsicum annuum (Capsicum annuum strain Criollo de Morelos 334) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Nicotiana attenuata (Nicotiana attenuata strain UT) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ipomoea triloba (Ipomoea triloba strain NCNSP0323) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Olea europaea (Olea europaea subsp. europaea variety Farga) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Fraxinus excelsior (Fraxinus excelsior reference strain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sesamum indicum (Sesamum indicum strain Zhongzhi No. 13) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coffea canephora (Coffea canephora strain DH200-94) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cynara cardunculus (Cynara cardunculus var. scolymus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lactuca sativa (Lactuca sativa cultivar Salinas) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Helianthus annuus (Helianthus annuus cultivar XRQ/B) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Daucus carota (Daucus carota subsp. sativus strain DH1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Actinidia chinensis (Actinidia chinensis var. chinensis strain Red5) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Beta vulgaris (Beta vulgaris subsp. vulgaris strain KWS2320 DH) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chenopodium quinoa (Chenopodium quinoa strain PI614886) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Papaver somniferum (Papaver somniferum strain High Noscapine 1 (HN1)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Avena sativa OT3098 (Avena sativa strain OT3098) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Avena sativa Sang (Avena sativa strain sang) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lolium perenne (Lolium perenne reference strain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aegilops tauschii (Aegilops tauschii subsp. strangulata strain AL8/78) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Triticum aestivum (component D) (Triticum aestivum reference (Chinese spring) cultivar (component D)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Triticum turgidum (component B) (Triticum turgidum subsp. durum strain svevo (component B)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Triticum aestivum (component B) (Triticum aestivum reference (Chinese spring) cultivar (component B)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Triticum dicoccoides (component B) (Triticum dicoccoides strain Zavitan (Atlit2015) (component B)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secale cereale (Secale cereale) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Hordeum vulgare (Hordeum vulgare subsp. vulgare cultivar Morex) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Brachypodium distachyon (Brachypodium distachyon strain Bd21) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza rufipogon (Oryza rufipogon cultivar W1943) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza sativa Japonica Group (Oryza sativa Japonica Group reference (Nipponbare) cultivar) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza sativa Indica Group (Oryza sativa Indica Group strain 93-11) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza nivara (Oryza nivara cultivar IRGC:100897) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza barthii (Oryza barthii cultivar IRGC:105608) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza glaberrima (Oryza glaberrima cultivar CG14) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza glumipatula (Oryza glumipatula) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza longistaminata (Oryza longistaminata) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza meridionalis (Oryza meridionalis cultivar OR44 (W2112)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza punctata (Oryza punctata cultivar IRGC:105690) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Leersia perrieri (Leersia perrieri cultivar IRGC:105164) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Oryza brachyantha (Oryza brachyantha cultivar IRGC:101232) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Setaria italica (Setaria italica strain Yugu1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Setaria viridis (Setaria viridis strain A10) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Panicum hallii HAL2 (Panicum hallii var. hallii reference (HAL2) ecotype) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Echinochloa crus-galli (Echinochloa crus-galli reference strain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Digitaria exilis (Digitaria exilis strain digitaria_exilis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Saccharum spontaneum (component B) (Saccharum spontaneum strain AP85-441 (component B)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Saccharum spontaneum (component A) (Saccharum spontaneum strain AP85-441 (component A)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Saccharum spontaneum (component C) (Saccharum spontaneum strain AP85-441 (component C)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sorghum bicolor (Sorghum bicolor strain BTx623) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zea mays (Zea mays strain B73) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Eragrostis curvula (Eragrostis curvula strain Tanganyika) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Eragrostis tef (Eragrostis tef cultivar Dabbi) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ananas comosus (Ananas comosus strain F153) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Musa acuminata (Musa acuminata subsp. malaccensis cultivar Doubled-haploid Pahang (DH-Pahang)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Asparagus officinalis (Asparagus officinalis strain DH00/086) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dioscorea rotundata (Dioscorea cayenensis subsp. rotundata) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amborella trichopoda (Amborella trichopoda) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Nymphaea colorata (Nymphaea colorata strain Beijing-Zhang1983) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Triticum turgidum (component U) (Triticum turgidum subsp. durum strain svevo (component U)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Triticum aestivum (component U) (Triticum aestivum reference (Chinese spring) cultivar (component U)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chara braunii (Chara braunii strain S276) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chlamydomonas reinhardtii (Chlamydomonas reinhardtii strain CC-503 cw92 mt+) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ostreococcus lucimarinus (Ostreococcus lucimarinus CCE9901) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C.savignyi (Ciona savignyi) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Human (Homo sapiens) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Drosophila melanogaster (Fruit fly) (Drosophila melanogaster) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Caenorhabditis elegans (Nematode, N2) (Caenorhabditis elegans strain N2) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Saccharomyces cerevisiae (Saccharomyces cerevisiae S288C) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||